Liz und Red jagen einen Mann namens Smokey Putnum, der 2 Mio. $ eines Karneval Unternehmens veruntreut haben soll und auf den nun ein Kopfgeld ausgesetzt ist. Doch die beiden werden von einem Drogenkartell angegriffen, das über die Firma Geld waschen wollte, welches Putnum veruntreut hat. Red kann schließlich einen Deal mit dem Kartell aushandeln, Putnum den Behörden übergeben und mit dem Kopfgeld sein eigenes Imperium wieder aufbauen.

Liz ist einem Unternehmen namens Waterday auf der Spur, das mit Auftragsmorden Konkurrenten beseitigen lässt. Unterdessen erhält Red den Auftrag, einen gewissen Rivera mit Waffen zu beliefern, doch fehlt Red das Geld, die Waffen zu besorgen. Durch einen geschickten Coup kann Red mit Hilfe von Tom die Waffen organisieren und ausliefern. Währenddessen soll ein Doktor Pete Tom dabei helfen, die Identität der Leiche aus Reds Koffer herauszufinden.

Red entwickelt ein neues Geschäftsmodell für sein Imperium. Er will ein Hotel in eine Art „Safe House“ für Kriminelle verwandeln, was ihm Geld und das Vertrauen der Unterwelt einbringen würde. Unterdessen ermittelt Liz auf einer Pferderennbahn wegen eines getöteten Pferdes. Nick, der ebenfalls versucht mehr über die Leiche aus Reds Koffer herauszufinden, wird von einem Unbekannten ermordet, der den Koffer an sich nimmt.

Liz jagt einen Terrorverdächtigen namens Ilyas Surkov, der für einen Bombenanschlag verantwortlich sein soll. Unterdessen vertraut sie Tom an, dass sie glaubt, Red sei für die Ermordung von Nick verantwortlich. Er hatte zuvor Nachforschungen über die Leiche in Reds Koffer angestellt hat. Als Tom sich auf die Suche nach Nicks Forschungsergebnissen macht, erhält er einen Anruf von Red, der über Toms Ermittlungen gegen ihn längst Bescheid weiß.

Liz erhält Insiderinformationen von Red, dass eine Organisation namens „The Travel Agency“ den Mord an Mitchell Dunning plant. Doch bevor Liz und Navabi Dunning in Sicherheit bringen können, wird dieser vor seiner Haustür erschossen. Unterdessen setzt Red Tom unter Druck und verspricht, dass noch mehr Leute sterben werden, falls er seinen Koffer nicht zurück bekomme. Doch Tom bleibt entschieden, Red auffliegen zu lassen.

Liz und Red untersuchen gemeinsam einen Fall bei dem mehrere illegale Einwanderer ertrunken sind. Red, der gute Verbindungen zum Schmugglerring hat, versucht mit dem Kopf der Bande, „The Irishman“, einen Deal auszuhandeln. Doch er wird von seinem ehrgeizigen Sohn Colin umgebracht, der auch für die toten illegalen Einwanderer verantwortlich ist. Red tötet Colin und rettet Dembe das Leben, als er einen Anruf erhält, dass Tom verschwunden ist.

Liz findet heraus, dass Tom verschwunden ist, doch Red ist dem Entführer schon längst auf der Spur. Ian Garvey, der Entführer, versucht mit Tom als Druckmittel ein Treffen mit Red zu arrangieren. Doch Tom kann fliehen und will sich schwer verletzt mit Liz treffen, um ihr zu berichten, was die DNA-Proben der Knochen aus Reds Koffer ergeben haben. Aber Garvey kommt den beiden zuvor. Red ist der Einzige, der Liz und Tom jetzt noch retten kann.

Nach dem brutalen Mord an ihrem Ehemann Tom gibt Liz ihr altes Leben auf und sucht einen Neuanfang an einem geheimen Ort irgendwo in Alaska. Hier kennt niemand ihre Geschichte, ihren Namen oder die Abgründe ihrer Trauer. Doch als eine unerwartete Bedrohung sie in einen erbarmungslosen Überlebenskampf zwingt, muss Liz sich auf ihre alte emotionale und körperliche Stärke stützen, um zu überleben.

Als Red die Task Force anleitet, eine Person auf der Blacklist zu finden, die ihre Machtposition dazu nutzt, sensible Informationen an den Meistbietenden zu verkaufen, sieht sich Ressler dem Risiko ausgesetzt, sein doppeltes Spiel aufzudecken. In der Zwischenzeit plant Liz den nächsten Schritt, um die Mörder ihres Ehemanns zu finden und zur Strecke zu bringen.

Red begibt sich auf Schatzsuche, und erregt damit die Aufmerksamkeit von Abraham Stern, einem durchtriebenen Drahtzieher, der sein Leben ebenjenem Schatz gewidmet hat. Liz betritt auf ihrer Suche derweil einen dunklen Pfad, der sie auf die Spuren eines der gefährlichsten Gangsters führt.

Die Task Force nimmt die Hilfe eines Brandstifters in Anspruch, um einen anderen Brandstifter einzufangen. Derweil suchen Liz und Red nach Toms Mörder. Dabei hinterfragt Liz abermals seine Motive.

Nachdem in einem abgelegenen Waldstück mehrere Leichen entdeckt werden, vermutet Red, dass eine gefährliche Gruppe namens „Die unsichtbare Hand“ dahinter steckt. Diese Gruppe bestraft Menschen, die moralisch fragwürdige Dinge tun, die aber völlig legal sind. Red greift indes einem seiner Mitarbeiter unter die Arme, während Liz neue Hinweise über Toms Ermittlungen entdeckt.

Dieses Mal ist die Task Force auf der Suche nach einem mysteriösen Verbrecher, der sich auf die Bereitstellung wasserdichter Alibis für mordhungrige Klienten spezialisiert hat.

Liz sucht weiterhin nach Toms Mörder. Unterdessen sucht Red, dessen kriminelle Organisation weitergehend zerstört wurde, nach einer kreativen Lösung für ein Steuerproblem seiner illegalen Transaktionen.

Liz rollt einen alten Fall aus ihren Tagen als FBI-Profiler auf und erkundet so in der Therapie ihre eigenen dunklen Impulse.

Nach der Ermordung eines Mitarbeiters des Nash Syndikats, setzt Red Liz und die Task Force auf den Fall an, um Beweise zu sammeln, um die Identität von Ian Garvey zu lüften. Aram überlegt derweil, seine Beziehung zu Samar zu vertiefen.

Um Druck auf Ian Garvey auszuüben, machen sich Red und die Task Force auf den Weg zu einem bekannten Heroinlieferanten für das Nash Syndikat. Skeptisch über Reds Methoden, beschreitet Liz auf der Suche nach Garvey eigene Wege.

Um endlich seine Geheimnisse zu enthüllen lässt sich Liz auf ein Wettrennen mit Red ein und nutzt dafür Insiderwissen aus einer unerwarteten Quelle. Doch Red hat einen Plan, die Tasche voller Knochen rechtzeitig ausfindig zu machen um Liz zuvor zu kommen.

Als plötzlich ein junges Mädchen ohne Identität auftaucht, bringen das Liz und die Task Force auf die Spur um eine Verbindung zwischen dem Mädchen und den von Red behüteten Geheimnissen aufzudecken. Als ihre Familie ebenfalls auftaucht um eigene Geheimnisse zu schützen, beginnt ein Wettlauf um das Leben des kleinen Mädchens.

Nachdem Samar ins Fadenkreuz eines ungewöhnlichen Verbrechers geraten ist, machen sich Aram und die Task Force auf den Weg um den Verbrecher zu stoppen. Unterdessen versucht Red in einer Untergrund-Auktion, zu verhindern, dass die Tasche mit Knochen an den höchsten Bieter versteigert wird.

In einem unerbittlichen Wettlauf suchen Liz und Red unabhängig voneinander nach dem Höchstbieter, der in Besitz der Tasche mit den Knochen ist. Sie erzwingen, dass die Wahrheit über die Knochen endlich ans Licht kommt.