Reddington et Liz sont sur la liste des dix fugitifs les plus recherchés par le FBI. Liz a abattu le procureur Général Connolly, qui était lié à la Cabale, et elle est soupçonnée d’être responsable de la mort de quatorze agents de la CIA dans un attentat. Reddington met tout en œuvre pour leur faire quitter Washington afin d’échapper à leurs poursuivants. Il a activé un contact connu sous le nom de «Désinformateur», spécialiste dans la création de leurres et de fausses pistes pour égarer les forces de police. Parallèlement, Dembe est tombé dans le piège d'un certain Matias Salomon, membre de la Cabale, qui a l’intention de se servir de lui pour remonter jusqu’à Reddington. Ressler, qui a maintenant pris les commandes de l’unité spéciale, est contacté par Tom qui lui propose ses services pour tenter de disculper Elizabeth. Bien que Ressler ne soit absolument pas convaincu de la culpabilité de son ex-coéquipière il refuse l’offre de Tom. Durant leur exfiltration dans deux véhicules séparés, Reddington arrive à se faufiler entre les mailles du filet alors que Liz reste bloquée à l’intérieur du périmètre de recherche établi par le FBI. Elle cherche refuge à l’ambassade de Russie où elle se présente comme agent du FSB.

Liz s’est réfugiée à l’ambassade de Russie. Elle prétend être un agent du FSB en mission d’infiltration et demande l’asile diplomatique. La Cabale fait jouer ses relations pour obtenir son transfert au Kremlin, l’idée étant de la supprimer dès qu’elle sera à bord de l’avion. Reddington fait pression sur l’ambassadeur de Russie pour savoir ce qui se passe et informe immédiatement Ressler de la situation. Ce dernier attaque le convoi et sauve Liz, qui s’enfuit. Elle retrouve Reddington dans un café, très vite cerné par la police. Reddington prend alors en otage tous les clients et lance un ultimatum au FBI. Il exige, entre autres, qu’on amène Marvin Gerard, un avocat incarcéré. Il compte sur celui-ci pour l’aider.

Reddington pense que le seul moyen de disculper Liz est de forcer la Cabale à lâcher le Directeur et de révéler ce qui s’est vraiment passé. Pour ce faire, il s’attaque à la firme d’agro-industrie Verdiant, liée à la Cabale. Mais Reddington et Liz découvrent l'existence d'une opération destinée à répandre un virus dans les cultures céréalières OGM au niveau mondial. Ressler et Samar sont toujours à la poursuite des deux fugitifs et remontent eux aussi la piste de Verdiant. Tom se rend chaque jour dans un restaurant où Liz doit l’appeler en cas de danger. Mais à sa grande surprise, il voit arriver Cooper qui lui propose un marché. Dembe est toujours aux mains de Salomon, qui tente de lui extorquer des informations au sujet de Reddington.

Reddington et Liz sont à la recherche du Djinn, une femme qui permet à ses clients de réaliser leur vœu le plus funeste, souvent un désir de vengeance. Ils demandent de l’aide à Aram, qui est forcé de s’en expliquer à Ressler. L’équipe découvre assez vite que le Djinn cherche à provoquer la faillite d’un homme, Bahram Bakhash. Il s’avère que le Djinn est sa fille, Nasim, qui était, en fait, son fils avant que son père ne découvre qu’il était gay et ne le force à changer de sexe. Elle se servait d’Alice, une ancienne hôtesse d’accueil, pour tenir le rôle du Djinn auprès de ses clients. Red contraint Nasim à lui donner le registre où sont notés tous les noms de ses clients parmi lesquels figurent deux membres influents de la Cabale.

La Cabale se rapproche de plus en plus dangereusement de Liz et de Red avec Salomon comme émissaire. En même temps, plusieurs assassins se mettent aux trousses de Liz, alléché par une prime qui sera offerte par un certain Arioch Cain, qui s'avèrera être la fille d'une des agents de la CIA tués dans l'attentat attribué à Liz. Ressler prend la défense de Liz contre la Cabale tout en tentant de contrecarrer les assassins.

Pendant que Tom infiltre un groupe de combat brutal afin de trouver un homme susceptible de disculper Liz, Reddington et la jeune femme recherche l'homme de confiance du Directeur et échappent de justesse une confrontation violente.

Au moment où la Task Force pourchasse un terroriste, Samar voit un événement tragique de son passé du côté de sa famille refaire surface. Le FBI et la Cabale gagnent du terrain dans la traque de Reddington et Liz. Tom, quant à lui, rencontre des complications dans son plan pour disculper la jeune femme.

Liz est arrêtée par le FBI et emmenée au Post Office avant d'être envoyée au tribunal pour être jugé. Reddington fait appel à l'aide de la Task Force pour la protéger, car le Directeur met tout en œuvre pour la tuer.

Red fait appel à la Task Force afin de protéger Liz de la Cabale et la disculper, n'hésitant pas à mettre au point un ultimatum final envers le Directeur.

Tandis que Liz tente de s'adapter à sa nouvelle vie après que son innocence ait été prouvée, Reddington travaille avec l'équipe du FBI pour infiltrer une assemblée de criminels de hauts niveaux en liberté dans une occasion rare.

Lorsqu'un associé de Red est assassiné, ce dernier avertit l'équipe du FBI qu'un groupe d'auto-défense utilise les méthodes employés au Moyen-Age pour tuer les "pécheurs". Il fait équipe avec Liz et la Task Force pour les arrêter. Quant à Liz, qui a découvert qu'elle est enceinte, considère attentivement ce qu'elle fera par la suite.

Un règlement de compte dans un restaurant new-yorkais menace de raviver la guerre entre le clan Vacarro et le clan Eriksson. Reddington annonce à Elizabeth qu’un personnage, surnommé le Promnestria, va certainement faire son apparition pour rétablir la paix entre les deux clans mafieux. Effectivement, l’étrange entremetteur vient offrir ses services et propose aux deux parrains rivaux d’organiser un mariage entre la fille de l’un et le fils de l’autre. Une surveillance des deux barons de la drogue est établie conjointement par le FBI et la DEA pour tenter d’arrêter un maximum de membres des deux organisations. Plusieurs flashbacks nous montrent, en parallèle, Reddington en compagnie d’une jeune femme nommée Joséphine. Le couple semble être très lié, mais Joséphine annonce à Red son intention d’épouser un autre homme. Alors qu’Elizabeth cherche toujours une famille d’adoption pour son futur enfant, Tom renoue des liens avec Gina et se laisse embarquer dans le braquage d’une bijouterie.

Un enfant porté disparu, qui a été présumé mort, réapparaît. Son retour improbable encourage Red et Liz à poursuivre une femme qui est connue pour enlever des enfants. Après avoir aidé Gina, Tom se retrouve dans une mauvaise position.

Alors que le fondateur d'une start-up à succès est retrouvé mort, Red reconnaît le mode opératoire comme étant celui d'un tueur notoire. Liz et l'unité d'élite travaillent avec Red pour suivre l'assassin et ont recours à une source dangereuse. Pendant ce temps, Tom frôle la mort, tandis que Liz réfléchit aux options qui s'offrent à elle pour l'avenir de son bébé.

Alors qu'un fonctionnaire du Département d'État est retrouvé mort à Pékin, Red et Liz relient l'assassinat à un gardien du secret connu sous le nom de "Caretaker". Red et Liz travaillent avec l'unité pour trouver cet homme et ainsi que sa collection de secrets mortels. Pendant ce temps, Tom prend une décision risquée, alors que Liz persiste dans sa quête pour en savoir plus sur sa mère.

Mr. Solomon est parvenu à s'échapper de sa prison fédérale par un mécène inconnu. Liz et Tom ont décidés de se marier malgré les objections de Reddington. Liz demande à Cooper d'officier au mariage et invite les autres membres du groupe de travail pour y assister.

Solomon poursuit sa quête incessante concernant Liz et Tom et les surveille grâce à un satellite et des données pour les retrouver. Liz est victime d'un accident de voiture. Liz est emmenée par Mr. Kaplan dans un endroit sur où son ex médecin, Nick, lui fait une césarienne en urgence pour sauver son bébé.

Désemparé et brisé, Reddington se rend à Cape May, dans le New Jersey où il sauve une femme de la noyade, dont il est révélé qu'un lien les unissent. Il raconte ses sentiments envers Liz, sa mort et l'avenir d'Agnes. Plus tard, la femme révèle que des gens sont après elle pour la tuer. Reddington fait équipe avec cette dernière pour l'aider, mais elle réessaye de se noyer et Reddington ne parvient pas à la sauver. Il est révélé que la femme était le fruit de l'imagination de Red : son souvenir de Kathrina Rostova.

En deuil, les membres de la Task Force veulent venger la mort de Liz en retrouvant les tueurs. Ils découvrent que les employeurs de Solomon utilisent un ancien réseau de satellites, le Réseau Artax, pour surveiller Liz à chaque étape. Leur enquête les mène à une femme mystérieuse non identifiée qui pourrait se cacher derrière la tragédie. Parallèlement, Reddington se cache et part voir le grand-père de Liz afin de faire amende honorable. Finalement, il retrouve la Task Force afin de les aider.

La Task Force continue de pleurer la perte de Liz. Reddington sort de sa cachette et leur dit de chercher une femme puissante affectée au kidnapping de Liz nommée Susan Hargrave. Après avoir été retrouvée, Hargrave révèle à Reddington que le responsable de la mort de Liz est un certain Alexander Kirk.

Reddington informe la Task Force qu'il doit rechercher Alexander Kirk. Il est révélé plus tard que Kirk en a après la fille de Liz, Agnes, et va tout faire pour la protéger.

La Task Force est proche d'Alexander Kirk. Pendant ce temps, Reddington annonce qu'il veut quitter le groupe après la mort de Liz parce qu'il ne veut plus rester. Mr. Kaplan garde un œil sur Tom et Agnes tant que Kirk veut les retrouver. Tom s'échappe et se rend à Cuba pour entrer dans la clandestinité. Kaplan a laissé filer Tom, ce qui rend Reddington furieux. En fin de compte, il est révélé que Liz est encore vivante, Kaplan ayant simulé sa mort pour la protéger de Reddington afin qu'elle soit en sécurité et que ce soit meilleur pour Reddington. Ce dernier pense qu'il est un piège pour elle et se rend à Cuba pour la retrouver, mais Liz est capturée par Kirk, qui révèle être son père.