Red continua la sua battaglia contro Berlin, nel frattempo viene a sapere che una persona di nome "Lord Baltimore" ha assunto un cacciatore di taglie per ucciderlo e Liz dopo la resa di conti con Tom, prova ad andare avanti con la sua vita. Il vero Bersaglio di Baltimore è Noemi, l’ex moglie di Red.

Red informa l'FBI che la Monarch Douglas Bank di Varsavia è stata derubata. si scopre che l'unica cosa che manca dalla banca è un dipendente che è la chiave di tutte le operazioni criminali effettuate presso la banca. Red attira Berlin allo scoperto nella speranza di salvare Noemi.

Il cadavere di un uomo privato del cuore fa avviare un’ indagine sul mercato nero degli organi, Liz, Ressler e Samar Navabi indagano per rintracciare il dottor Covington che Red individua come l’uomo che sta dietro quest’attività criminale . Nel frattempo, Red cerca di sfruttare una nuova opportunità in Indonesia.

Keen, Ressler e Cooper indagano su cellula eco-terrorista alla ricerca di un’arma mortale, Liz prova a sbarazzarsi dell’uomo che Red gli ha messo alle costole.

Dietro il ritrovamento di un cadavere mutilato c’e’ l’organizzazione criminale conosciuta come Il Cartello Mombasa, specializzata in traffico di animali esotici ed esseri umani. Il Cartello è responsabile della morte della famiglia di Dembe Zuma, il “tuttofare” di Red. Nel frattempo Liz si accorge della pericolosa dipendenza sviluppata da Ressler.

Quando uno scienziato nucleare iraniano è ucciso in maniera sospetta, Red informa gli agenti Liz e Navabi che il pericoloso killer “The Scimitar" è stato ingaggiato per uccidere un importante scienziato americano per vendetta. Liz nel frattempo raccoglie informazioni su Berlin e Red stringe amicizia con una donna che lavora su un furgone di ristoro ambulante.

Red e Berlin vanno a Mosca alla ricerca di Decembrist , l’uomo che ha dato il via alla loro guerra. Nel frattempo Liz prova ad avere notizie su Berlin interrogando Tom, la situazione precipita ed un Capitano di Porto viene ucciso da Tom.

Quando Red viene arrestato ad Hong Kong e portato in un centro di detenzione segreta la Task Force prova a salvarlo. Red deve affrontare una sua vecchia conoscenza, il criminale Luther Braxton, che è alla ricerca del Fulcrum.

Il team di salvataggio è intrappolato nel centro di detenzione dove regna il caos. Nel frattempo Luther Braxton cerca di arrivare ai segreti del Fulcrum interrogando Liz con l’uso di droghe per farle riaffiorare i ricordi della sua infanzia.

La Task Force deve salvare un prete, che in realtà è un agente sotto copertura della CIA, rapito dai separatisti in Uzbekistan; Red pensa che dietro il rapimento ci sia Ruslan Denisov, pericoloso criminale che agisce dietro la bandiera del separatismo. Nel frattempo negli Stati Uniti un poliziotto locale inizia un’indagine sull’omicidio del Capitano di Porto commesso da Tom.

Red porta la Task Force ad indagare sui motivi della scomparsa di Justin Kenyon, leader di una setta che nasconde pericolosi container nella sua proprietà. Nel frattempo, Red utilizza le sue conoscenze per rintracciare la cassaforte nascosta di Alan Fitch.

Liz viene a sapere dell’esistenza di un killer noto come "Il cacciatore di cervi" che segue le sue vittime come fossero prede. Liz chiede aiuto a Red per catturarlo. Nel frattempo, la polizia locale continua le sue indagini e Liz fatica a mantenere il suo segreto.

Tom si imbarca in una nuova pericolosa missione in Germania; un’ex amante coinvolge Red in un gioco mortale condotto da una dinastia che ha accumulato la sua ricchezza attraverso aste clandestine in cui vengono venduti sia oggetti che esseri umani.

Mentre Liz si difende dalle accuse di omicidio, l’intera Task Force ed il rapporto privilegiato con Red viene messa sotto esame. Nel frattempo, Red arruola Cooper e Ressler per trovare " The Major ", un pericoloso ex socio fondamentale per non fare arrestare Liz.

Le prove contro Liz aumentano ed un giudice federale minaccia di metterla sotto processo per l’omicidio del Capitano di Porto. Ressler e Red si mettono alla ricerca di Tom, l’unico in grado di scagionarla.

La Task Force si mette sulle tracce del miliardario Roger Hobbs che fa rapire pazienti disabili per permettere ai suoi scienziati di condurre esperimenti sull’immortalità. Tom è costretto a scappare dalla Germania e, tornato a Washington, si sacrifica per salvare Liz.

Liz indaga su Vanessa Cruz che vuole vendicarsi delle persone responsabili della morte del marito. Tom rivela a Liz che è stato Red a farlo entrare nella sua vita. Liz vuole rompere definitivamente con Red quando i due si incontrano un cecchino ferisce gravemente l’uomo.

Con la sua vita appesa ad un filo Red chiede a Liz di rintracciare una figura chiave del suo passato che può sbloccare il potere del Fulcrum. Tom offre aiuto in modo inaspettato.

Dopo la decodifica delle informazioni nascoste nel Fulcrum, Red è determinato a fermare l’imminente minaccia. Nel frattempo, la Task Force scopre che i cadaveri di donne cinesi-americani vengono contrabbandati fuori dal paese sotto falsa identità. Liz continua a cercare risposte sul suo passato dopo aver scoperto un quadro nascosto nell'appartamento segreto di Red.

A seguito delle informazioni di Red, l'FBI viene a sapere che il pericoloso assassino russo Karakurt è negli Stari Uniti per uccidere un senatore americano. Per fermarlo Liz contatta il controspionaggio russo scoprendo che hanno anche informazioni sull’identità di sua madre. Cooper si trova in una posizione compromettente.

Liz scopre di essere stata incastrata dalla Cabala, spingendo Red ad usare le sue connessioni per salvarla. Cooper riceve una notizia sorprendente; i membri della Task Force sono alle prese con una diffusa mancanza di fiducia.