Red doit affronter une nouvelle menace : un personne du nom de Lord Baltimore, envoyée par Berlin. Après deux mois de silence, il recontacte Lizzie pour qu'elle l'aide à neutraliser cette cible. La jeune femme, ébranlée par les derniers événements et par la trahison de son époux, vit en marge sous de faux noms pour tenter d'échapper à toute surveillance. Le temps est venu pour elle d’aller de l’avant.

La succursale de la banque Monarch Douglas de Varsovie est prise d'assaut par 5 individus. Red informe que celle-ci travaille exclusivement au blanchiment de l'argent des cartels et de groupes terroristes. Envoyés sur place, Ressler et Keen réalisent rapidement que l'attaque n'était pas un braquage mais l'exfiltration d'une employée dotée d'une mémoire eidétique. Berlin dont les fonds se trouvent dans cette banque est lui aussi concerné.

Suite à une série de crimes violents survenus durant les derniers mois, Reddington fait part à Lizzy de ses doutes concernant la reprise d’un programme de contrôle mental par le gouvernement. Harold Cooper confirme qu’un tel programme a bien existé et était connu sous le nom de code "Sous-projet 7". Liz et Ressler enquêtent donc sur une éventuelle reprise de ce dispositif. Ils rendent visite au sénateur Sheridan, qui nie en bloc l’existence du projet et leur fournit des documents édulcorés, qu’ils parviennent à reconstituer avec l’aide d’une connaissance de Reddington. Ils découvrent que dans plusieurs cas de passage à l’acte par des personnes sans casier judiciaire il apparaît deux choses : chaque meurtrier semble porteur du "gène du guerrier" et ils sont suivis par le même psychiatre, le docteur Linus Creel. Ils soupçonnent Creel de parvenir à déclencher les pulsions meurtrières de ses patients. Liz s’invente un personnage, pas si éloigné d’elle en réalité, et se débrouille pour être prise en charge à l’hôpital par ce médecin.

Une femme est renversée par un taxi. Reddington attire l’attention de Liz sur l’affaire. Il s’agit de Carrie Anne Beck, la femme de Maddox Beck, deux activistes passés dans la clandestinité après avoir fait croire à leur mort. Elle voulait l’empêcher de déclencher une épidémie de peste grâce à un tableau volé. Celui-ci indique où est caché le corps d’un prêtre qui, au XIVème siècle, avait été chargé de conduire au bout du monde la souche responsable de l’épidémie de peste noire. Beck réussit à localiser le corps et à s’emparer de la souche. Il met son projet à exécution et envoie d'abord ses partisans infectés à Washington, puis dans le monde entier. Liz et Samar se retrouvent contaminées en voulant stopper un de ses envoyés.

Il y a vingt-neuf ans en Afrique, toute une famille est décimée et le plus jeune enfant, unique rescapé du massacre, est enlevé. A l'époque actuelle, un dignitaire africain est assassiné dans une chambre d’un palace parisien. Liz rend visite à Reddington, qui regarde un reportage animalier. Il en profite pour lui parler du cartel de Mombasa, une organisation criminelle spécialisée dans le braconnage d’espèces en voie de disparition. Liz découvre que ce groupe élimine petit à petit tous les autres cartels du même secteur au niveau mondial. Mais deux corps, entièrement écorchés, sont retrouvés. Les deux cadavres sont identifiés comme appartenant au cartel de Mombasa. Aram parvient à découvrir où les corps ont été jetés à la mer : dans une zone située sur la côte de l’Alaska. Ressler est envoyé sur place pour enquêter. De son côté, Reddington présente à Liz un milliardaire, Jeff Perl, passionné par la cause animale et qui devrait pouvoir l’aider dans son enquête. Reddington rencontre en marge de cette affaire une jeune femme, Zoé.

Reddington confie une affaire à Liz et Samar. Un tueur professionnel, "Le cimeterre", est chargé par le renseignement iranien de mettre la main sur un des membres d’une équipe de chercheurs américains en physique nucléaire. C’est une opération de représailles, suite au meurtre par Samar d’un de leurs plus éminents scientifiques dans le domaine. Deux des trois chercheurs sont aussitôt mis en sécurité. Pour le dernier, qui doit participer à une conférence le soir-même, cela attirerait trop l’attention. L’unité doit s’assurer que les Iraniens ne découvrent pas son identité. Mais ils tombent dans un piège. Liz et Ressler sont emmenés dans un hôpital factice.

Lors d'un flash-back, Elizabeth retient Tom prisonnier pour lui soutirer de nombreux renseignements. Reddington révèle à Berlin que sa fille, Zoé, est en vie et il la lui présente, rendant toute rivalité inutile. Zoé leur révèle que leur véritable ennemi est un homme surnommé "Le décembriste". En combinant leurs recherches, Reddington et Berlin finissent par découvrir la véritable identité du "Décembriste". Il s’agit d’Alan Fitch, une vieille connaissance de Reddington. Berlin décide de le tuer, une chose que Reddington ne peut autoriser. Malgré tout, Berlin parvient à enlever Fitch qui est retrouvé un peu plus tard avec une bombe à retardement fixée autour du cou. Il est conduit au siège du FBI où il est placé dans un caisson de confinement le temps que les artificiers désamorcent la bombe. Ils échouent et se sachant perdu, Fitch se confie à Reddington. Il lui parle d’un élément mystérieux d’une très haute importance : le fulcrum.

Reddington s’est fait arrêter à Hong Kong. Il est aussitôt transféré dans une prison secrète, "La fabrique", un établissement où sont interrogés les prisonniers afin de leur soutirer des renseignements d’intérêt majeur. Liz et l’équipe réussissent à obtenir l’autorisation d’aller sur place pour en apprendre davantage. Il semblerait que Red se soit fait arrêter dans le but d’approcher un certain Luther Braxton, un voleur. A leur arrivée sur place, ils sont arrêtés par des hommes de Braxton, qui est parvenu entre-temps à prendre le contrôle de la prison. Mais Liz réussit à s’enfuir et retrouve Red, à l’intérieur. Celui-ci lui apprend que Braxton veut dérober le fulcrum, un fichier contenant des informations sur un groupe d’hommes très puissants et qui, donc, permettrait de les faire chanter. Pour ce faire, il a besoin d’accéder au réseau de la Défense en se connectant depuis la salle du serveur dans "La fabrique".

Après que "La fabrique" a été touchée par des missiles envoyés par le gouvernement, Braxton est parvenu à s’enfuir à bord d’un hélicoptère, enlevant Liz. Dans la prison, Samar, Red et Ressler parviennent à rétablir la communication avec les garde-côtes qui viennent à leur secours. Les recherches débutent pour retrouver Liz. Détenue par Braxton, celui-ci est fermement décidée à lui arracher le secret du fulcrum. La torture ayant échoué, il force une neurologue spécialiste de la mémoire à intervenir pour sonder l’esprit d’Elizabeth en utilisant l’hypnose, associée à diverses drogues. Liz est plongée dans une sorte de rêve éveillé au cours duquel ressurgissent des images de son passé. Elle se revoit enfant, le soir de l’incendie qui a détruit sa maison et probablement tué son père. De leur côté, Reddington et le FBI font tout pour retrouver Liz. Red fait jouer ses relations et parvient à retrouver Braxton et à localiser la jeune femme. Il profite de l’état d’hypnose dans lequel elle se trouve encore au moment où il arrive pour tenter de lui faire dire où se trouve le mystérieux fulcrum, en vain.

Reddington met l’unité sur la trace de Ruslan Denisov, le chef d’une bande de rebelles ouzbèques, qui a enlevé un agent de la CIA, se faisant passer pour un prêtre. Liz et Ressler partent pour l'Ouzbékistan afin de mener l’enquête et les négociations. Arrivés sur place, ils se font enlever par Denisov. Celui-ci leur explique alors qu’il a enlevé l’agent pour attirer l’attention du FBI sur un oléoduc appartenant à un groupe américain. L’installation fuit et elle a déjà fait des centaines de victimes.

Reddington met le FBI sur la piste d’une secte apocalyptique qui a, à sa tête, un certain Justin Kenyon. Celui-ci a disparu. Outre le fait qu’il pratique la polygamie et la pédophilie, Kenyon permet à divers criminels d'utiliser son immense propriété totalement isolée pour y enterrer toutes sortes de marchandises prohibées, allant de la drogue aux armes de guerre, en passant par les explosifs. Cependant, étant entouré de nombreux avocats, Kenyon semble intouchable. Des événements accélèrent l’enquête. Une camionnette piégée explose, tuant deux policiers. Peu de temps après, Samar empêche in extremis l’explosion d’une seconde camionnette pilotée par un jeune garçon. Les véhicules appartenant à la secte de Kenyon, Keen et Ressler décident d’intervenir dans la propriété, mais ils découvrent un véritable massacre. Tous les adultes de la secte ont été tués et les enfants ont disparu.

Liz et l’unité sont sur la piste d’un tueur en série, "Le chasseur solitaire". Il s’avère rapidement qu'ils ont, en fait, affaire à deux assassins : le vrai et un imitateur. L'enquête les amène à se renseigner sur une association d’aide aux victimes. Ils découvrent que l’imitateur tue les conjoints de femmes maltraitées par ces derniers. En allant interroger la femme de la dernière victime, Liz et Ressler manquent de peu le tueur. Liz part à sa poursuite et tombe entre ses mains.

Reddington apprend l’enlèvement de Madeline Pratt par la famille King, des milliardaires excentriques dont l’une des activités consiste à organiser des ventes aux enchères où sont mis à prix aussi bien des armes, que des œuvres d’arts volées ou des êtres humains convoités pour diverses raisons. Alors qu’il est parvenu à remonter la piste des ravisseurs, Reddington tombe dans le piège tendu par Madeline, dont l’enlèvement était feint. Il se fait capturer par la famille King qui a bien l’intention de le vendre au plus offrant lors de ses prochaines enchères. Redoutant le pire pour Reddington, Liz parvient à prendre la place d’une acheteuse et à s’introduire dans la vente.

Cooper est assigné à comparaître dans le cadre de l’enquête menée par un grand jury au sujet de l’affaire Eugene Ames, l’officier de port retrouvé mort. Wright essaie de faire révoquer l’assignation en invoquant le caractère secret des affaires de l’unité, mais le juge exige d’entendre Elizabeth Keen en audience privée. Elle est contrainte de tout lui expliquer. Avec l’aide de l’unité, Red est à la recherche du "Commandant", l’homme qui a formé Tom dès son plus jeune âge aux missions d’infiltration. Il fait enlever un ministre, lui-même un agent du "Commandant", pour obtenir un face-à-face avec l’homme en question. Le "Commandant" finit par mettre Red sur la piste de Tom, qui est toujours en Allemagne.

Le juge Denner continue l’audition à huis clos des membres de l’unité spéciale et tout particulièrement celle de Liz, qui risque d’être inculpée pour le meurtre d'Eugene Ames, l’officier de port tué par Tom Keen à bord du Phoenix. Sachant que seul Tom pourra la disculper, Reddington et Ressler partent pour l’Allemagne pour le convaincre de rentrer aux Etats-Unis et de se livrer à la justice. Utilisant plusieurs relations sur place, Red parvient à mettre Tom dans une situation très délicate avec le réseau néonazi qu’il a infiltré.

C’est l’anniversaire de Liz. Reddington lui apporte du vin et une nouvelle affaire. "L’initiative longévité", une société fondée par Roger Hobbs, un milliardaire, cherche à prolonger indéfiniment la vie humaine, mais il semblerait qu’elle soit passée à l’expérimentation sur des patients invalides, atteints de lésions au lobe frontal, enlevés dans plusieurs centres de soins. Trois cadavres sont retrouvés à l’arrière d’un camion et mettent l’unité sur la piste du docteur Julian Powell. Ce dernier, sous couvert de quête de l’immortalité, cherche, en fait, à guérir sa fiancée, victime d’un accident de voiture dont il était responsable.

Vanessa Cruz organise une machination machiavélique pour venger la mort de son mari. Elle manipule tous les acteurs qui ont poussé celui-ci au suicide et les fait tomber dans divers pièges qui tantôt les conduisent en prison, tantôt provoquent leur mort. Elle en profite au passage pour leur dérober des sommes extrêmement importantes. Reddington met Liz et l’unité spéciale sur la piste de Vanessa Cruz, qui est en train d’organiser la fin de sa vengeance en utilisant l’identité de sa petite amie pour piéger le dernier homme d’affaires qui a conduit son époux à mettre fin à ses jours. Vanessa finit par être démasquée in extremis par le FBI, mais elle parvient à s’enfuir.

Liz et Dembe réussissent à s’enfuir avec Reddington. Ils se réfugient dans un entrepôt trouvé par monsieur Kaplan qui y a fait venir une équipe médicale de secours pour opérer Reddington, blessé par balle au poumon. Mais deux hommes se prétendant du FBI arrivent sur place et l’un d’eux tue, accidentellement, le chirurgien. Il leur faut trouver un nouveau site et un nouveau médecin au plus vite. Liz emmène tout le monde dans l’ancienne cachette de Tom et contacte Nik, un docteur qui fut son ancien compagnon. Pendant ce temps, l’unité au FBI cherche à localiser un certain Leonard Caul, à la demande de Reddington.

À peine guéri de sa blessure, Reddington met l’unité spéciale sur une affaire de profanation de sépulture et de vol de cadavres. Plusieurs corps de jeunes femmes sino-américaines ont été dérobés. L’enquête conduit Elizabeth sur la piste d’un trafiquant international qui s’occupe aussi bien d’armes et d’explosifs que de fournir à de riches familles chinoises des corps embaumés qui serviront à une cérémonie nuptiale posthume, destinée à assurer le bonheur des défunts dans l’au-delà. Elle découvre qu’il est également chargé de faire entrer sur le territoire un tueur du nom de Karakurt. Red veut à tout prix déjouer les plans du directeur et de la Cabale. Pour ce faire, il retrouve la trace de Jasper et s’arrange pour le faire parler en lui faisant croire que Navabi est un agent double au service de la Cabale.

Red confirme à Liz que Karakurt est déjà aux Etats-Unis. Il va lancer une attaque contre une infrastructure de la défense. Laquelle ? Il n’en sait rien. L’unité se renseigne auprès d’un service de la CIA, spécialisé dans le contre-espionnage de la Russie. Rien de concret n’en ressort si ce n’est qu’un de leurs informateurs a enregistré une conversation suspecte la veille et qu’il pourrait détenir des informations sur Katarina Rostova, la mère de Liz. Mais Karakurt fait exploser un véhicule piégé qui tue tous les membres du service.

Liz est sur le point d’être inculpée pour l'assassinat du sénateur Hawkins. Le procureur général Tom Connolly démet Cooper de ses fonctions et garde Elizabeth Keen pour l’interroger. Mais elle parvient à s'échapper avec l’aide de Reddington et Cooper. Pendant ce temps, Reddington réunit des journalistes d'investigation de premier plan dans le monde, leur révélant le contenu du Fulcrum, afin d'exposer publiquement la Cabale. Grâce à Liz, Cooper découvre que sa maladie était une mise en scène orchestrée par la Cabale et Connolly. Lors d’une confrontation avec Connolly, Cooper lui révèle qu’il a découvert la supercherie. Le procureur général explique à Liz et Cooper que, quoiqu’ils fassent, il retournera toujours la situation en sa faveur.