Raymond "Red" Reddington overgiver sig til FBI og tilbyder at samarbejde med dem under en betingelse: Han vil kun tale med den nyudnævnte FBI-profiler Elizabeth Keen.

Med hjælp fra en CIA-agent og Ressler går Red og Elizabeth efter "The Freelancer" for at forhindre et nyt mord. Elizabeth er i tvivl om, hvad hun skal stille op med Toms kasse.

Red og FBI forsøger at finde en kinesisk spion, som tidligere har arbejdet med Red. Samtidig begynder Elizabeth at efterforske Tom.

Da Liz vidner mod en narkobaron, bliver et andet vidne bortført, muligvis af "The Stewmaker" - en mand som er ansvarlig for hundredvis af forsvundne personer. Samtidig slår Red og Ressler sig sammen for første gang.

Robert Knepper er på flugt, men Red og FBI ved ikke, hvordan han ser ud. Elizabeth havner midt i et kidnapningsforsøg.

Denne gang kæmper Red mod en smuk kvinde, som er terrorist. Tom forsøger at bevise, at han er uskyldig ved at give FBI noget.

Et kemisk angreb i undergrundssystemet får FBI til at sætte en jagt ind på den ansvarlige. Spændingerne mellem Elizabeth og Red tager til efter deres konflikt med Tom.

Endnu en person på listen bliver afsløret, og Elizabeth hører om et meget farligt planlagt angreb mod landets finansielle system. Desuden kommer Tom Elizabeth til undsætning.

Begivenhederne tager en uventet drejning, da en person fra den sorte liste går efter Red. Samtidig havner Liz et underligt sted.

Liz infiltrerer FBI's "blacksite" men støder på problemer. Mens Red forsøger at forhandle med Anslo Garrick, forbliver Resslers skæbne uvis. Samtidig bliver Tom stadig mere bekymret over Liz' situation.

Elizabeth må tage sig af en seriemorder fra sin fortid, mens Red må håndtere følgerne af at have fanget nummer 16, Anslo Garrick.

Reddington, som tidligere selv var eftersøgt af FBI, samarbejder nu med en uerfaren FBI-profiler, Elizabeth Keen, om at fælde farlige forbrydere og terrorister.

Red fortæller Liz om en række bortførelser af babyer, og FBI-teamet beslutter sig for at undersøge et ulovligt adoptionsbureau. Efterforskningen påvirker Liz personligt.

Liz hjælper Tom med at vænne sig til tanken om den nært forestående adoption. Red afslører, at en kvinde fra hans fortid er et mål, og han overtaler Liz til at slå til mod den syriske ambassade.

Red efterforsker Jolenes liv. Samtidig går Liz og Ressler efter en forbryder ved navn The Judge, som indespærer dem, som sætter uskyldige i fængsel.

Det næste mål på Reds liste er en af hans tidligere kompagnoner, forbryderkongen Mako Tanida. Tanida flygter fra fængslet og er ude efter en ting: hævn. Andetsteds konfronterer Tom Jolene, efter at hun har forstyrret hans mission.

En højteknologisk del af et cyberforsvar bliver stjålet og sporene peger i retning af en russisk terrorist. Samtidig kaster Jolenes forsvinden lys over mysterier, der involverer Tom.

Red og teamet er på jagt efter "The Undertaker", der arbejder med livsforsikringer og overtaler almindelige mennesker til at blive lejemordere.

Pavlovich brødrene specialiserer sig i kidnapninger af ofre, der kan indbringe store løsesummer, og ifølge Red er de i gang med at planlægge en ny kidnapning. Mens teamet forsøger at beskytte det næste offer, har Red selv en opgave til brødrene. Andetsteds forsøger Liz tålmodigt at finde frem til sandheden om Tom.

Da en politiker i Prag hænges ud for et mord, giver det teamet anledning til at gå efter the Kingmaker - en upålidelig strateg, som står bag mange magtfulde politikere. Samtidig opdager Liz en hemmelighed, som Red har gemt på.

Liz nægter at arbejde sammen med Red, efter at hun har opdaget sandheden om sin fars død. I et forsøg på at gøre det godt igen og tvinge Liz til at se ham giver Red FBI en sag, som de ikke kan ignorere. Samtidig afslører Liz alt, hvad hun ved om Toms hemmelige liv til FBI.

Efter at det mystiske fangetransportfly styrtede ned, er hele byen udsat for en lockdown, mens myndighederne jagter de undslupne fanger. Samtidig bruger Liz sin magt til at få Red ud af varetægtsfængslingen, da han er deres bedste chance for at finde alle de mistænkte.