Raymond Reddington, le criminel le plus recherché au monde, se rend mystérieusement aux autorités. Mis en détention très surveillée, il donne au FBI le nom d'un autre assassin, Ranko Zamani, et accepte même - pour d'obscures raisons - de collaborer à sa capture. Sa seule condition : travailler exclusivement avec l'agent Elizabeth Keen, avec qui il ne semble pourtant pas lié. La jeune femme accepte l'aide de Reddington pour retrouver la fille d'un Général enlevée par Zamani. Elle ignore encore à quel point cette journée va changer sa vie...

Red pressent une catastrophe imminente qui serait l'œuvre d'un assassin appelé "le Freelance". Liz et Red décident d'agir ensemble incognito pour l'empêcher de tuer sa prochaine victime, Floriana Campo. Dans le même temps, Ressler et une nouvelle recrue de la CIA, Meera Malik, intégrée à la garde privée de Red, les surveillent à distance. De son côté, Liz réfléchit à ce qu'elle devrait faire à propos de son mari, Tom, et de la mystérieuse boîte trouvée sous le plancher...

Red aide le FBI dans sa traque d'un espion chinois, Wujing, qui l'a engagé pour trouver quelqu'un capable de décoder une transmission secrète de la CIA. Liz, sous l'identité d'une cryptographe du FBI, l'accompagne...

Après avoir été forcé de témoigner contre un trafiquant de drogue, Hector Lorca, est enlevé. Red informe le FBI que le "Marmiton", un homme qui a réussi à rester inconnu après des centaines d'enlèvement, est en ville. Les événements échappent à tout contrôle et poussent Red et Ressler à travailler ensemble...

Red informe le FBI que le « Coursier », un intermédiaire dangereusement efficace, doit livrer un colis à un espion iranien. En essayant de stopper la mystérieuse transaction, Liz met le nez dans une affaire de kidnapping...

Tom clame son innocence et insiste pour se rendre à l'entrepôt du FBI afin de laver son nom. Pendant ce temps, Red Propose le nom suivant sur la liste: Gina Zanetakos, une terroriste s'étant spécialisée dans les contrats offerts par les grosses entreprises...

Liz et le FBI cherchent un homme responsable d'une attaque chimique dans le métro. Elle demande l'aide de Red avec beaucoup de réticence. Les choses se compliquent dans la vie de Liz après que Red lui dise ne pas avoir confiance en Tom...

L'agent Ressler tente de protéger Red d'une probable tentative d'assassinat mais il s'est fait berner. Le nouveau membre de la Blacklist, Anslo Garrick, infiltre la prison secrète du FBI et essaye de capturer Red. Au même moment, Liz est capturée dans un ascenseur et essaye de découvrir ce qu'il se passe...

Liz s'introduit dans la prison secrète et désarme le brouilleur pour appeller des renforts mais rencontre des problèmes tout le long du chemin. Le destin de Ressler est en jeu quand Red essaye de négocier avec Anslo Garrick. Pendant ce temps, Tom s'inquiète beaucoup de la situation de Liz et le destin de Red reste inconnu...

L'équipe entière du FBI est sous surveillance lorsque les affaires internes essayent de trouver la taupe qui a permis l'évasion de Reddington. Ailleurs, Red se cache et mène sa propre enquête pour savoir qui l'a trahi. Pendant ce temps, un tueur en série du passé de Liz, "Le Bon Samaritain", frappe encore. Liz est autorisée à se joindre à la chasse pour trouver le tueur. Cooper sait que Red va probablement sortir de sa cachette afin d'aider Liz à résoudre cette affaire non résolue...

Red informe l'équipe que "l'Alchimiste" (un homme qui manipule la science pour transformer l'ADN d'une personne) a été engagé pour protéger un indicateur bien connu de la mafia et sa femme. Comme l'équipe agira sous couverture pour l'attraper, Liz se retrouve dans la poursuite pour un couple improbable. Au même moment, Liz et Tom se retrouvent à nouveau en conflit et Ressler se demande s'il doit oui ou non donner sa bénédiction à son ex-petite-amie...

Après une récente recrudescence des enlèvements de bébés et de leur mère, Red informe Liz que "l'Agence Cyprus" est l'organisation responsable, enlevant les enfants pour alimenter un réseau d'adoption illégal. Pure coïncidence, Liz et Tom envisagent l'adoption ce qui encourage Liz à retrouver le PDG des organisations, Owen Mallory...

Liz aide Tom à aller aux termes de leur tentative d'adoption pendant que Red révèle qu'une femme de son passé, Madeline Pratt, est la nouvelle cible sur la Blacklist. Pendant ce temps, lors d'une fête organisée à l'Ambassade syrienne, Red convainc Liz d'arrêter un hold-up secret...

Lorsqu'un célèbre procureur est retrouvé après 12 ans de disparition, Red croit que cela est l'oeuvre de Ruth Kipling aussi connue sous le pseudonyme "Le Juge". Considérée comme un mythe, le Juge dirige une procédure d'appel clandestine dans laquelle les juges qui ont emprisonné et puni à tort des innocents, sont jugés et punis à leur tour. Pendant ce temps, Red enquête sur la femme qui s'est rapprochée de Tom durant la conférence des professeurs à Orlando...

La prochaine cible sur la Blacklist est un des anciens associés de Red, le seigneur du crime Mako Tanida. Après que Tanida se soit échappé de prison, il cherche à se venger. Par ailleurs, Tom affronte Jolene après qu'elle ait interférée avec sa mission...

Lorsqu'un nouvel atout de cyber-défense est volé, tous les indices mènent à un cyber-terroriste russe se faisant appeler "Ivan". Avec l'assistance de Red, Liz découvre une tentative d'étouffer l'affaire. Pendant ce temps, une nouvelle preuve qui entoure la disparition de Jolene aide à dénouer une partie du mystère caché derrière Tom...

Red et l'équipe sont à la poursuite du "Croque-Mort", un expert en assurance-vie qui convainc les gens ordinaires de devenir des tueurs à gages. Pendant ce temps, Liz travaille avec Red pour découvrir les secrets de Tom...

Les frères Pavlovich, spécialistes en enlèvements de cibles de grande valeur sont de retour et, selon Red, ils planifient leur prochain coup. Pendant que l'équipe essaye de protéger leur prochaine cible, Red a une affaire privée pour les frères Pavlovich. Par ailleurs, Liz découvre la vérité sur Tom...

Après qu'un politicien à Prague est victime d'un coup monté pour l'emprisonner pour meurtre, Red suspecte le "Faiseur de Rois", un homme œuvrant pour la carrière de certaines personnes ambitieuses. Pendant que Red aide Liz et le FBI à le capturer, Liz découvre un secret que Red ne voulait pas lui révéler...

Liz refuse de travailler avec Red après avoir découvert la vérité sur la mort de son père adoptif. Afin de faire amende honorable et forcer Liz à le voir, Red apporte une affaire que le FBI ne peut ignorer. Pendant ce temps, Liz révéle ce qu'elle saît sur la vie secrète de Tom au FBI...

Avec le crash de l'avion transportant un mystérieux prisonnier, la ville est bouclée pour que les autorités puissent rattraper tous les fuyards. Pendant ce temps, avec Red en détention, Liz utilise son statut pour le faire sortir puisqu'il est leur meilleure chance de retrouver tous les suspects. Leur objectif principal est de localiser "Berlin", un prisonnier de l'avion qui d'une manière ou d'une autre est impliqué...