Einer der meistgesuchten Flüchtigen des ganzen Landes ergibt sich der Polizei - unter einer Bedingung: Er will nur mit der frischgebackenen Profilerin Elizabeth Keen sprechen.

Red und Liz ermitteln verdeckt, um einen Attentäter namens „The Freelancer“ davon abzuhalten, seine nächste Zielperson umzubringen.

Das FBI sucht nach einem hochrangigen chinesischen Spion namens Wujing. Red behauptet, er habe ihm dabei geholfen, eine verschlüsselte Botschaft der CIA zu knacken.

Als ein Zeuge in einem Fall gegen einen Drogenboss vermisst wird, informiert Red das Team darüber, dass dieser Zeuge von The Stewmaker entführt worden sein könnte.

Red findet heraus, dass „The Courier“, ein Mittelsmann mit gefährlicher Reputation, ein millionenschweres Paket an einen iranischen Spion übergeben will. Das Problem besteht nun darin, dass nicht einmal Red weiß, wie der „Courier“ aussieht.

Das FBI sucht nach einem Mann, der für einen Giftgas-Anschlag auf die U-Bahn in Washington verantwortlich ist. Es stellt sich bald heraus, dass der Täter kein ausländischer Terrorist ist. Liz versucht unterdessen, Red aus dem Weg zu gehen, nachdem der Tom beschuldigt hat.

Liz deckt eine ausgefeilte Verschwörung auf, die zum Ziel hat, das gesamte nationale Finanzsystem lahmzulegen. Gleichzeitig fördert Red einen neuen Namen auf seiner Blacklist zutage. Tom unterstützt unterdessen Liz, als ein Mitglied ihrer Familie schwer erkrankt.

Donald setzt alles daran, Red vor einem möglichen Anschlag zu bewahren, wird jedoch auf eine falsche Fährte gelockt. Dem neuen Ziel von der Blacklist, Anslo Garrick, gelingt es, die Black Site des FBI zu infiltrieren. Er versucht fortan, Red gefangen zu nehmen.

Liz gelingt es, die Signalstörer zu entwaffnen und Hilfe zu holen, trifft jedoch auf weitere Probleme.

Resslers Schicksal hängt unterdessen in der Schwebe und Tom macht sich große Sorgen um Liz.

Die Ergreifung von Nr. 16, einen Mann namens Anslo Garrick, beschäftigt Red nachhaltig. Allem Anschein nach gibt es einen Maulwurf beim FBI, den es zu enttarnen gilt. Liz hat währenddessen mit einem Serienkiller aus ihrer Vergangenheit zu kämpfen. In Bezug auf ihren Ehemann ist sie erneut verunsichert, ob sie ihm vertrauen kann, denn Red warnt sie inständig vor ihm.

Red informiert die FBI-Agenten darüber, dass ein Helfer des Organisierten Verbrechens seinen nächsten Einsatz vorbereitet. Der „Alchemist“, wie er in einschlägigen Kreisen genannt wird, soll einen wichtigen Informanten der Mafia und dessen Frau beschützen. Liz und das Team bereiten sich auf einen Undercover-Einsatz vor, um den „Alchimisten“ dingfest zu machen.

Red und Liz haben eine illegale Adoptionsorganisation im Visier, die Babys entführt. Red hat auf Anhieb die Vermutung, dass es sich um die „Cyprus Agency“ handelt. Da auch Liz und Tom ein Kind adoptieren möchten, sind sie von den Schicksalen der Mütter persönlich betroffen. Liz macht sich auf die Suche nach Owen Mallory, dem Boss der Organisation.

Red wird mit seiner Vergangenheit konfrontiert. Madeline Pratt, die sich selbst als Mrs. Reddington ausgibt, bittet um ein Treffen. Madeline will seine Hilfe. Sie ist auf der Suche nach dem Abbild einer Statute. Angeblich sollen darin die Namen der ‚Kungur Six‘, dabei handelt es sich um hochranige Spione zu Sowjetzeiten, verborgen sein. Liz wird vor eine große Herausforderung gestellt.

Nachdem Liz Tom kurzfristig abgesagt hat, ist er nun alleine zur Konferenz nach Orlando geflogen. Dort trifft er auch überraschend auf Jolene. In einer Bar kommen sie sich weiter näher und Jolene ladet Tom zu sich ins Hotelzimmer ein. Inzwischen ist Liz mit einem neuen Fall beschäftigt: Mark Hastings, ein Anwalt, der seit 12 Jahren vermisst wird, taucht verstört auf einer Landstraße wieder auf...

Eine von Reds früheren Bekanntschaften, ein kriminelles Meisterhirn, wird zum nächsten Ziel. Tom entschließt sich unterdessen, Jolene zu konfrontieren.

NSA-Mitarbeiter Nathan Platt ist gerade dabei, den Prototyp einer neuen Cyber-Abwehrwaffe in Sicherheit zu bringen, als er in einen tödlichen Autounfall verwickelt wird. Es dauert nicht lange und Reds Verdacht bestätigt sich, dass Platt Opfer eines Attentats wurde – verübt vom Cyberkriminellen Ivan. Während Red nicht ohne Hintergedanken Jagd auf Ivan macht, nimmt die Polizei die Untersuchungen

Erneut bittet Tom Liz seine Frau zu werden. Um ihre Deckung aufrecht zu erhalten stimmt sie zu. Liz fällt es jedoch zunehmend schwer ihre Rolle zu spielen, doch Red erinnert sie an ihr gemeinsames Ziel – Toms wahre Identität und seine Auftraggeber zu entlarven. Inzwischen gibt es aber auch einen neuen Fall: Milton Bobbit.

Das Team versucht das nächste Ziel der Gebrüder Pavlovich zu beschützen. Sie sind Entführungsspezialisten.

Nachdem ein Politiker in Prag wegen Mordes verhaftet worden ist, vermutet Red, dass es sich dabei um die Arbeit des 'Königsmachers' handelt. Der Königsmacher ist ein Stratege, der sich seine Sprösslinge schon in jungen Jahren zieht, um sie irgendwann zu mächtigen Politikern zu machen. Während Red Liz und dem FBI dabei hilft, ihn zu fassen, erfährt Liz, dass Red ihren todkranken Vater umgebracht.

Nachdem Liz nun die Wahrheit über den Tod ihres Vaters kennt, verweigert sie die Zusammenarbeit mit Red. Doch Reddington gibt sich nicht so leicht geschlagen, er stellt dem FBI einen neuen Fall in Aussicht, den selbst Liz nicht ignorieren kann: Ein Mann mit dem Codenamen „Berlin“ ist seit Jahren hinter Red her. Und nicht mal Red kennt dessen wahre Identität.

In der Nähe von Manhattan kommt es zum mysteriösen Absturz eines Gefängnistransportfliegers. Niemand weiß woher die Maschine kam oder wohin sie wollte. Das FBI wird mit dem Fall beauftragt und beginnt mit ihrer Suche nach den Insassen. Inzwischen versucht Liz Cooper zu überreden, Red in dem Fall mitarbeiten zu lassen. Nach neuesten Informationen war „Berlin“ angeblich auch an Bord des Flugzeugs.