Durante más de diez años, el ex agente del gobierno Raymond Reddington ha sido uno de los fugitivos más buscados por el FBI en todo el mundo. Ahora, se ha entregado misteriosamente al FBI con una oferta muy especial: ayudará a atrapar a todo el que haya trabajado con él con la condición de hablar únicamente con Elizabeth Keen, una criminóloga novata que acaba de salir de la Academia del FBI con la que en teoría no tiene ninguna relación.

Un criminal chino profesional pide ayuda a Red para descifrar un mensaje. Reddington utiliza entonces a Liz como agente encubierto y termina involucrándola en un asunto fangoso al seguir la pista de un asesino que ha estado diezmando las filas de la CIA.

Liz ha de declarar en un juicio contra un narcotraficante y aunque cree que la condena es segura gracias a su testimonio y a un testigo, Reddington le advierte que algo se cuece y que la situación podría torcerse. Cuando Liz pierde la pista del testigo clave, Reddington sospecha de un asesino que literalmente cocina a sus víctimas, haciéndolas desaparecer por completo.

Un siniestro intermediario con una peculiar habilidad pone al FBI tras la pista de un analista de la NSA.

Liz decide entregar a Tom al FBI con la intención de limpiar su nombre y asegurar su inocencia. Mientras, Reddington proporciona información sobre el criminal 152 de la lista, una mujer bajo el nombre de Gina Zanetakos.

Después de un ataque con armas químicas en el metro, Liz y el FBI buscan al hombre responsable. Liz llama a regañadientes a Red porque necesita su ayuda al haber localizado a la siguiente persona en la lista negra, un brillante científico llamado Frederick Barnes, pero los datos que tiene ahora la dirigen en dirección a un callejón sin salida. Mientras tanto, Liz no quiere tener nada que ver con Red tras haber implicado a Tom.

Un padre y un hijo pasan sus últimos minutos en un parque jugando cuando del cielo comienzan a caer cadáveres y los restos de un avión. Todo es obra de un grupo de anticapitalistas empeñados en hundir el sistema económico de EE.UU a los que el FBI va sigue la pista. Mientras tanto Tom apoya a Liz cuando su padre cae enfermo.

Un aislado intento de asesinato a Reddington pone en jaque la estrategia del FBI.

Liz se une a un extraño y misterioso compañero para intentar salvar a Red y Ressler.

Un asesino en serie del pasado de Liz vuelve a las andadas mientras Reddington se empeña en buscar a quien lo traicionó.

Red revela otro nombre en la lista que es el de "El alquimista", y el equipo hace lo posible por atraparlo porque es un tipo que utiliza la ciencia para transformar el ADN de criminales y convertirlos en inocentes. No se detiene ante nada, ya sea matar a mujeres, ancianos o bebés, para proteger a los culpables dando caza a los inocentes. El FBI pronto llega a la conclusión de que ha sido contratado para proteger a un informante de la mafia. Mientras tanto, la relación de Tom y Liz se enfrente a un desafío y Ressler se enfrenta a una decisión muy importante.

Una joven en muy malas condiciones vaga por las calles asegurando que le han quitado a su bebé y cuando un policía la encuentra un hombre se deshace de ambos de dos disparos a quemarropa. Red habla con Liz, que está a punto de adoptar un niño junto a Tom, de la agencia de adopción Cyprus ya que es una agencia que ofrece la perfección. Red le explica que el problema no es lo que ofrecen sino en como lo consiguen y lo que esconde el director general de la organización Owen Mallory.

Madeleine Pratt, una mujer que tuvo relación con Red personal y profesionalmente en el pasado, pide ayuda a Red para robar una estatua de la embajada de Siria que contiene las coordenadas secretas de una potencial detonación nuclear soviética. Red decide ayudarse de Liz implicándola.

Cuando un ex abogado de EE.UU. se encuentra desaliñado y caminando por la calle después de haber estado desaparecido durante 12 años, Red comienza a sospechar que fue víctima de "El Juez", un misterioso personaje que administra justicia a los funcionarios que han condenado indebidamente a varias personas.

Mako Tanida, un hombre de pasado criminal asociado con Red, se convierte en el siguiente número de la lista negra cuando se escapa de la cárcel donde estaba prisionero en Japón asesinando a los que lo habían encerrado nada más fugarse. Tom todavía se siente molesto después de que su misión fue interferida y se enfrenta a Jolene por haber aparecido en su casa y en su vida.

Red avisa a Liz de que un terrorista cibernético ruso conocido sólo como Ivan ha orquestado la muerte de un empleado en una tienda de televisores llamado Nathan Platt. Red conoce bien a Ivan porque le había robado hace un tiempo. Es la primera vez que actúa en suelo estadounidense y Red está convencido de que prepara algo gordo. Liz y Red logran descubrir su plan.

Mientras trabaja con Red para descubrir la verdadera identidad de Tom, Liz se embarca en la búsqueda de "El enterrador".

Aprovechando que el FBI se ocupa de investigar el caso de una familia de secuestradores serbios, Red los utiliza para localizar a Tom y entregárselo a Liz.

Reddington colabora con el FBI con el fin de capturar a un eficiente estratega político conocido como "El hacedor de reyes", y Liz aprovecha el trato para sacarle información sobre Tom. Mientras tanto, Red busca la protección de Fitch contra el enemigo anónimo que está intentando acabar con él.

Tras descubrir la verdad sobre la muerte de su padre, Liz se niega a trabajar con Reddington. Sin embargo, conforme su situación se hace más desesperada debe plantearse tomar la decisión más favorable.

Tras el estruendo del accidente del misterioso avión de transporte de prisioneros, la ciudad es bloqueada ya que las autoridades están a la caza de todos los que han escapado. Mientras tanto, con Red bajo custodia, Liz usa su poder para sacarlo ya que él es su mejor oportunidad de encontrar a todos los sospechosos. Por otra parte, su principal objetivo es localizar a Berlin, un prisionero del avión que está involucrado de alguna manera su vida.