Red aide le FBI dans sa traque d'un espion chinois, Wujing, qui l'a engagé pour trouver quelqu'un capable de décoder une transmission secrète de la CIA. Liz, sous l'identité d'une cryptographe du FBI, l'accompagne...

Liz s'introduit dans la prison secrète et désarme le brouilleur pour appeller des renforts mais rencontre des problèmes tout le long du chemin. Le destin de Ressler est en jeu quand Red essaye de négocier avec Anslo Garrick. Pendant ce temps, Tom s'inquiète beaucoup de la situation de Liz et le destin de Red reste inconnu...

Après une récente recrudescence des enlèvements de bébés et de leur mère, Red informe Liz que "l'Agence Cyprus" est l'organisation responsable, enlevant les enfants pour alimenter un réseau d'adoption illégal. Pure coïncidence, Liz et Tom envisagent l'adoption ce qui encourage Liz à retrouver le PDG des organisations, Owen Mallory...

Lorsqu'un célèbre procureur est retrouvé après 12 ans de disparition, Red croit que cela est l'oeuvre de Ruth Kipling aussi connue sous le pseudonyme "Le Juge". Considérée comme un mythe, le Juge dirige une procédure d'appel clandestine dans laquelle les juges qui ont emprisonné et puni à tort des innocents, sont jugés et punis à leur tour. Pendant ce temps, Red enquête sur la femme qui s'est rapprochée de Tom durant la conférence des professeurs à Orlando...

Après qu'un politicien à Prague est victime d'un coup monté pour l'emprisonner pour meurtre, Red suspecte le "Faiseur de Rois", un homme œuvrant pour la carrière de certaines personnes ambitieuses. Pendant que Red aide Liz et le FBI à le capturer, Liz découvre un secret que Red ne voulait pas lui révéler...

Alors que le FBI est sur le point de l'appréhender, Liz parvient, in extremis, à trouver refuge au sein des locaux de l'ambassade de Russie. Alors qu'elle se sait hors d'atteinte, elle essaye d'imaginer un plan pour échapper aux agents fédéraux qui quadrillent le secteur. Pour l'aider, Reddington projette de piéger l'ambassadeur russe qui entretient une liaison avec la femme d'un sénateur américain.

Tandis que la Task Force continue de les traquer, Red et Lizzie se rendent dans le Midwest dans la mission de disculper la jeune femme afin de battre la Cabale, alors que Ressler et son équipe tombent par hasard sur ce qui pourrait devenir une crise alimentaire mondiale. Pendant ce temps, Cooper trouve un allié inattendu qui pourrait aider Liz.

Red rencontre secrètement la task force pendant que Ressler ramène Liz au palais de justice pour la protéger. A l'aide d'une ruse, Red et ses alliés paviennent à capturer le Directeur et à le livrer aux autorités du Venezuela...

Un drame place un des membres de l'équipe en danger. Les forces d'intervention sont obligées de se fier aux méthodes peu conventionnelles de Red pour survivre. Pendant ce temps, Tom et Liz font face à des complications inattendues, qui pourraient avoir de graves conséquences sur l'avenir de leur bébé...

Reddington et son équipe s'approchent de leur cible, mais après une trahison, tous se lancent dans une course contre la montre pour sauver un des leurs...

Red et les agents prennent des mesures exceptionnelles pour traquer Miles McGrath. Alexander Kirk contacte un mystérieux groupe de hackers, réputé capable de pirater les systèmes informatiques les plus sécurisés au monde. Red et Liz y voient une occasion de s'infiltrer dans l'organisation de Kirk. Les recherches de la petite Agnès se poursuivent. Pendant ce temps, Kaplan recouvre ses esprits après sa blessure. Elle réalise qu'elle a besoin d'être aidée. De son côté, Liz en apprend un peu plus sur sa famille...

Red aiguille l'équipe sur la piste d'un individu particulièrement outillé pour manipuler les souvenirs, ce qui conduit Liz à interroger ses propres expériences. Gale intensifie ses efforts dans son enquête, mais Ressler prend de l'avance sur la disparition du fonctionnaire du département de la justice Reven Wright...

Liz et le Groupe de travail se joignent à Red pour une aventure internationale à la recherche d'un milliardaire qui se lève comme un voleur d'art haut de gamme. Pendant ce temps, Dembe poursuit une avance et Tom cherche l'aide extérieure pour identifier les restes dans la valise.

Reddington et la Task Force mettent Dembe sous couverture pour arrêter une opération de contrebande humaine. Il est plus tard mis dans une situation de vie ou de mort. Pendant ce temps, la vie de Tom est mise en danger lorsqu'il découvre que Reddington a pris connaissance de la valise.

Reddington pousse le groupe de travail à trouver un groupe de blacklisters nommé «La main invisible», qui tuent des victimes et les abandonnent dans les bois. Pendant ce temps, Reddington prête un coup de main à un vieil associé et Liz découvre un secret dans l'enquête de Tom.

Un associé du Syndicat Nash est assassiné, Red met Liz et le groupe de travail sur l'affaire afin de récupérer des preuves cruciales pour faire tomber Ian Garvey. Pendant ce temps, Aram fait un pas en avant dans sa relation avec Samar.

L'unité spéciale enquête sur la réapparition d'une jeune fille d'un culte trouvé dans une forêt, au cours duquel Samar va se retrouver en fâcheuse posture. Pendant ce temps, Reddington récupère de sa blessure infligé par Ian Garvey et cherche à trouver le sac avec les os en demandant l'aide de sa fille depuis longtemps perdue.

Liz et Red s'affrontent dans une course époustouflante pour trouver un Blacklister en possession du sac d'os, forçant la vérité sur les os pour finalement se révéler.

Red met le FBI sur la piste du docteur Stark, un chercheur en génétique indépendant, travaillant officiellement en pharmacie. En réalité, il teste ses traitements sur des patients atteints de maladies dégénératives du cortex moteur. Cinq de ses patients sont retrouvés morts dans un hôpital de fortune, monté dans un hangar.

Liz et sa sœur, Jennifer, ont retrouvé la trace de Marguerite Renard, une ancienne infirmière qui pourrait leur communiquer la véritable identité de Raymond Reddington. Les deux femmes tentent de la kidnapper, mais rien ne se passe pas comme prévu. Au moment de passer à l'action, elles sont attaquées par plusieurs individus et Jennifer est enlevée sous les yeux de Liz. Cette dernière décide alors de demander de l’aide à son partenaire, Donald Ressler. Pendant ce temps, Raymond Reddington est mis sous pression par le directeur de la prison où il est incarcéré.

Reddington met L’unité spéciale sur la piste d'Olivia Olson, une blacklistée qui pourrait avoir un lien avec Anna McMahon, conseillère présidentielle. Dans le même temps, Aram cherche à obtenir un moyen de pression sur Red, et Ressler fait part à Liz de sa désapprobation face à sa décision de ne plus vouloir enquêter sur la véritable identité de ce dernier.

L'unité spéciale du FBI continue de rechercher Reddington, toujours séquestré par la mère de Liz, Katarina Rostova. Ce dernier, quant à lui, tente par tous les moyens de s'échapper du lieu de sa captivité.

Désespéré de sauver son ami des mains de Katarina Rostova, Reddington trompe l'unité spéciale afin d'obtenir des informations sur sa position auprès d'un courtier hawala. Liz commence à se méfier de Rostova après qu'Agnès a dit avoir vu quelque chose de troublant dans le parc.

Avant d'assister au récital de danse d'Agnes, Reddington se rend dans un endroit isolé pour retrouver une ancienne conquête pour dîner, mais les choses prennent un tour inattendu lorsqu'il doit retrouver le meurtrier d'un invité du dîner.

Témoin d'un vol qui a coûté la vie à une personne ce qui l'a profondément affecté, Reddington met l'unité sur la piste de la personne qui aurait pu être impliqué dans la fusillade. Pendant ce temps, Reddington retrouve Ilya Koslov, qui commence à ressentir un stress post-traumatique après sa rencontre avec Katarina Rostova.

Alors que Liz tente d'obtenir des réponses d'une source, Red et la Task Force doivent faire face aux conséquences de ses actes. La tension monte et une action draconnienne est prise qui changera à jamais la relation de Red et Liz.

Alimentée par sa trahison, Elizabeth Keen cherche à se venger sur Reddington. Pendant ce temps, Cooper et l'unité spéciale recherchent Liz quand cette dernière veut s'en prendre à Reddington.

Tandis que l'unité spéciale enquête sur la disparition d'un entrepreneur, Cooper reçoit une offre de se présenter au Sénat, l'obligeant à choisir sa loyauté lorsque les renseignements tentent de retrouver Reddington. En outre, Reddington reçoit une attention romantique inattendue.

Cherchant à déplacer discrètement une cargaison précieuse, Red fait appel à un agent de police spécialisé dans le transport d'articles à travers un réseau clandestin.

Liz, Red et Dembe sont obligés de travailler ensemble pour survivre à une attaque de Townsend. Cooper et la Task Force tentent de désamorcer le danger croissant pour tous.

Lorsque Reddington emmène Liz dans l'épicentre mystérieux de son empire, leur passé commun se révèle et des secrets enfouis depuis longtemps sont révélés.

Dans les deux années qui ont suivi la mort d'Elizabeth Keen, Reddington et le groupe de travail se sont dissous, sans savoir où se trouvait Red. Mais lorsque l'un des leurs est blessé dans l'exercice de ses fonctions, ils sont réunis pour faire tomber une conspiration mondiale.

Un enlèvement met à l'épreuve les capacités de l'équipe alors qu'elle affronte une mystérieuse organisation de pirates.

La tension monte lorsque la recherche de Cooper pour son maître-chanteur chevauche la dernière affaire de la liste noire de la Task Force.

Red s'interroge sur les allées et venues d'un ancien associé ; la task force traque un criminel qui vend des substances psychédéliques illégales.

Red et Cooper s'affrontent avec des objectifs finaux contradictoires pour leur traître commun. Un secret majeur sur le groupe de travail tombe entre de mauvaises mains.

Six mois après l'évasion de Wujing, Reddington refait mystérieusement surface à Manhattan au milieu d'une explosion. Lorsqu'un ancien Blacklister est retrouvé sur les lieux, la Task Force commence à enquêter sur une conspiration plus vaste.

Une course contre la montre s'engage pour récupérer un bien précieux volé au gouvernement américain. Red élabore un plan pour aider à retrouver les coupables.

L'avenir de la Task Force, ainsi que de ses agents, est désormais entre les mains de la commission d'enquête. Cette unité spéciale du FBI va devoir se battre afin d'éviter sa dissolution.