Dopo essersi separato da Gwen e Kevin, a Ben viene assegnato un nuovo partner alieno chiamato Rook Blanko. Nel frattempo, Khyber il caccaitore prende di mira Ben come sua prossima preda.

Rook e Ben trovano una misteriosa città aliena sotto Bellwood dopo aver impedito a 3 criminali alieni, Liam, Fistina e Bubble, di far saltare in aria l'ipermercato del signor Baumann con un ordigno.

I Megawhatt contro cui Ben ha combattuto in gioventù cercano il suo aiuto quando vengono usati come fonte di energia per il cattivo Fistrick.

Infiltrandosi nella base dei risolutori, Khyber carica il filmato dell'incontro del giovane Ben con un Metamorph corrotto chiamato Malware.

Ben e Rook devono impedire a un gigantesco alieno infuriato di distruggere Bellwood mentre hanno a che fare con un attivista pacifico per i diritti degli alieni che non vuole che la creatura venga ferita.

Ben e Rook tentano di fermare il dottor Animus e le sue formiche giganti.

Quando Ben e Rook indagano su una misteriosa nave fantasma aliena, scoprono che Argit e i fratelli Vreedle stanno combattendo per il possesso di un dispositivo apocalittico.

Viene rivelato che durante uno scontro con l'undicenne Ben Tennyson, Malware ha toccato il simbolo dell'Omnitrix su 2x2. Dopo la battaglia, andò dal dottor Psycho e gli fece creare un prototipo di Omnitrix, il Nemetrix.

Nel presente, dopo un'accesa discussione, Ben e Rook si separano, dando a Khyber la migliore possibilità di catturare Ben.

Dopo aver preso in ostaggio Ben sulla sua nave, Khyber gli rivela che ha bisogno di un DNA alieno diverso per completare la versione malvagia e incompleta dell'Omnitrix: il Nemetrix. Rivela anche che il dottor Psycho gli ha assegnato la caccia a varie specie per il DNA da trasferire al Nemetrix.