Als Ben erfährt, dass Gwen weiterstudieren und Kevin in ihrer Nähe bleiben möchte, ändert sich sein Leben schlagartig. Tapfer versucht er, sich seiner neuen Situation als Einzelkämpfer zu stellen, doch zum Glück schickt ihm Opa Max den Außerirdischen Rook, der Bens neuer Partner werden soll. Eine hervorragende Idee des alten Herrn, denn schon bald kann Ben jede erdenkliche Hilfe gebrauchen.

Dass die Alienplagegeister aus Bens Kinderzeit eines Tages zurückkehren würden, hätte wohl kaum einer für möglich gehalten. Doch Jahre später tauchen sie tatsächlich und völlig unerwartet bei dem Jungen auf. Dieses Mal wollen sie Ben allerdings nicht das Leben zur Hölle machen! Stattdessen haben sie ein anderes Anliegen – sie brauchen seine Hilfe

Der junge Ben fliegt mit Opa Max und der jungen Gwen auf den Mond Galvan B, um dort Azmuth zu besuchen. Kaum angekommen, treffen die drei zum ersten Mal auf den bösen Mechamorph Malware, dessen Lebenscode bei der Erschaffung durch Azmuth unterbrochen wurde. Malware möchte seinen Code mit einer zweiten Helix vervollständigen und danach die Herrschaft auf dem Galvanischen Mond an sich reißen.

Als ein riesiges Alien zu Randalieren beginnt und Bellwood in blinder Wut zerstören möchte, unternehmen Ben und Rook alles in ihrer Macht Stehende, um die Stadt zu retten. Dabei müssen sie aber nicht nur den Kampf gegen das durchgedrehte Alien aufnehmen, sondern sich auch mit einem Friedensaktivisten herumschlagen, der als Kämpfer für Alienrechte versucht, auch dieses Geschöpf zu schützen.

Erneut ist es Dr. Animo gelungen, aus dem Gefängnis zu entkommen. Ben und sein Partner Rook müssen den rachsüchtigen und bösen Wissenschaftler aufspüren, bevor es ihm gelingt, seinen perfiden Plan in die Wirklichkeit umzusetzen. Denn nach wie vor strebt Animo danach, die Lebewesen auf der Welt in groteske Monster zu verwandeln und die Evolution auf diese Weise neu bestimmen zu können.

Zufällig stoßen Ben und Rook auf ein mysteriöses Geisterraumschiff. Als sie es genauer unter die Lupe nehmen möchten, erfahren die beiden, dass Argit und die Vreedle-Brüder um eine Waffe kämpfen, die das Ende der Welt herbeiführen könnte. Wird es den beiden jungen Helden erneut gelingen, eine Katastrophe zu verhindern?

Erneut stehen Ben und sein Partner Rook vor einer großen Herausforderung: In Unterstadt versucht eine Gruppe hochelastischer und ungestümer Aliens, eine gestohlene Kernfusionsbombe zu nutzen, um einen Vulkan zum Ausbruch zu verhelfen. Gelingt es den beiden Freunden erneut, die Katastrophe im letzten Moment abzuwenden?

Nach einem hitzigen Streit gehen Ben und sein Partner Rook getrennte Wege. Dadurch hat der Bösewicht Khyber leichtes Spiel, Ben zu fangen und einzusperren. Der Jäger mit dem Dinosaurierschädel auf der linken Schulter und den Stacheln am Hals hat es schon lange auf den Jungen abgesehen und diese Chance sofort ergriffen. Wird Ben dieses Abenteuer überleben?

Ben ist immer noch auf Khybers Schiff gefangen. Dort erfährt er ein paar Neuigkeiten über den Ursprung der Nemetrix und die Verbindungen zwischen dem Jäger Khyber, dem Schurken Malware und Dr. Psychobos. Obwohl Bens Situation recht ausweglos erscheint, gibt er nicht auf. Wird es ihm gelingen, Khyber zu überlisten und zu entkommen?