Después de la batalla con Vilgax, el abuelo Max les cuenta su historia sobre su pasado. Él fue parte de una organización secreta llamada "Los Plomeros", un grupo de gente que protege a los humanos de los ataques extraterrestres. Mientras tanto conocen a Phil, un viejo compañero de "Plomero", pero pronto descubren que utiliza la tecnología de los Plomeros en su propio beneficio.

En el parque Yellowstone, Ben y Gwen descubren un nuevo héroe, Cannonball, una especie de armadillo al que Ben no se acostumbra. Tres aliens llegan con un gigante al que adoran y que va a comerse al planeta. Ben debe detenerlo y aprenderá a usar su nuevo héroe.

Ben es acusado de una serie de crímenes cometidos por alienígenas idénticos a los suyos, por lo que decide investigar. Pronto descubre que el autor real de los crímenes es un viejo conocido suyo.

Durante una batalla contra Kevin, Ben es raptado junto con su rival por un robot alienígena para combatir en una suerte de coliseo. Junto a Technorg y otros prisioneros, deberán trabajar en equipo para escapar.

Cuando dos traficantes, Six six y Vulkanus, atacan la tierra, Ben intenta detenerlos. En eso, un grupo de superhéroes alienígenas aparecen, generando el interés del joven héroe en unírseles.

Los Tennyson llegan a un campamento donde un pequeño grupo de jóvenes intenta escapar de un hongo mutante que planea infectar la tierra. Al intentar detenerlo, Ben descubrirá un nuevo aliado en el Omnitrix.

Cuando Max recibe un mensaje de los plomeros, sobre una tal Máscara de Ah Puch, decide ir en busca de la Espada de Ekchuah; "La mejor arma". Lo que no saben, es que no son los únicos buscándola.

Gwen compra un talismán que le recuerda su época de heroína. Sin embargo, éste resulta ser la llave para un poderoso hechizo, y Hex ha liberado a su sobrina, Charmcaster, para ayudar a conjurarlo.

Los Tennyson viajan al triángulo de las Bermudas para visitar el nuevo hotel del viejo amigo del abuelo, Donovan Grand Smith. Sin embargo, el hotel será visitado por inesperados habitantes de las profundidades.

Estando en una escuela a la cual Gwen desea entrar, los fenómenos del circo atacan. Al intentar detenerlos con Fantasmático, un extraño suceso tomará lugar, descubriéndose la verdadera identidad del alienígena.

Forzando el Omnitrix, Ben desprende el anillo de éste, permitiendo la mezcla aleatoria de los alienígenas. Los problemas comienzan cuando el Dr. Animo roba el anillo para usarlo con fines malvados.

Kevin encuentra a Vilgax en el espacio y decide aliarse con éste para derrotar a Ben, quien ha desbloqueado el control maestro del Omnitrix, justo a tiempo para enfrentar a sus dos más grandes rivales.