Het tweede seizoen van Zorro opent met Don Diego en Bernardo die Monterey, Californië bezoeken. Ze zijn daarheen gestuurd door een groep investeerders uit Los Angeles om een importbedrijf te bekijken. De bezoekers zijn nog maar net in de stad aangekomen als twee mannen hun kamer binnenvallen en het geld van de investeerders eisen.

Diego zet zijn onderzoek naar Señor Verdugo's zaken voort door naar zijn huis te rijden, waar Verdugo hem en Bernardo begroet met zijn arm in een mitella. Hoewel Verdugo beweert dat hij last heeft van een oude blessure, vermoedt Diego dat hij de leider van de overvallers kan zijn, dus zet hij een val op.

Luitenant Rafael Santos loopt in een hinderlaag op weg naar Monterey en wordt voor dood achtergelaten wanneer de aanvallers zijn identificatie en uniform meenemen. Eén van hen, een moordenaar genaamd Anastacio, trekt het uniform aan en rijdt naar Verdugo's, waar Diego de investeringsdeal bespreekt.

Nadat de Verdugo's zijn teruggekeerd naar Monterey, gaat Anna Maria hun huis binnen en ontdekt dat haar vader vermist is. Pablo, hun voormalige bediende, vertelt haar dat de oude man gegijzeld wordt en vermoord zal worden tenzij ze 45.000 pesos overhandigt die vermoedelijk in het huis liggen.

De ontvoerders zeggen dat Anna Maria hen moet ontmoeten als ze bewijs wil dat haar vader nog leeft, maar Diego waarschuwt haar dat het een truc is. Romero beweert dat ze moet gaan, dus stemt ze toe om met hem, Garcia en Reyes mee te gaan.

Voordat hij naar huis terugkeert, maakt sergeant Garcia Theresa, een tamaleverkoopster, boos wanneer hij de bevelen van de waarnemend gouverneur probeert uit te voeren. Luis Rico heeft besloten dat alle verkopers van het plein moeten worden verwijderd ondanks hun bezwaren en Diego belooft Theresa dat hij zal proberen te helpen.

Joaquin en enkele volgelingen beginnen een reeks invallen tegen de Especials, die culmineert in het afranselen van Capitan Briones. De soldaat vaardigt een doodvonnis uit voor Joaquin en stuurt zijn mannen achter Theresa aan, met de bedoeling haar te dwingen zijn schuilplaats te onthullen. Ze vraagt Diego haar te verbergen en met Garcia's hulp beschermt hij haar tegen de zoekers.

Kapitein Briones escaleert zijn campagne tegen Joaquin door te bevelen dat een knecht met de zweep moet worden geslagen totdat hij de schuilplaats van de rebel onthult. Zorro gebruikt zijn eigen zweep om Briones tegen te houden en bevrijdt vervolgens de knecht. Kort daarna keert de echte gouverneur terug en Rico legt uit dat zijn harde regel alleen was opgelegd om van de hoofdstad een goed bestuurde stad te maken. Rico overtuigt de gouverneur vervolgens om de rebel een wapenstilstand aan te bieden zodat hij zijn zaak kan uitleggen, terwijl hij van plan is Joaquin te doden zodra de bandiet zichzelf aangeeft.

De verbroken wapenstilstand heeft Joaquin ervan overtuigd dat Diego niet te vertrouwen is en dat hij zonder Zorro gedood zou zijn. Wanneer Diego en Bernardo naar zijn kamp rijden om het uit te leggen, beveelt de rebellenleider zijn mannen om de bezoekers in voetboeien op te sluiten totdat hij een passend lot voor hen kan bepalen. Joaquin kondigt zijn plannen aan om de gouverneur de volgende dag te vermoorden terwijl hij een plaatselijk heiligdom bezoekt. Wanneer hij daarheen probeert te rijden, wordt Joaquin echter per ongeluk gevangen genomen door sergeant Garcia.

Anna Maria Verdugo keert terug van San Francisco naar Monterey en wordt het object van Ricardo del Amo's genegenheid. Deze vriend van Diego is een ongeneeslijke grappenmaker. Ricardo realiseert zich dat Diego zich ook aangetrokken voelt tot Anna Maria en hoopt de concurrentie te verminderen door wat plezier te maken ten koste van zijn vriend.

Ricardo vraagt Diego's hulp om Anna Maria's hart te veroveren, want hij vindt dat Zorro te veel concurrentie is voor de twee mannen om te overwinnen. Als ze het kunnen laten lijken dat Zorro met een andere vrouw omgaat, zal Anna Maria hem minachten, waardoor het veld van huwelijkskandidaten kleiner wordt. Ricardo wil dit bereiken door zich als Zorro te verkleden en Anna Maria's nicht, Milana del Carmen, een serenade te brengen.

Diego weet niet dat Ricardo een haat tegen Zorro heeft ontwikkeld. Hij maakt het alleen maar erger wanneer hij een blok hout vervangt door een doos bonbons voor Anna Maria. Als ze haar cadeau opent en Ricardo het hout ziet, compleet met een gebeeldhouwde "Z", besluit hij zijn vijand te doden en te ontmaskeren.

Ricardo verlaat de stad maar veroorzaakt nog een probleem voor Diego voordat hij gaat. Ricardo is nog steeds verliefd op Anna Maria en vertelt haar dat Zorro zichzelf zou ontmaskeren als hij echt van haar hield. Het probleem is dat Diego wel van haar houdt en dus overweegt om zichzelf aan te geven. De gouverneur biedt de bandiet amnestie aan als hij zich tijdens een openbare ceremonie overgeeft.

Twee contractarbeiders die willen trouwen, moeten volgens de wet toestemming hebben van hun meesters. Buena, die op de hacienda de la Vega werkt, krijgt te horen dat ze vrij is om te trouwen, maar haar vriend, Romaldo, is niet zo gelukkig. Een van zijn collega's wil ook met Buena trouwen en dus overtuigt hij hun baas ervan dat Romaldo van plan is om na de ceremonie weg te lopen.

Het is tijd om het belastinggeld naar de gouverneur te sturen en sergeant Garcia heeft een plan om elke poging om het geld tijdens de lange reis te stelen te verijdelen. Hij geeft de smid opdracht om een enorme ijzeren kist te bouwen die met een speciale sleutel kan worden geopend. Het geld wordt in de kist gedaan en de sleutel wordt via een andere route naar de gouverneur gestuurd.

Diego's oom, Estevan de la Cruz, arriveert in Los Angeles voor een onaangekondigd bezoek en verrast de de la Vegas wanneer hij hen vertelt dat hij van plan is hun huisgast te worden. Bovendien verwacht hij dat ze een uitbundig feest geven om hem te verwelkomen. Dit alles maakt Don Alejandro boos, maar om een familieruzie te voorkomen overtuigt Diego zijn vader ervan dat Estevan snel zal vertrekken.

Estevan wordt opnieuw een probleem voor Diego wanneer hij besluit om wat makkelijk geld te verdienen. Los Angeles bereidt zich voor op de jaarlijkse paardenrace en Estevan wil graag het prijzengeld winnen, maar het lijkt onwaarschijnlijk dat zijn paard zal winnen. Zijn geluk verandert wanneer hij Zorro's paard, Tornado, ziet grazen in een verborgen veld, en hij vangt het dier.

Estevan hoopt nog steeds rijk te worden tijdens zijn bezoek aan Los Angeles en toont veel interesse in een jonge vrouw wanneer hij hoort dat ze uit een rijke familie komt. Don Alejandro beschuldigt Estevan ervan dat hij Margarita alleen aantrekkelijk vindt vanwege haar geld, maar de huwelijkskandidaat ontkent de beschuldigingen en dwingt Diego om zich als Zorro te verkleden in een poging Estevan af te schrikken.

Estevan hoopt nog steeds met de rijke Margarita te kunnen trouwen, maar hij weet dat Zorro zich tegen hem zal blijven verzetten. Don Alejandro suggereert dat als Estevan zich zou vestigen en zou beginnen met boeren, Zorro zou inzien dat zijn bedoelingen eerbaar zijn. Hij geeft de bezoeker een klein stuk land en wenst hem succes met zijn onderneming.

Los Angeles lijdt onder een ernstige droogte en de gemoederen raken verhit omdat gewassen en dieren sterven door het gebrek aan water. De meeste landeigenaren helpen hun buren door hen toegang te geven tot de weinige waterputten en bronnen die nog niet zijn opgedroogd.

Er ontstaat een mysterie wanneer een tienermeisje in de pueblo aankomt en de weg vraagt naar een ranch waar niemand ooit van heeft gehoord. Anita Cabrillo studeert op een kostschool en is op bezoek bij haar vader, die ze al jaren niet meer heeft gezien.

Anita hoopt nog steeds haar vader te vinden, maar sergeant Garcia heeft besloten dat ze alleen maar liegt en wil haar terugsturen naar Spanje. Alleen Diego gelooft haar verhaal en hij vertelt haar dat ze bewijs moet leveren van het bestaan van haar vader.

Don Alejandro blijft bij zijn wens om Anita terug te sturen naar Spanje en zegt tegen het meisje dat ze haar koffers moet pakken. Gonzales arriveert om haar naar het schip te brengen en Anita geeft Alejandro een afscheidskus.

Wanneer een joviale bergman, Joe Crane, in de pueblo aankomt, wordt hij bedreigd met arrestatie omdat hij zonder officiële toestemming op Spaans grondgebied rondreist. Sergeant Garcia waarschuwt hem de stad te verlaten, maar verandert van gedachten als Crane hem een paar drankjes aanbiedt in de taverne.

Men dacht dat hij zich veilig in de heuvels had verstopt, maar de voortvluchtige Joe Crane is teruggeslopen naar de pueblo in de hoop zijn jachtgeweer en de lading bont die hij tijdens het jachtseizoen had verzameld terug te krijgen. Hij wil ook Carlotta zien, het barmeisje dat per ongeluk het gevecht tussen hem en Don Carlos Fernandez begon.

Don Carlos Fernandez besluit Joe Crane in het openbaar te lokken door aanspraak te maken op de pelzen en de ezel van de bergman. Diego probeert de vete te beëindigen door aan te bieden de goederen te kopen, maar Fernandez weigert.

Basilio begint te genieten van zijn verblijf in Los Angeles, ondanks Zorro's bemoeienissen. Hij is verbaasd over hoe goed zijn oorlogsobligaties verkopen, want de landeigenaren hebben besloten om de Spaanse regering zoveel mogelijk te steunen.

Zelfs nu zijn gestolen goud weg is, is Basilio van plan om als een rijk man in Los Angeles te blijven. Hij besluit dit te doen op een manier die hem in staat stelt een greep te doen op Moneta Esperon, de aantrekkelijke dochter van een rijke landeigenaar.

Vernederd door Zorro, neemt Basilio wraak door sergeant Garcia te arresteren en hem in de lucht te hijsen op het openbare plein buiten de cuartel. Een groot bord daagt Zorro uit om Garcia te redden, maar Diego weet dat Basilio overal in de buurt lansiers verborgen heeft. Wanneer de nacht aanbreekt, doet Zorro dat ook. Hij gebruikt Bernardo om een afleidingsmanoeuvre te creëren waardoor de soldaten de stad uit worden gelokt.

Pedro Avila, onlangs aangekomen in de pueblo, verdient een schamel inkomen door te wedden met andere mannen dat hij hen kan verslaan in een zwaardgevecht. Hij probeert Diego over te halen om te wedden, maar Diego weigert, omdat Diego weet dat hij zijn vaardigheid geheim moet houden. Dit geeft Avila en zijn vriend Tony Pineda een idee om rijk te worden. Ze zijn van plan Diego tot een duel te dwingen en laten de bange man zich dan uit de situatie kopen.

Sergeant Garcia keert terug van een reis met Padre Simeon vanuit San Diego en is verbaasd dat bijna iedereen in Los Angeles de mazelen heeft opgelopen. De dokter heeft de hele pueblo onder quarantaine geplaatst en beperkt de bewoners tot hun huizen. Zelfs de soldaten mogen de cuartel niet verlaten.

De gouverneur van Californië wordt aangevallen tijdens een bezoek aan Los Angeles met zijn dochter en adjudant, en ontsnapt ternauwernood met zijn leven. Hij wordt naar het huis van de la Vega gebracht om te herstellen, maar is veel te zwak om nog enkele dagen te reizen. De adjudant, Capitan Arrellanos, vertelt Diego dat hij vermoedt dat de aanval het werk is van de Rebatos, een groep die de banden met de regering in Spanje wil verbreken.

Capitan Arrellanos weigert de Rebatos nog langer te helpen bij hun pogingen om de gouverneur te vermoorden. In plaats daarvan kiest hij voor een ander plan om hem het hoofd van de regering te maken. Hij vraagt de dochter van de gouverneur om haar vader te ziek te verklaren om in functie te blijven. Woedend over dit verzoek weigert Leonar mee te werken. Vervolgens vertelt ze haar vader over het complot van de adjudant.

Capitan Arrellanos zet zijn pogingen om over Californië te heersen voort door Carmelo, een nieuwkomer in de pueblo, in te huren om de gouverneur te vermoorden. Diego en Bernardo horen het plan maar komen niet meteen in actie, in plaats daarvan hopen ze erachter te komen wie de andere samenzweerders zijn. De gouverneur begint te herstellen en brengt zijn tijd door met buiten zitten op de patio, wat Don Alejandro aanzet tot het geven van een feest om zijn betere gezondheid te vieren.

De herstellende gouverneur begint geïrriteerd te raken door zijn opsluiting in het huis van de la Vega. Soms lijkt het alsof het enige dat hem kan kalmeren een muziekdoos is. Zodra het begint te spelen, valt de gouverneur in slaap. Diego weet dat de Rebatos nog steeds proberen om de gouverneur te vermoorden en gebruikt het muziekdoosje om hem in slaap te sussen, waarna Bernardo hem in veiligheid brengt.

Don Sebastian, een vriend van de la Vegas, wordt ongeduldig van het oponthoud van de koets naar Monterey, omdat hij een tas vol goud bij zich heeft en bang is dat deze gestolen wordt. Terwijl hij samen met Diego in de taverne wacht, maakt hij de fout om over het goud te praten en wordt hij afgeluisterd door drie corrupte entertainers.

Een Chinese jongen ontsnapt van een schip in de haven van San Pedro en probeert zich te verbergen in Los Angeles. Hij kan geen hulp zoeken omdat hij alleen zijn moedertaal spreekt.

Celesta Villagrana en haar bediende Montez zijn op weg naar Los Angeles wanneer een overvaller met een capuchon hen tegenhoudt en haar juwelen steelt. De dief slaat de reizigers op de grond en vertrekt, Celesta bewusteloos achterlatend.