Het verhaal van de gemaskerde ruiter in Oud-Californië begint als Don Diego de la Vega terugkeert naar Californië vanuit Spanje, waar hij een aantal jaren heeft gestudeerd.

Het is een rustige ochtend in Spaans Californië en sergeant Dimetrio Lopez Garcia is samen met een andere soldaat posters aan het ophangen waarop wordt gevraagd om een beloning voor Don Ignacio Torres en de inmiddels beroemde Zorro.

Als hij ontdekt dat Don Torres zich schuilhoudt in de missie, dwingt Monastario de plaatselijke Indianen tot dwangarbeid totdat de pater ermee instemt de voortvluchtige over te leveren.

Na een mislukte poging om eten naar de voortvluchtige te smokkelen in de Missie waar Kapitein Monastario het beleg heeft opgeworpen, probeert Zorro de soldaten weg te jagen door een gerucht te verspreiden over de gekke monnik die daar zou rondspoken.

Om de ontsnapte vluchteling Torres te helpen ontsnappen aan de bewaking van zijn huis door kapitein Monastario, besluit Don Diego dat hij Torres' dochter een huwelijksaanzoek moet doen.

Wanneer kapitein Monastario de vrouw en dochter van de voortvluchtige Torres arresteert in de hoop Zorro te betrappen terwijl hij hen probeert te redden, betrapt hij in plaats daarvan Don Diego's chef vacquero Benito, die verliefd is op de dochter Elena.

Kapitein Monastario ontdekt dat een groep ontevreden landeigenaren van plan is om de cuartel in te nemen en de politieke gevangenen te bevrijden. Hij zet een val op om hen gevangen te nemen, waaronder Zorro's vader Don Alejandro.

Nadat Zorro zijn gewonde vader in de geheime grot heeft verstopt, moet hij als Don Diego kapitein Monastario en zijn soldaten afleiden die op zoek zijn naar de oude man.

Nu zijn vader Don Alejandro samen met Don Torres wordt beschuldigd van verraad, moet Zorro ervoor zorgen dat de rechter die door de gouverneur is gestuurd, arriveert om een eerlijk proces te garanderen.

Kapitein Monastario beveelt sergeant Garcia om te doen alsof hij oneervol ontslagen is, zodat de mensen van het dorp hem in vertrouwen zullen nemen en de verblijfplaats van Zorro zullen onthullen.

Kapitein Monastario's nieuwste plan is om Zorro in diskrediet te brengen door een gevangene die een man heeft gedood in een zwaardgevecht zich te laten voordoen als de gemaskerde wreker en de lokale landeigenaren te beroven tijdens een etentje.

Kapitein Monastario doet alsof Martinez dood is en probeert hem opnieuw te gebruiken om Zorro te imiteren en te schande te maken door een kerk te beroven, waardoor Zorro in verwarring raakt over wie deze keer de bedrieger is.

Kapitein Monastario realiseert zich uiteindelijk dat Don Diego Zorro moet zijn en arresteert hem, maar een onderkoning van de koning van Spanje die de pueblo bezoekt blijkt een oude vriend van Diego te zijn en dit is net genoeg om Zorro de rollen om te draaien en Monastario in diskrediet te brengen.

De eerlijke nieuwe commandant is nog maar net gearriveerd of hij wordt vermoord door een mysterieuze vreemdeling die een oudere bedelaar voor de misdaad laat opdraaien en deel lijkt uit te maken van een groter complot.

Sergeant Garcia ontvangt een mysterieus briefje van Zorro. De gelukkige soldaat leest dat Zorro zichzelf zal aangeven. Wanneer hij terugkeert voor zijn zwaard, is het weg, dus keert hij droevig terug naar de kurartel zonder zijn vijand gevangen te hebben.

De belastingontvanger van de koning en zijn neef worden aangehouden door samenzweerders terwijl ze op weg zijn naar Los Angeles. De samenzweerders bedreigen de mannen als ze niet meewerken, waarna ze de officiële documenten van Morales in beslag nemen.

Een rustige dag in de pueblo wordt abrupt veranderd wanneer een vreemdeling gedood wordt door een pijl, blijkbaar het slachtoffer van een Indiaanse aanval. Diego helpt sergeant Garcia het lichaam te onderzoeken op aanwijzingen en vindt nog een mysterieuze adelaarsveer, deze keer op de namaak indianenpijl. Verder is er geen hint over wie de vreemdeling was of waarom hij gedood werd.

Een vreedzaam protest van een groep boeren die boos zijn over de belastingen wordt gewelddadig wanneer een van de mannen van de Adelaar een steen door het raam van de magistrado gooit. Galindo gebruikt dit als een excuus om strenge maatregelen tegen de boeren te bevelen, een zet die Don Alejandro boos maakt. De andere landeigenaren willen burgerwachten oprichten om de boeren te straffen, maar Alejandro pleit voor de redelijkheid.

Ramon Santil heeft net de ranch en boerderijen van zijn vader geërfd, en slecht nieuws. De magistrado vertelt hem dat er een hoge belasting is die meteen betaald moet worden, anders raakt hij het land kwijt, en Ramon heeft het geld niet om die te betalen. Uit wanhoop verkoopt hij al zijn vee aan Carlos Urista, een nieuwkomer in de stad die Diego verdenkt als een van de Eagle's mannen.

Don Alejandro vertelt Diego dat hij een brief heeft ontvangen van een vriend in de hoofdstad waarin staat dat de nieuwe commandant, Capitan Juan Ortega, de reputatie heeft een eerlijk en rechtvaardig man te zijn. Wanneer Ortega arriveert, gedraagt hij zich niet zo. Hij behandelt sergeant Garcia met minachting en is openlijk arrogant tegenover de burgers. De reden hiervoor wordt onthuld wanneer Ortega de magistrado ontmoet en hem vertelt dat de echte commandant in een hinderlaag is gelokt en vermoord, in opdracht van de Eagle.

De valse Ortega en de magistrado kondigen aan dat ze Zorro gevangen hebben en een kar met een gemaskerde man wordt naar het stadsplein gesleept. Om twaalf uur wordt er een openbare ontmaskering gehouden en Diego vreest dat een onschuldige man zal worden beschuldigd van Zorro's "misdaden". Hij realiseert zich ook dat het misschien allemaal een valstrik is, dus als hij zijn kostuum aantrekt en het plein oprijdt om de gevangene te bevrijden, let hij goed op of er soldaten zijn.

De plannen van de nepcommandante en de magistrado lopen mis wanneer Ortega Diego ziet praten met Rosarita Cortez, een jeugdvriendin die onlangs is teruggekeerd uit de hoofdstad. Ortega vreest dat ze hem zal herkennen van haar reis, want tijdens die reis heeft hij de echte Ortega vermoord en zijn identiteit aangenomen. Bernardo hoort de twee schurken haar dood plannen en brengt Diego op de hoogte.

Een andere vreemdeling met een adelaarsveer zorgt voor problemen voor Zorro wanneer Perico, een nieuwkomer, een zigeunermeisje ziet dat probeert te betalen voor een aankoop met een aantal goudklompjes. Diego en Alejandro beseffen dat het nieuws van een goudvondst een stormloop van "goudkoorts" zal veroorzaken en hun vredige manier van leven zal bedreigen, dus proberen ze het nieuws te onderdrukken.

Magistrado Galindo heeft een voorraad wapens de pueblo binnengesmokkeld met de bedoeling ze te gebruiken wanneer de Eagle het bevel geeft om de regering omver te werpen, maar hij is er niet in geslaagd om een voorraad buskruit te bemachtigen. Het leger heeft een grote voorraad in de cuartel en de magistrado besluit deze te stelen voor eigen gebruik.

Capitan Toledano is van plan om twee gevangenen te ondervragen die werden opgepakt toen het buskruit werd gevonden. De gevangenen waarschuwen Figueroa, een van de mannen van de magistrado, dat ze zullen praten tenzij iemand hen helpt ontsnappen. In plaats daarvan worden ze de volgende ochtend dood aangetroffen in hun cel. Een dokter onderzoekt de lichamen en vermoedt moord, maar de magistrado verklaart dat het zelfmoord was.

Met de dood van de magistrado neemt de Eagle een actievere rol aan in zijn samenzwering om Zuid-Californië te regeren. Hij stuurt twee van zijn mannen, Quintana en Fuentes, naar Los Angeles met een lading buskruit voor de wapens die eerder de pueblo waren binnengesmokkeld. De twee mannen krijgen de toorn van de Eagle over zich heen omdat ze suggereren dat Zorro het plan in de war kan sturen, en ze vertrekken angstig op hun missie.

Het kwaadaardige werk van de Adelaar neemt een nieuwe wending wanneer de vrouw van de commandant, Raquel, Quintana en Fuentes bezoekt en hen een adelaarsveer laat zien, waarmee ze bewijst dat ze bij het complot hoort. Ze vertelt hen dat de adelaar woedend is over het verlies van het buskruit en dat ze het moeten terughalen als ze in leven willen blijven.

Sergeant Garcia en de andere soldaten zijn op een ochtend verbaasd als elke musket verkeerd lijkt te schieten. Wanneer ze hun buskruit controleren, ontdekken ze dat het is vervangen door houtskool. Een doorzoeking van de cuartel onthult dat al het buskruit gestolen is, waardoor de post weerloos is.

Aan Raquels ambitieuze plannen voor haar man lijkt een einde te komen als ze een brief van hem ontvangt. De Adelaar had haar beloofd dat hij gouverneur van Californië zou worden, maar haar man wil dat ze zich bij hem voegt in San Diego, omdat hij van plan is terug te varen naar Spanje. Omdat ze zich realiseert dat de Adelaar haar niet zal laten gaan, probeert ze de pueblo uit te sluipen, maar ze wordt betrapt door Quintana.

Een andere agent, gestuurd door de Eagle, arriveert in de pueblo en smokkelt juwelen om de samenzwering te financieren. Carlos Murietta, een Argentijn die minachting heeft voor de lokale bevolking, vooral voor sergeant Garcia, bezoekt een leerlooierij die wordt gerund door Jose Mordante. De twee mannen bespreken de verkoop van de edelstenen, waaronder een beroemd stuk dat bekend staat als "Het Kruis van de Andes", dat werd gestolen uit kerken in Argentinië.

Murietta verwacht weer een lading juwelen en gaat de looierij inspecteren waar ze zullen worden opgeslagen. Daar ziet hij Pasqual, een boer die daar woont, en slaat de oude man totdat hij vertrekt. De zending arriveert samen met Dolores Bastinado, onlangs aangekomen in de pueblo, die de aandacht trekt van sergeant Garcia.

Diego en Bernardo zijn vastbesloten om de vermiste juwelen te vinden en bezoeken een lokale padre in de hoop dat hij hen kan helpen in hun zoektocht. Later, wanneer Carlos Murietta klaagt bij sergeant Garcia over de vermiste koffer die hij had opgeslagen in de leerlooierij, is Diego er meer dan ooit van overtuigd dat de juwelen door Mordante werden verborgen voor zijn dood.

Er komt weer een lading gestolen juwelen aan in de pueblo en Dolores Bastinado laat haar broer Pogo de lading onbewust afleveren bij de broers Murietta. De koffer breekt open en Pogo ziet verschillende juwelen. Hij beseft dat de mannen hem zullen proberen te vermoorden om hun geheim te beschermen, maar hij wordt gegrepen voordat hij kan vluchten. De Murietta's binden hem vast en knevelen hem en verstoppen hem als ze sergeant Garcia horen aankomen.

Don Alejandro overtuigt alle landeigenaren om een document te ondertekenen waarin ze hun loyaliteit aan de regering beloven, omdat hij zich zorgen maakt over de toenemende tekenen van mogelijke onrust onder de bevolking. Hij laat een kopie achter in de hacienda en neemt het origineel mee naar het capitool om het aan de gouverneur te overhandigen. Alejandro is nog maar net vertrokken of Diego ontvangt onwelkom nieuws. Een nieuwe bestuurder is aangekomen in de pueblo en heeft aangekondigd dat hij de hacienda de la Vega als zijn hoofdkwartier wil gebruiken.

Een afgezant van een vreemde mogendheid is in de pueblo aangekomen om plannen te bespreken om de Eagle te helpen bij zijn opstand. George Brighton, de agent, waarschuwt Varga dat er geen openlijk verzet mag zijn. Zijn regering wil een gehoorzame kolonie, niet een die verscheurd wordt door interne gevechten. Varga belooft de controle te leveren zoals gepland, maar hij blijft zich zorgen maken over Don Alejandro en de andere landeigenaren die hun trouw aan de koning hebben gezworen.

Diego hoort Varga tegen zijn adjudant zeggen dat de haciënda de la Vega zo comfortabel is dat hij van plan is om er zijn permanente hoofdkwartier van te maken. Diego weet dat zijn vader snel zal terugkeren en zou vechten tot de dood om zijn huis te beschermen. Diego besluit een riskant plan te proberen om de Eagle te verdrijven.

Een andere vreemdeling arriveert in de pueblo en reist naar de hacienda de la Vega, met de bedoeling de Eagle te ontmoeten. Diego herkent de bezoeker als Graaf Kolinko, een ambassadeur uit een Oost-Europees land dat al lang geïnteresseerd is in het controleren van Californië. Aangezien de Adelaar naar de pueblo is vertrokken, slaagt Diego erin Kolinko ervan te overtuigen dat hij ook deel uitmaakt van het complot. Hij slaagt er bijna in de nodige details van het complot te bemachtigen.

Bernardo, die de wacht houdt bij Varga, is verontrust als hij Garcia een patrouille lansiers uit de kurartel ziet leiden. Nog verontrustender is de aanblik van een aantal vreemdelingen die het hoofdkwartier van de Adelaar binnendringen. Wanneer hij binnen probeert te kijken zijn de poorten op slot, dus haast hij zich om Diego te waarschuwen voor de dreiging.