Yuki est un adolescent solitaire et renfermé qui préfère la compagnie de ses amis imaginaires à celle de ses camarades de classe. Son seul passe temps : un journal intime qu'il rédige sur son mobile. Mais voilà que Deus, l'une se ses créations, lui octroie le pouvoir de connaître l'avenir. Et Yuki se voit entraîné dans un jeu mortel dans lequel les participants doivent s'éliminer pour devenir le futur dieu du Temps et de l'Espace...

Yukiteru a à peine le temps de digérer les révélations faites par Deus lors de la réunion des 12 propriétaires de chronographe que la course contre la mort dans laquelle il a été embarqué passe à la vitesse supérieure : la terroriste Minene Uryû, qui est la N°9, attaque son collège à coups d'explosifs !

Keigo Kurusu, inspecteur de police et propriétaire de chronographe N°4, charge Yukiteru et Yuno de jouer les appâts afin que Minne Uryû, qui a disparu dans la nature, se manifeste et puisse être arrêtée. Les deux tourtereaux sont toutefois le cadet des soucis de la N°9 qui, en plus d'avoir toute la police de Sakurami aux trousses, est suivie par un mystérieux inconnu...

Grâce au journal de l'enquêteur, l'inspecteur Keigo Kurusu, alias le N°4, apprend que Minene Uryû, la N°9, est retenue prisonnière par les membres de la secte Omekata. Il décide de se rendre sur place accompagné de Yukiteru et Yuno. À leur grand étonnement, la prêtresse de l'organisation religieuse semble pouvoir lire l'avenir... Serait-elle une des 12 propriétaires ?

Yukiteru est sommé par Yuno de choisir entre elle et Tsubaki, la prêtresse de la secte Omekata. Qui choisira-t-il de croire ? La fille qui cache des cadavres chez elle ou le gourou qui, sous des airs innocents, semble cacher bien des choses ?

Journée noire pour Yukiteru : à peine remis de ses émotions après le carnage dans les locaux de la secte Omekata, il doit cohabiter avec Yuno, qui s'invite chez lui. Pile le jour où sa mère se décide à repasser à la maison...

Le petit Reisuke Hôjô tombe le masque : le petit garçon dont les parents, membres de la secte Omekata, ont été tués, n'est pas simplement venu habiter chez les Amano... La maison de Yukiteru va être le théâtre d'un cache-cache sanglant !

Leur collège ayant été détruit par les bombes de Minene Uryû, Yukiteru, Yuno et leurs camarades sont transférés dans un autre établissement. Yukiteru y voit une opportunité de faire des rencontres et pourquoi pas, de nouer des liens d'amitié. Mais quand on est un propriétaire de chronographe engagé dans une course contre la mort, les ennemis peuvent être partout...

Enfermés avec Hinata, Mao, Aru et Kôsaka dans le belvédère du parc de Sakurami, Yukiteru et Yuno doivent se serrer les coudes, car les masques tombent et aucun n'est celui qu'on croyait vraiment... Ami, ennemi ? Propriétaire de chronographe ? La nuit promet d'être longue...

Yukiteru et Yuno ont-ils bien fait de se fier à l'inspecteur Kurusu et de conclure une alliance avec lui ? Le N°4 jouait-il double jeu ? Réponse explosive à ces questions grâce à Minene Uryû dans cet épisode !

Coincés dans l'hôpital de Sakurami avec la N°9 et cernés par la police, Yukiteru et Yuno sont bien obligés de s'allier temporairement avec la terroriste s'ils veulent avoir une chance contre le N°4, qui ordonne l'assaut des forces spéciales ! Mais une alliance temporaire est-elle vraiment une alliance ?

Après la mort du N°4, Yukiteru et Yuno prennent la fuite. Conscient de la folie de Yuno, et avec l'aide de l'inspecteur Nishijima, Aru se lance à leur recherche. Hinata, qui estime avoir une dette envers Yukiteru, se joint à eux, accompagnée de Mao et de Kôsaka, un camarade de classe. Ils sont loin de se douter que la N°2 les attend de pied ferme...

Akise, Mao et Kôsaka sont tombés dans le piège que leur a tendu Yuno dans l'hôtel abandonné où elle s'est réfugiée avec Yukiteru, contré le gré de ce dernier. Quand l'intelligence hors norme d'Akise ne suffit plus à les sauver, il reste les « exploits » de Kôsaka !

Yukiteru apprend qu'il va être attaqué par des apprentis propriétaires de chronographes, que le N°8 peut créer à volonté... Privé de Yuno, il se voit déjà tomber sous les coups de l'ennemi. Il ne se rend pas compte que les événements récents ont réuni autour de lui un groupe d'amis prêts à l'aider !

Alors que Yukiteru, hospitalisé et sous bonne garde, récupère de son face à face avec les N°7, son père, qu'il n'avait pas vu depuis six mois, refait irruption dans sa vie. Si Yukiteru est enchanté, Yuno ne voit pas ces retrouvailles d'un bon œil et se demande pourquoi ce père absent ressurgit à un moment pareil...

Yukiteru, son père et Yuno sont coincés dans la tour Sakurami avec les N°7. Cinq personnes, et seulement deux parachutes... Les liens entre les différents protagonistes vont être mis à rude épreuve. Qui échappera à la mort ?

Le passé de Yuno se révèle peu à peu et l'identité ainsi que la cause de la mort des cadavres que cache la jeune fille sont dévoilés. Yukiteru, de son côté, est bien décidé à forcer son père à prendre ses responsabilités vis à vis de la mort de sa mère...

Pour Yukiteru et Yuno, l'ennemi à abattre est désormais le N°11. Mais ce dernier a le bras long et semble toujours avoir une longueur d'avance sur ses tous... Alors que le jeu est entré dans sa phase finale, les adversaires se font toujours plus coriaces. Alors quand les secrets de ses alliés de toujours éclatent au grand jour, Yukiteru se sent soudain très seul !

Le N°11, le maire de Sakurami, est désormais l'ennemi à abattre pour tous les propriétaires de chronographe encore en lice. La N°9, Minene Uryû, fidèle à elle-même, décide de prendre d'assaut les gratte-ciels où il a trouvé refuge. Son plan parviendra-t-il à destabiliser un adversaire qui a toujours un coup d'avance sur elle ?

Yukiteru et Yuno tentent toujours d’atteindre John Backs, le N°11 et maire de Sakurami, qui se retranche dans le coffre-fort d’une banque. Mais comment combattre le créateur des chronographes ? Une chose est sûre : le temps presse, car Deus n’en a plus pour longtemps...

Emmené par une Yuno plus déterminée que jamais, Yukiteru sème la mort sur son passage, obsédé par l'idée de devenir dieu et de ramener ses parents à la vie. Cependant, il semble oublier qu'il ne peut y avoir qu'un seul vainqueur dans le jeu organisé par Deus. Qu’adviendrait il de sa relation avec Yuno si les deux adolescents parviennent à éliminer tous leurs adversaires ?

Plus que quelques jours avant la fin du monde, programmée pour le 28 juillet. Tous les propriétaires de chronographe sont morts, à l'exception des N°1 et N°2. Après les révélations d'Akise, Yukiteru ne parvient pas à baisser sa garde face à Yuno. À raison ? De son côté, Murmur semble en savoir beaucoup plus qu'on ne croit et manœuvre dans l'ombre... Que manigance-t-elle ?

Épaulé par une Minene Uryû sauvée par Deus de l'explosion dans la banque Gasai, Yukiteru est décidé à empêcher Yuno de retourner dans le passé et de réécrire une nouvelle fois l'Histoire. Arrivera-t-il à temps ?

Venu dans le troisième monde avec Minene, Yukiteru tente de sauver la Yuno qui vit dans cette réalité de la folie meurtrière de la Yuno du deuxième monde. Mais cette dernière a une alliée de taille : Murmur, qui est bien décidée à aider la N°2...

Dans le troisième monde, Yuno est bien décidée à recommencer une nouvelle course contre la mort à l'issue de laquelle elle trouverait le bonheur avec le Yukiteru de cette réalité... Le Yukiteru du deuxième monde, enfermé dans une illusion où il goûte un bonheur fabriqué de toutes pièces, a pourtant l'impression qu'il lui manque quelque chose...