Yuki est un adolescent solitaire et renfermé qui préfère la compagnie de ses amis imaginaires à celle de ses camarades de classe. Son seul passe temps : un journal intime qu'il rédige sur son mobile. Mais voilà que Deus, l'une se ses créations, lui octroie le pouvoir de connaître l'avenir. Et Yuki se voit entraîné dans un jeu mortel dans lequel les participants doivent s'éliminer pour devenir le futur dieu du Temps et de l'Espace...

Yukiteru a à peine le temps de digérer les révélations faites par Deus lors de la réunion des 12 propriétaires de chronographe que la course contre la mort dans laquelle il a été embarqué passe à la vitesse supérieure : la terroriste Minene Uryû, qui est la N°9, attaque son collège à coups d'explosifs !

Keigo Kurusu, inspecteur de police et propriétaire de chronographe N°4, charge Yukiteru et Yuno de jouer les appâts afin que Minne Uryû, qui a disparu dans la nature, se manifeste et puisse être arrêtée. Les deux tourtereaux sont toutefois le cadet des soucis de la N°9 qui, en plus d'avoir toute la police de Sakurami aux trousses, est suivie par un mystérieux inconnu...

Grâce au journal de l'enquêteur, l'inspecteur Keigo Kurusu, alias le N°4, apprend que Minene Uryû, la N°9, est retenue prisonnière par les membres de la secte Omekata. Il décide de se rendre sur place accompagné de Yukiteru et Yuno. À leur grand étonnement, la prêtresse de l'organisation religieuse semble pouvoir lire l'avenir... Serait-elle une des 12 propriétaires ?

Yukiteru est sommé par Yuno de choisir entre elle et Tsubaki, la prêtresse de la secte Omekata. Qui choisira-t-il de croire ? La fille qui cache des cadavres chez elle ou le gourou qui, sous des airs innocents, semble cacher bien des choses ?

Suivez Yukiteru et Yuno dans leur folle journée au salon du mariage ! Si cela donne des idées à la seconde, le premier se maudit encore plus d'avoir présenté Yuno comme sa petite amie... D'autant qu'il n'arrive pas à oublier la macabre découverte qu'il a faite chez elle...

Yukiteru apprend qu'il va être attaqué par des apprentis propriétaires de chronographes, que le N°8 peut créer à volonté... Privé de Yuno, il se voit déjà tomber sous les coups de l'ennemi. Il ne se rend pas compte que les événements récents ont réuni autour de lui un groupe d'amis prêts à l'aider !

Alors que Yukiteru, hospitalisé et sous bonne garde, récupère de son face à face avec les N°7, son père, qu'il n'avait pas vu depuis six mois, refait irruption dans sa vie. Si Yukiteru est enchanté, Yuno ne voit pas ces retrouvailles d'un bon œil et se demande pourquoi ce père absent ressurgit à un moment pareil...

Yukiteru, son père et Yuno sont coincés dans la tour Sakurami avec les N°7. Cinq personnes, et seulement deux parachutes... Les liens entre les différents protagonistes vont être mis à rude épreuve. Qui échappera à la mort ?

Épaulé par une Minene Uryû sauvée par Deus de l'explosion dans la banque Gasai, Yukiteru est décidé à empêcher Yuno de retourner dans le passé et de réécrire une nouvelle fois l'Histoire. Arrivera-t-il à temps ?

Venu dans le troisième monde avec Minene, Yukiteru tente de sauver la Yuno qui vit dans cette réalité de la folie meurtrière de la Yuno du deuxième monde. Mais cette dernière a une alliée de taille : Murmur, qui est bien décidée à aider la N°2...

Dans le troisième monde, Yuno est bien décidée à recommencer une nouvelle course contre la mort à l'issue de laquelle elle trouverait le bonheur avec le Yukiteru de cette réalité... Le Yukiteru du deuxième monde, enfermé dans une illusion où il goûte un bonheur fabriqué de toutes pièces, a pourtant l'impression qu'il lui manque quelque chose...