Philip rivela a Martha di aver ucciso Gene per proteggerla; la donna è sconvolta. Paige parla dei suoi genitori con il pastore Tim. Gabriel assegna una nuova missione a Philip ed Elizabeth: incontrare William, uno scienziato americano che ha accesso a mortali sostanze chimiche e microorganismi. Durante un incontro dell'ETS, Philip ricorda un episodio della sua infanzia, quando aveva picchiato brutalmente e ucciso un bullo, nonostante nel suo racconto non riveli quest'ultimo particolare.

Le tensioni familiari aumentano quando Paige condivide nuove informazioni. Nel frattempo Philip prova a liberarsi di un pacco molto pericoloso.

Paige affronta nuovi oneri a causa di un segreto della sua famiglia e Philip ed Elizabeth cercano di mantenere la loro copertura senza distruggere la loro famiglia.

Il patriottismo di Philip, Elizabeth, William e Gabriel è messo alla prova dopo una clamorosa falla in una missione che mette le loro vite a rischio. Nina mette la sua vita in pericolo tornando in Russia.

Hans sospetta che Martha venga controllata dall'FBI, causando diffidenze e agitazione all'interno del KGB. Nel frattempo, Philip è infastidito dalle notizie del telegiornale e dalle conseguenze che queste potrebbero avere. Dopo aver scoperto l'esecuzione di Nina, Oleg ritorna alla Rezidentura, dove incontra la comprensione di Arkady. Successivamente incontra Stan, informandolo della morte della sua ex-amante. Elizabeth continua a entrare nel personaggio di venditrice di cosmetici, mentre Philip porge le sue scuse a Stan che lo perdona. I Jennings cercano di corteggiare ancora di più il pastore Tim e sua moglie, Alice.

Philip estrae Martha dal campo e, insieme a Gabriel, i due si rifugiano in una casa sicura; il KGB organizza nel frattempo i preparativi per la sua esfiltrazione in Russia. Tuttavia, Martha diventa diffidente e lascia la casa, contro il volere di Gabriel. Nel frattempo, Stan e Aderholt scoprono la verità su Martha e Clark e rivelano la scoperta a Gaad.

Martha si aggira per la strada confusa e spaventata, dopo aver lasciato la casa. Philip ed Elizabeth tornano nel rifugio con il campione della malattia. Gabriel rivela loro che Martha si è allontanata e i due iniziano a cercarla. Gaad è preoccupato che quanto accaduto con Martha comporterà per lui delle gravi conseguenze, essendo uno il capo del dipartimento di controspionaggio dell'FBI. L'agente Beeman si rifiuta di contattare Oleg. Martha chiama i suoi genitori e l'FBI riesce a rintracciarla. La donna chiama poi Philip che la convince a rimanere dov'è così che possa andare a prenderla. Ma prima che riesca ad arrivare sul posto, Elizabeth la trova e la obbliga con la forza a tornare alla casa. È inoltre preoccupata per il troppo coinvolgimento di Philip nei confronti di Martha, ma l'uomo lo assicura di non provare niente per lei. Elizabeth gli chiede di mentirle dicendole che anche lui andrà in Russia con lei. Tuttavia Philip non riesce a mentire a Martha e le rivela che probabilmente non si rivedranno più. La donna rimane scossa e turbata. Oleg e Tatiana rivelano ad Arkady che hanno trovato un pilota. Gaad afferma di sentirsi "già morto" essendo il capo del controspionaggio e avendo la sua segretaria sposato un agente del KGB.

Martha sale sull'aereo insieme alla cavia contenente il campione di tularemia; entrambi arrivano sani e salvi a Cuba. Con la partenza di Martha, Philip passa più tempo a casa e, inavvertitamente, convince Elizabeth ad andare al cinema con Young-hee. Philip fa inoltre visita alla tomba di Gene e beve una birra con Stan, che gli racconta del "disastro a lavoro". Gaad viene presto licenziato. Elizabeth va a un meeting dell'EST e litiga con Philip una volta tornata a casa. Gabriel rimane perplesso dalle recenti azioni dei Jennings e chiede consiglio a Claudia. Paige salta l'incontro sullo studio della Bibbia e Elizabeth la esorta a lasciare da parte i sentimenti e impegnarsi a mantenere la relazione con il pastore Tim e Alice. Elizabeth viene contattata da Lisa per un incontro fuori programma. La donna ha avuto una ricaduta dopo che il marito l'ha lasciata per un'altra donna portandole via tutti i soldi della truffa. Lisa è decisa a riportare "Jack" alla polizia, sperando di riavere indietro il denaro e ottenere l'immunità. Elizabeth è costretta a ucciderla. Philip ed Elizabeth incontrano poi Gabriel che si rende conto di quanto i Jennings siano sotto stress. Decide quindi di non far affidare nuove missioni ai due agenti per un po' di tempo. Philip ed Elizabeth riescono finalmente a portare Paige e Henry all'epcot. Passano sette mesi; Philip ed Elizabeth stanno giocando a hockey con Henry, quando Paige torna a casa dopo aver giocato a minigolf con il pastore Tim e sua moglie ora incinta. Paige riporta ai genitori le azioni dei due e va in camera sua. Prima che Gaad parta per un viaggio in Asia, riceve una visita da Stan e lo avverte di non perdere di vista chi sta indagando.

Durante una lezione di guida con Philip, Paige gli chiede di presentarsi insieme a lei a un evento organizzato dal pastore Tim, credendo che sia utile fargli vedere che la famiglia è unita nonostante tutto. Stan si adatta alle nuove difficoltà. Elizabeth fa fatica a portare avanti la sua copertura come "Patty", ma in fondo sa che deve fare ciò che è necessario. Il pastore Tim rivela a Philip le sue preoccupazioni riguardo al benessere mentale di Paige. Nel frattempo il film Il giorno dopo va in onda in televisione, avvolgendo tutti in un velo di insicurezza e paura.

I Jennings sono sconvolti dalla notizia che il pastore Tim è scomparso in Etiopia. Alice è sospettosa e minaccia la coppia. La donna ha infatti consegnato una lettera con una cassetta al proprio avvocato, dicendogli di inviarla all'FBI qualora Tim fosse trovato morto o se succedesse qualcosa anche a lei. Paige è confusa dall'intera situazione, ma riesce a confortare una sconvolta Alice. Mentre la missione di "Patty" continua, Elizabeth inizia a sentirsi in colpa per le conseguenze sulla famiglia di Young-hee. Philip fa visita a Kimmy che ha recentemente scoperto la verità sul lavoro del padre. Il pastore Tim viene ritrovato sano e salvo in Etiopia. Alice si scusa con Paige per la sua reazione avventata e Paige racconta la buona notizia ai genitori, nonostante non abbia chiesto ad Alice di consegnarle la lettera data all'avvocato. Philip ed Elizabeth sono d'accordo con Paige e decidono di non premere Alice per farsi consegnare il documento. Paige e Matthew passano del tempo insieme. Una missione del KGB va storta e l'agente Gaad viene accidentalmente ucciso in Tailandia.

Pastor Tim è mortificato per le azioni di sua moglie e inizia a simpatizzare con la difficile situazione dei Jennings. Elizabeth lo invita a cena insieme a sua moglie; tuttavia Stan viene inaspettatamente invitato da Henry. L'operazione di "Patty" è finita, lasciando Elizabeth con il cuore spezzato. Stan pone termine ai suoi incontri con Oleg, affermando di non voler avere anche lui sulla sua coscienza. Dopo essere passata a prendere Paige, Elizabeth e sua figlia vengono fronteggiate da due ladri. Elizabeth offre loro la sua borsa, che però non li tiene a bada. Quando uno di loro tenta di assalire Paige, Elizabeth reagisce colpendolo e accoltellando il complice. Paige, completamente in shock per quanto successo, si dilegua con sua madre.

Paige, ancora sconvolta per quanto successo a lei e a sua madre, le chiede quante volte le è capitato di uccidere qualcuno e se ha mai avuto paura. William rivela a Philip di non voler più rubare armi batteriologiche, credendo di fare qualcosa di immorale. Tatiana informa Oleg che si trasferirà a Nairobi, essendole stato offerto il ruolo di ambasciatrice, e gli chiede di diventare il suo vice. Dopo averci pensato, Oleg rifiuta la sua offerta. Aderholt trova la cimice nel robot della posta. Oleg telefona a sua madre in Russia. Paige cerca di ammaliare Matthew per ottenere informazioni sul lavoro di suo padre. Oleg rivela a Stan delle informazioni sulla missione sovietica per ottenere le armi batteriologiche. Gabriel cerca di convincere William a non lasciarsi trasportare dalle emozioni e rimanere fedele alla sua nazione. Paige bacia Matthew e, in seguito, riporta le informazioni ottenute ai genitori che disapprovano il suo comportamento. Infastidita, cerca di scoprire di più sulla loro missione segreta. Stan e il resto dell'FBI hanno identificato William e sono pronti ad arrestarlo.

William viene catturato dall'FBI mentre cerca di consegnare a Philip la fiala con il virus. Prima di essere catturato, riesce a rompere la fiala nel palmo della sua mano, infettandosi con il virus letale. In Russia, Mikhail Semenov, il figlio di Philip, viene rilasciato da un manicomio. Oleg rivela ad Arkady la sua decisione di tornare in Russia per stare accanto alla sua famiglia. Durante un meeting dell'EST, Philip confessa il suo disinteresse nei confronti del suo lavoro. Mikhail fa visita a suo nonno che gli consegna un pacco lasciatogli da sua madre e contenente diversi passaporti e banconote. Il ragazzo è deciso a ritrovare suo padre in America. Arkady viene interrogato dall'FBI che lo accusa di essere il mandante dell'omicidio di Gaad e del furto di armi biochimiche compiuto da William. Per questi motivi, è costretto a lasciare gli Stati Uniti entro 48 ore. Dopo l'arresto di William, Gabriel suggerisce a Philip ed Elizabeth di lasciare il paese e tornare in Russia. Tatiana rivela a Oleg che le è stato chiesto di prendere temporaneamente il posto di Arkady alla Rezidentura, mentre Oleg le rivela di voler tornare in Russia. In ospedale le condizioni di William peggiorano sempre più, fino a quando l'uomo non inizia a tossire sangue. Mentre viene interrogato da Stan e Dennis, rivela ai due agenti che avrebbe voluto sposarsi e avere qualche figlio "come loro". Philip passa a prendere Paige a casa di Stan, il quale gli rivela che ha visto Matthew e Paige baciarsi. Tornando a casa, Philip ordina a Paige di non vedere più Matthew, poiché "non ha idea" della situazione in cui si sta mettendo.