Elizabeth si è ripresa dalle sue ferite, e si getta a capofitto in quella che dovrebbe essere una missione di routine con Philip.

Mentre Philip indaga sulle conseguenze della difficile operazione appena conclusa, Elizabeth rimane casa, preoccupata per la famiglia, fino a che non riceve una misteriosa richiesta di soccorso.

Dopo aver completato una missione con diversi problemi, Phillip si pone delle domande sul livello di preparazione di Elizabeth. Anche Paige si interroga su sua madre.

Proprio quando sono Phillip ed Elizabeth si convincono di poter stare tranquilli, un vecchio amico e compagno torna per complicare le loro vite.

Un ufficiale di Marina diventa il punto focale della nuova missione di Phillip ed Elizabeth, e la principale minaccia alla sicurezza della loro famiglia.

Un agente del KGB, Charles Duluth, aiuta Phillip ad accedere alle comunicazioni del Governo americano, grazie alla sua conoscenza di un nuovo strumento.

Elizabeth e Pillip si trovano a dover gestire delle spaventose e inaspettate svolte delle circostanze.

Una missione a lungo studiata da Elizabeth e Pillip prende una piega drammatica: le loro vite verranno sconvolte, in modi differenti.

Durante un'operazione di vasto respiro internazionale, Phillip si trova a dover chiedere aiuto e assistenza ad Annelise.

Mentre Elizabeth fa una scoperta scioccante su Kate, Phillip cerca contatti per avere informazioni su una nuova tecnologia.

Con Larrick che si avvicina, Elizabeth si affretta ad "esfiltrare" Jared, mentre Phillip prepara Fred per una missione cruciale.

In questo finale della seconda stagione: Il futuro di Nina si trova nelle mani di Stan. Intanto Paige e Henry vengono messi al sicuro, mentre i genitori cercano di portare a compimento la loro missione.