The story takes place in Japan in the early 21st century, in an alternate reality where the Tokugawa Shogunate has remained in power. In this reality, student councils are tasked with oppressing schools. Yagyuu Muneakira is a high school student who rebels against his student council with the help of girls who've had the names of famous samurai heroes passed on to them.

       故事发生在21世纪初叶的日本，此时的年号是“平诚”。虽然锁国政策已经完结，但德川幕府的统治还在继续。在富士山的山脚有一间巨大教育机构·武应学园塾。这里的部分学生对德川家进行反抗，学生会执行部称其为“丰臣狩猎”，并对其进行镇压。本作的主人公、柳生道场的代理师傅·柳生宗朗虽世代为德川效力，但他却对执行部的镇压行动抱有疑问，为此却被学生会命令撤走道场。撤走期限即将来临之际的一天晚上，宗朗与真田幸村后藤又兵卫被学生会直辖部队追杀逃进柳生道场秘密房间后，突然从天花板堕下一名手持双刀的全裸美少女。自称柳生十兵卫三严的少女击退了强袭道场的服部忍者，从此之后，就有众多日本历史上的武将以少女身份出现在宗朗面前。

在年號「平成」二十幾年21世紀的日本，延續著由江戶時代開始的德川幕府，第25代將軍德川慶康統治的盛世日本。而距離首都百公里的聖峰富士山山麓之上建立的巨大學園「武應學園」。在由德川家組成的學生會，執行對反抗的豐臣派的「豐臣狩獵」，在學園中掀起的巨大風暴。

就讀「武應學園」亦身為柳生道場代理教練職務的柳生宗朗，對學生會的「豐臣狩獵」行動抱持疑惑，在道場中獨自進行練習時，一名全身赤裸帶著大小兩把日本刀的少女穿過道場屋頂從天而降， 少女自稱柳生十兵衛三嚴，並且使用華麗的劍術，擊退帶領風紀委員會來犯的服部半藏。之後一群擁有歷史上有名武將之名的少女們也相繼出現在宗朗面前……

Dans un futur alternatif où les clans dirigent le Japon, il existe une académie très spéciale qui forme des jeunes filles aux techniques de combat samouraï.

À son arrivée à l'académie, Muneakira Yagyû, un maître du sabre venu y enseigner son art, découvre qu'il s’agit en réalité d'une école pour filles. Aussi sexy que redoutables, les élèves combattantes sont toutes les réincarnations des plus célèbres samouraïs du passé ! Alors que l'arrivée d’un homme sème la panique dans l'établissement et divise les membres du conseil, Jûbei, une mystérieuse fille, tombe du ciel totalement nue et embrasse Muneakira.

Ce baiser va éveiller le pouvoir caché de Jûbei qui se révèle être la réincarnation d'un Master Samurai. En embrassant son destin, cette dernière pourrait bien changer celui du Japon à tout jamais…

El gran Japón, un país asediado por los demonios que buscan corromper la paz. Yagyuu Muneakira tendrá la misión de convertirse en general de las guardianas conocidas como Samurai Girls y salvar al país de su terrible destino.

El gran Japón, un país asediado por los demonios que buscan corromper la paz. Yagyuu Muneakira tendrá la misión de convertirse en general de las guardianas conocidas como Samurai Girls y salvar al país de su terrible destino.

Het verhaal speelt zich af in Japan aan het begin van de 21e eeuw, in een alternatieve realiteit waar het Tokugawa-shogunaat aan de macht is gebleven. In deze realiteit hebben studentenraden de taak om scholen te onderdrukken. Yagyuu Muneakira is een middelbare scholier die in opstand komt tegen zijn studentenraad met de hulp van meisjes aan wie de namen van beroemde samurai helden zijn doorgegeven.

時は平誠二十某年。長きに渡り大日本を統治する徳川幕府が開いた巨大学園“武應学園塾”では、武家の子女が日々勉学と武術に励んでいた。柳生道場の師範代、柳生宗朗の前に現れる少女たち。全裸で空から降ってきた少女、柳生十兵衛。生徒会に敵対する真田幸村と後藤又兵衛など。美しきサムライたちの戦いが今始まる。

원호가 '平誠'으로 바뀐지 20년이 지난 21세기 초의 대일본국. 쇄국은 풀렸지만 도쿠가와 막부의 치세는 계속 되어,

도쿠가와 요시코우가 제25대 쇼군의 자리에 올랐다.

영봉 후지산의 밑에 세워진 거대 교육기관 부오우 학원 기숙사에서는 학생회 집행부가 '도요토미 사냥'이라는 명목하게 도쿠가와에 반항하는 반란분자라 인정된 학생들에 대한 탄압이 계속되었고, 거기에 대한 불만만 강해지고 있었다.

아버지가 실종된 후, 학생이면서 학교 시설인 야규도장의 사범대를 맡고 있는 야규 무네아키라는 집행부의 도요토미 사냥에 의문을 품고 거리를 두고 있었으나, 학생회가 야규 도장을 넘길 것을 명하게 된다. 그 기일이 가까워진 어느날 밤, 무네아키라가 평상시처럼 도장에서 수련을 하고 있을 때 갑자기 천장에 구멍을 뚫고 두 자루의 검을 지닌 전라의 미소녀가 떨어졌다.

자신을 '야규 쥬베이 미츠요시'라고 소개하는 그 소녀는 도장을 습격한 풍기 위원회의 시노비 군단을 화려한 검술로 격퇴하지만, 그 후에도 무네아키라 앞에 계속해서 역사상의 무인의 이름을 물려받은 미소녀들이 나타난다.

In einem alternativen Universum regiert das Tokugawa Shogunat immer noch über Japan. An der Buou Akademie werden Kinder aus Militärfamilien zu Samurai Kämpfern ausgebildet. Der Schülerrat versucht sein Bestes, aufkeimende rebellische Elemente sofort zu unterdrücken und auszumerzen. Ein Schüler, Muneakira Yagyu , versucht mit der Hilfe mehrerer Mädchen, den Samurai Girls, gegen den Schülerrat zu kämpfen.

Akcja rozgrywa się na początku XXI wieku, w alternatywnej rzeczywistości, gdzie szogunat Tokugawa nadal pozostaje przy władzy. Prowadzona przez szogunat Akademia Buou jest szkołą, w której dzieci samurajów odbierają arystokratyczną edukację, aby przewodzić nowemu pokoleniu Japonii. Główny bohater opowieści, Muneakira Yagyuu, przybywa do miasta położonego u stóp góry Fudżi celem uczęszczania do tej właśnie akademii. Nieszczęśliwym zbiegiem okoliczności tuż po przyjeździe wplątuje się w konflikt pomiędzy radą uczniowską a rodem Toyotomi, który jest we wrogich relacjach z szogunatem. Ogólnego chaosu dopełnia pojawienie się dziewczyny o imieniu Jubei Yagyuu, która spada z nieba w ramiona Muneakiry, a zaraz potem przybiera postać Master Samurai, niezwykle potężnego wojownika, podległego swojemu generałowi.

Wielka przygoda, wielkie miecze i wielkie biusty.

Em toda a orla do Monte Sagrado Fuji, há uma enorme escola construída em uma vasta área. Seu nome é Buou Private Academy. Todos os alunos são filhos de samurai e quando incentivados a estudar, eles passam os dias a preparar-se em batalhas que, às vezes colocam sua vida em risco. Uma escola de paz, à primeira vista, mas ainda há uma sombra de turbulência que se aproxima: as atividades rebeldes subterrâneos de descontentes que se opõem ao clã Tokugawa que submete as regras da escola. Contra os estudantes dissidentes, o aluno da comissão executiva do conselho formado a Facção Toyotomi começa a sua supressão. Agora, com a caça Toyotomi como ficou conhecido, a tirania do conselho estudantil intensificou ainda mais.

Эта история происходит в 21-м веке в Японии – только это совсем не та Япония, которую знаем мы. Представьте себе, что Токугавский сёгунат не пал в 1868 году, страна всё ещё изолирована от внешнего мира, а институт самураев процветает. Вот такая она, альтернативная Япония…

У подножья священной горы Фудзи расположилась академия Буо, где надежда и цвет японской нации встаёт на нелёгкий путь самурая. В академии в относительной гармонии находятся классические японские боевые искусства и современные технологии. Главенствует в заведении Школьный совет, держащий под жёстким контролем всех студентов и возглавляемый наследниками 25-го сёгуна – Ёсихико и Сэн из семьи Токугава.

Сюда и переводится 16-летний Мунэакира из семьи Ягю – придворных наставников пути меча. Первый день в академии у него вышел не из лёгких – а всему виной таинственные пророчества, загадочные подземелья и девушки, падающие прямо с неба…

Події відбуваються в Японії на початку 21 століття, в альтернативній реальності, де при владі залишається сьогунат Токугава. У цій реальності учнівські ради мають завдання утискати школи. Яґюу Мунеакіра - старшокласник, який бунтує проти учнівської ради за допомогою дівчат, що носять імена відомих самурайських героїв.

La serie si svolge in una versione alternativa del Giappone chiamata Grande Giappone, in una linea temporale alternativa dove lo shogunato Tokugawa è rimasto attivo ed è rimasto isolato dal resto del mondo. Il protagonista della serie è Muneakira Yagyū, un giovane che frequenta la Buou Academic School, una gigantesca accademia situata alla base del monte Fuji dove ci si allena per diventare guerrieri samurai.

La sua vita prende una svolta improvvisa quando incontra Jūbei Yagyū, una misteriosa ragazza caduta nuda dal cielo che in seguito diventa il suo primo "Maestro Samurai" dopo aver ricevuto il loro primo bacio insieme.