Obyvatelé Chester's Mill jsou odhodláni dostat se pryč. Pod vedením Barbieho se vydali do podzemního tunelu. Teď čekají na důležité rozhodnutí. Vydají se za zjevením v podobě Melanie, nebo ne? Na povrchu mezitím Julia s Juniorem a Jimem zápasí o to, kdo přežije a kdo půjde za ostatními, a kdo ne. Poté, co se Jim s Juniorem pohádají, jim zůstává a Julia s Juniorem jdou za ostatními. Cesta tunelem ale nebude tak jednoduchá. Čeká na ně právě již zmíněná Melanie, která má s ostatními úplně jiné plány.

Melanie se v tunelu pod kupolí snaží přemluvit Juniora ke spolupráci. Sama totiž ovládá ostatní. Ale to Junior nevidí, a tak je potřeba poslat ho za ostatními. S Julií má Melanie stejný problém. Ji by ale mohla využít jinak. Společnými silami muí totiž získat vejce, které pohání celou kupoli. A to by mohl pod kupoli donést Don Barbara. Až s pomocí Jima se Julii podaří Melanin neuvěřitelný plán překazit.

Obyvatelé Chester's Mill jsou zpět a vracejí se do svých starých životů. Všichni až na Julii a Jima Rennieho si ale prožili alternativní realitu, ve které byli všichni šťastní, a tak není divu, že by takovou realitu chtěli zpět. A právě zde nastupuje Christine. Jako terapeutka, za kterou se vydává, chce ostatním pomáhat. Její a Evino skutečné poslání zůstává ostatním utajeno. Až na Jima. Ten jako jediný tuší, že se něco děje. Mimo to je potřeba dát dohromady zásoby jídla, najít Melanie a získat od ní odpovědi, a dát vše do pořádku po stránce vztahů. S tím budou mít problém hlavně Junior a Jim, což skončí útěkem jednoho z nich, Joe a Norrie, která propadá kouzlu Huntera, a Barbie a Julia, která se dozvídá a Barbieho alternativní realitě s Evou.

Junior pomalu propadá kouzlu a vlivu Catherine. Už je pro ni ochoten udělat opravdu cokoliv. A stejně tak jejímu vlivu podléhají ostatní. Od Huntera, kvůli kterému skončí Joe s Norrie málem na pranýři, až po Barbieho, který se odvrací od Julie a tíhne k Avě. Když se navíc dostane do roztržky s tesařem, který ostatní varoval před mocí a nebezpečím v podobě Christine, jde do tuhého. Ovšem jsou tu i tací, kterým se prozatím daří Christininým spárům unikat. Julia s Big Jimem se snaží zjistit, o co Akraionu ve skutečnosti jde. Když už se zdá, že mají odpovědi, zjišťují, že je celá věc jen ještě více zamotaná. Vše totiž začalo již před několika lety s projektem Aljaška.

Christine se ocitá v zajetí Aktaionu. Doktor totiž ví, co je Christine zač. Ví, že není z naší planety, a hodlá na ní dělat nejrůznější testy, aby všemu přišel na kloub. Mimo to jí hodlá vzít krev a vyvinout protilátku pro ostatní, kteří podlehli jejímu vlivu. S tím by mu měl pomoct Jim, který sdílí vedlejší celu. Jenže poté, co dovnitř vtrhnou Barbie s Juniorem s cílem zachránit Christine, jsou plány tytam. Obyvatelé Chester's Mill dál tupě čekají na Christininy rozkazy, zajmou Julii, Joea a Norrie, a chystají se zabít Huntera. Když už ani Barbie není plně při smyslech, musí všechno vzít do svých rukou právě Julia spolu s Jimem, a Joe s Norrie. Do toho se po městě potuluje rozlícený Sam, kterému Christine zabila přítelkyni, a který prahne po pomstě.

Christine je pryč a ostatní ovečky se chovají podle toho. Hromadně páchají sebevraždy. Nebýt Avy a Barbieho, obyvatelstvo Chester's Mill už by bylo poloviční. A právě Barbie je jedním z posledních dílů skládačky, který chybí Christine k dokonání svého plánu. Vnější svět se mezitím ocitá v apokalypse. Lidé se snaží dostat pod kupoli, kde nic takového nehrozí, a Barbie se jim snaží pomoci, ale nejde to. Pod kupolí i nadále operují Julia s Jimem, kteří se snaží město zachránit, a Joe s Norrie a Samem, kteří mají stejné plány, ale krom toho se starají o Huntera. Společnými silami přijdou na to, jak město zachránit. Ale má to vůbec cenu, když vnější svět zaniká?

Julia, Jim, Norrie, Joe a Hunter dále pokračují v odboji s cílem zachránit obyvatele Chester's Mill. Jenže moc se jim to nedaří. Naštěstí se jim podaří spojit s Lill, operátorkou z vnějšího světa. Ten totiž nezanikl, jak si všichni pod kupolí mysleli. Vše byla jen projekce stran Christine. A právě Lill by jim mohla pomoci s plánem vyhodit do vzduchu tunely s kokony. Nicméně, při realizaci plánu si Big Jim neuvědomí, že v tunelech mezitím uvízli Joe s Norrie. O život tak jde i těm, kteří ještě kouzlu Christine nepodlehli. Sama zatím Christine dostává na svou stranu krevní infuzí, Norrie se snaží přivést do normálu svou mamku, a Julia zase Barbieho.

Julia s ostatními nejsou v bezpečí. Všichni se musejí stěhovat několikrát denně, aby je společenství okolo Christine nedostalo. Christine navíc trpí bolestmi, které se stupňují s tím, jak vápenatí stěna kupole. Jedinou možností je oxytocin, který produkuje lidské tělo. Eva čeká dítě s Barbiem. To se má stát budoucí královnou, a tak je třeba se o něj náležitě postarat. Julia se mezitím snaží přivést Barbieho k normálu. Když už to vypadá beznadějně, přijde na způsob, jakým lidi ze společenstva přeměnit zpět. Joe s Norrie zase střetnou v knihovně Sama. Ten ale není tím, za koho se vydává. To ale Joe s Norrie netuší, a Sama zavedou přímo do svých řad.

Barbie je zpět, a tak teď musí pomoct Julii a ostatním v boji proti Christine. Jenže není jedinou pomocí. Pod kupoli totiž zavítá i Hektor Martin coby zakladatel a ředitel Aktaionu. Ten tu hledá doktora, kterého Jim před pár dny zabil. Mimo to ale hledá i protilátku pro svého přítele a otce Lily, hackerky, která se sbližuje s Hunterem. Nakonec přece jen dospěje Hektor a Big Jim k dohodě. Joe se meiztím ocitá v moci příbuzenstva. Jejich plánem je donutit Joea k sestrojení zařízení na odvrácení vápenatění kupole a na záchranu Chester's Mill. I když je Joe plně při smyslech, chtě nechtě musí souhlasit se sestrojením přístroje, aby zachránil i sám sebe. Eva postupně nabírá sílu a zrození budoucí královny. Zprvu "nevinná" záležitost se mění ve chvíli, kdy Julia objeví masový hrob.

Joe má za úkol sestrojit zařízení, které by zastavilo kalcifikaci kupole a zároveň zachránilo všechny pod ní. Jenže Christine má ještě další plány. S Joeovou pomocí chce rozbít jediný ametyst, který mají, na sedm kusů jako klíč k otevření kupole. A tom use Joe snaží zabránit tak, že zdržuje svou práci co nejvíc. Plán překazit Christinino počínání má i parta okolo Big Jima. Tomu se podaří navíc zadržet Juniora, na kterém by mohly vyzkoušet vakcínu proti infekci, kterou je Christinina komunita nakažená. Jenže vakcína se nechová tak, jak by měla. Barbie s Julií mezitím přemýšlí, jak se zmocnit dítěte, které se má Evě každou chvíli narodit. Nakonec se ale dítě zmocní někdo úplně jiný.

Poté, co Aktaion vyzkoušel protilátku na Juniorovi, Junior je na útěku a silnější než kdy dřív. Jeho úkolem je teď informovat Christine a zajistit, aby se odboj ve složení Barbie, Julia, Jim, Hunter, Norrie a Aktaion už o nic dalšího nepokusil. Barbie s Julií mezitím hledají pupeční šňůru, která v sobě obsahuje buňky viru. Ty by se mohly stát novou složkou chystané kúry, kterou vyvíjí Dr. Bloomová. Jenže její plán na ozdravení všech se Hektorovi zas tak nezamlouvá. Má totiž dohodu s Jimem a jejich společným plánem je nakažené obyvatele Chester's Mill vyhubit, aby tak zachránili svět. Jak nakonec dohoda dopadne, to se uvidí. Lily má totiž něco, co by se mohlo Jimovi hodit, a hodlá to s ním vyměnit za další dohodu. Všechno graduje ve chvíli, kdy začne kupole vápenatět mnohem rychleji než dosud. Joe má jen pár hodin na to, aby přišel na způsob, jak vápenatění zastavit a jak dostat všechny ven.

Nová královna se ihned chopí práce a postaví se do čela komunity. Posledním úkolem před pádem kupole je zbavit se vnitřního nepřítele. Ten jediný jim brání v tom, aby byly jako celek schopen života vně kupole. Navíc, o místo alfa samce v komunitě bojují Junior se Samem, a jen jede z nich jím může být. Mezitím jsou Big Jim, Julia, Norrie, Barbie, Hunter a Lily ve vězení. Zachránit je může jen Joe. Ten má ale plné ruce práce s kupolí.

Nadchází den D, kupole padá k zemi a všichni se vydávají ven. Napřed je ale potřeba dohodnout se s armádou na tom, co se vlastně poslední čtyři týdny pod kupolí dělo. A to by nebyl Big Jim, aby z dohody něco nevytřískal. Jenže ani pádem kupole to nekončí...