Le sort de Barbie est entre les mains de Big Jim, et le dôme présente une nouvelle menace lorsqu'il devient magnétique. Pendant ce temps, Julia cherche à l'aide d'un inconnu un moyen de sauver la vie d'une jeune fille mystérieusement apparu au milieu d'un lac.

Rebecca, découvre une contamination des cultures de la ville par des œufs de papillons. Cette nouvelle épreuve du dôme pour contaminer toutes les productions de nourritures de la ville.

Le temps passe sous le dôme et les réserves diminuent grandement. Rebecca et Big Jim, mettent alors en place un recensement afin de permettre une meilleure gestion des ressources alimentaire, mais ils savent tout deux que le dômes envoi chaque jour de nouvelles épreuves tout aussi désastreuses sur leur ressources agricole. Ainsi, un orage survient apportant ainsi de l'eau bien nécessaire, mais très vite, celui-ci se transforme en une pluie sanglante et acide.

Comme les conditions à Chester's Mill s'aggravent, Big Jim et Rebecca veulent mettre en place un recours extrême de contrôle de la population via une sélection naturelle, ce qui crée un fossé entre Barbie et Julia dont les avis diverge. Pendant ce temps, des indices sur le passé de Melanie sont découvert et son lien avec le Dôme sont révélés.

Big Jim et Rebecca sont en prison. Barbie et Julia organisent une collecte de nourriture pour pouvoir la redistribuer équitablement. Sam et Junior sont à la recherche de Lyle.

Sam et Barbie se retrouvent piéges dans un tunnel. Rebecca et Julia essayent de trouver un moyen de les en sortir. Junior, persuadé que Lyle veut tuer les quatre mains [Quoi ?], va prévenir les autres et ils se mettent tous ensembles à la recherche de l’œuf avec l'aide de Mélanie. L'air devient irrespirable à Chester's Mill et Big Jim demande aux habitants de l'aider à construire un moulin à vent pour purifier l'air.

Barbie se rend de nouveau à la falaise du tunnel pour essayer de trouver le corps de Sam et le remonter mais tout ne se passe pas comme prévu...

Sam retrouve Pauline et Lyle à l'hôpital psychiatrique. Barbie essaye de trouver un moyen de contacter Julia. Des actes de vandalisme sont perpétrés dans la ville et Big Jim tente de trouver qui lui en veut avec l'aide de Junior et Rebecca.

Sam, Pauline, Barbie sont de retour sous le dôme. Ils tentent de convaincre Mélanie d'accepter d'utiliser l'œuf comme monnaie d'échange pour faire sortir tous les habitants.

À cause de Big Jim, le passage entre Chester's Mill et Zenith est maintenant fermé. La température à l'intérieur du dôme commence à chuter dangereusement alors que les réserves en essence sont très faibles. L'état de santé de Mélanie se dégrade de plus en plus...

L'état de santé de Mélanie continue à empirer et les parois du dôme se rétractent... Big Jim aide Pauline à avoir une autre vision pour sauver Mélanie et le village.

Suite à la guérison de Mélanie, un nouveau tunnel est apparu et il pourrait bien être un moyen de sortir du Dôme.