Na scéně se objevuje hned několik nových postav. Sam Verdreaux, Juniorův strýc a Jimův švagr, Rebecca Pine, učitelka fyziky na místní střední škole, a neznámá dívka, kterou Julia vyloví z jezera.

I když je Barbie obviněn z několika vražd a stojí za to na šibenici, k jeho pověšení nedojde. Kupole má s městem jiné plány. Díky Juliině intervenci na jezeře začne totiž kupole vysílat silné elektromagnetické impulzy, kterými uvede obyvatele do bezvědomí. Jen pár z nich je natolik silných, aby impulzům odolali. A právě na nich je, aby našli řešení. Mezi těmi, kteří udolali je např. Rebecca, Barbie a Jim Rennie. Všichni tři ale mají odlišné představy, jak impulzům zabránit. Ať už pomocí magnetu nebo sebeobětování. V té samé chvíli se Julii podaří vylovit z jezera již zmíněnou neznámou dívku, kterou ve městě nikdo předtím neviděl. Jen Sam Verdreaux má podezření, že její tvář už spatřil.

Po městě se rozkřikne vražda Angie. Obyvatelé propadají panice a začínají se bát o své vlastní životy. Jenže pravá pohroma teprve přijde. Je jí housenková infekce, která začíná likvidovat plodiny a obyvatelům Chester's Mill tak hrozí záhuba. S tímto šokujícím odhalením přijde Rebecca, která zároveň vymyslí i plán, jak by se tomu dalo zabránit. Plán ale vyžaduje letadlo, a kdo jiný by s tím mohl umět, než Barbie. Ovšem vzlétnout pod kupolí je riskantní až moc.

Na Jima Rennieho čeká, podle něj, další zkouška, kterou kupole testuje jeho odhodlání a schopnost být vůdcem uvězněného města. Tentokrát se jedná o rudý štiplavý déšť, jenž se snese na Chester's Mill. Podle některých se jedná o zásah vyšší moci, podle ostatních o příčinu neekologického chování pod kupolí. Je otázkou, který názor převládne, a komu se tak podaří najít východisko z této krizové situace. Aby toho nebylo málo, manipulativní Rebecca a Jim střádají plány na redukci obyvatelstva. Joe, Norrie, Junior a neznámá dívka mezitím dál řeší vraždu Angie. Při svém pátrání však narazí na něco, co by nikdo z nich pod kupolí nečekal. Na funkční internetové připojení. Obzvláště pro Juniora bude jeho internetová pošta plná překvapení.

Plán Rebeccy a Jima na redukci obyvatelstva dostává konkrétní rozměry. Jenže Julia a Sam jim v tom hodlají zabránit. Vědí, že něco takového by mohlo celou situaci naopak ještě zhoršit. Barbie, Joe a Norrie se mezitím starají o Melanie, která si stále nic nepamatuje. Snaží se jí pomoct a dostat z ní nějaké informace. Stejně tak se snaží informace získat i Junior, který konfrontuje Lyla ohledně své matky.

I když plán Rebbecy a Jima na redukci obyvatelstva pomocí viru chřipky nevyšel, je potřeba se touto otázkou vážně zabývat. Julia proto uspořádá dobrovolnou sbírku potravin. Jenže ne všichni s ní souhlasí. Když proto dojde při sbírce k výbuchu, je jasné, že město je rozděleno na dvě části. Na tu, která s jejími postupy souhlasí, a na tu, která stojí za Jimem a je proti ní. Jediným řešením je tak pro Julii usmířit se s Jimem. Joe, Norrie, Melanie a Junior mezitím pokračují v hledání odpovědí na to, kdo zabil Angie. Vodítkem by jim měl být deník Juniorovi matky, ale dostat se k němu nebude kvůli intervenci Sama a Lyla jednoduché.

Sam s Barbiem a Juniorem se vydají na průzkum tajemného tunelu v Melaniině skříňce. Jenže otřes jim zkříží cestu. Je potřeba se vrátit, jenže nejde to. Na pomoc Barbiemu přispěchá až Julia, která jeho záchranu upřednostní před blížící se písečnou bouří. Na tu zůstane jako jediný Big Jim. Ale na jednoho je toho málo. On sám to však bere jako poselství. Jako úkol, kterým musí projít, aby přesvědčil kupoli, že je vyvoleným stát se vůdcem.

Smrt Sama je pro Barbieho s Julií velkou záhadou. Rozhodnou se proto spolu s Rebeccou prozkoumat dno útesu. Barbie se rozhodne slanit dolů. Jenže průzkum se brzy zvrtne v boj o záchranu života všech tří zúčastněných. Aby Barbie zachránil Julii s Rebeccou, rozhodne se obětovat. K jeho údivu ale nezemře, nýbrž nalezne cestu zpět do Zenithu, do svého rodného města, kde nejen, že na něj budou čekat ti, kvůli kterým se dostal pod kupoli, ale někde by se tu mohli pohybovat i Sam, Lyle a Pauline. V Chester's Mill se mezitím rozšíří zvěsti o Barbieho smrti, což nahrává přímo Big Jimovi. Ale ani Melanie s Joem, Norrie a Juniorem nezůstanou stranou. Brzy jim totiž dojde, kam by propast mohla vést a co by pro Chester's Mill mohla znamenat.

Barbie chce předat zprávu Julii o tom, že je naživu, a že tunelem se dá dostat ven z Chester's Mill. Jenže jak? Chtě nechtě se musí vydat pro pomoc za svým otcem, Donem. Po cestě ho však někdo sleduje. Někdo, kdo by mohl být nápomocen. Jak se ukáže, Don o kupoli ví a hodlá ji využít pro soukromé účely. Barbiemu proto háže klacky pod nohy, aby se s kupolí nemohl spojit. V Chester's mill mezitím úřaduje Big Jim. Poté, co sám sebe jmenuje šerifem, začne prosazovat tvrdou politiku, ve které ho již nikdo neomezuje.

Poté, co vojáci hlídající kupoli zajali Dala Barbaru, vyslýchají ho ve snaze získat informace o cestě dovnitř a hlavně o vejci jakožto neomezeném zdroji energie. Ten by se mohl mimo kupoli náležitě zpeněžit, z čehož by nejvíce profitoval Dalův otec. Jenže s Barbiem to tak jednoduché nebude. Stačí jedna chyba a Barbie je veku. Když se navíc střetne i s ostatními, kterým se s Chester's Mill podařilo utéct a s Pauline, musí všichni spojit síly dohromady, aby se dostali zpět dovnitř. Jediný Barbie ví, kde jsou ony tajemné dveře, která tam vedou. V Chester's Mill mezitím houstne atmosféra. Big Jim se chce dostat k vejci, protože ho hodlá vyměnit za svou a Juniorovu svobodu, a Julie naopak hodlá vejce vydat ven, aby zajistila svobodu Barbiemu. Ani tady tedy vejce není v bezpečí.

V Chester's Mill se vše připravuje k odchodu. Barbie s Julií připravují všechny na cestu tunelem a na transport do Zenithu. Julia navrhuje, aby pro bezpečí ostatních ona byla tou první, která tunelem projde. Jenže Big Jim má jiné plány. On by měl být tím prvním, který projde tunelem, protože má tajnou úmluvu s Donem ohledně vejce. Navíc, Barbie zjišťuje, že má s Melanie víc společného, než prvotně čekal. Jak se totiž ukáže, Melanie je Donovou dcerou, což by znamenalo, že jsou s Barbiem sourozenci. A aby toho pořád nebylo málo, ukáže se, že cokoliv zlého se stane vejci, má negativní dopady na Juniorovu matku. Musí se s ním proto nakládat velice opatrně.

Melaniin stav se prudce zhoršuje. Nikdo neví, kde je vejce a neví, jak jinak Melanii pomoci. Jenže ona může být klíčem k tomu, jak se zpod kupole dostat. Navíc, obyvatelé se začínají obávat rozdrcení, když se kupole začala před pár dny smršťovat. Je proto nutné urychleně jednat a vymyslet plán, než bude pozdě.

Poté, co Lyle bodl Pauline, začíná se boj o záchranu jejího života. Ovšem bez rychlé operace to nepůjde. Na to ale v Chester's Mill nejsou zařízení. Když navíc začne mít Pauline bolesti, začíná být jasné, že jde do tuhého. Jedinou nadějí je pro Pauline vysvobození v podobě extra dávky morfia od Rebeccy. Do toho se začíná bortit kupole a jedinou cestou ven se zdá být nově vytvořený kráter. Po jeho průzkumu zjistí Joe s Norrie, že by tudy skutečně mohla vést cesta ven. Je tedy potřeba shromáždit obyvatele a vydat se na cestu. Ovšem kopule má trochu jiné plány. Při přesunu obyvatel se vyskytnou komplikace v podobě řádícího Jima posedlého odplatou a v podobě zemětřesení. Vinou toho všeho se ne všichni dostanou ven.