Timmy è arrabbiato, in quanto i suoi genitori sono inflessibili; per cui per reazione desidera fare il contrario di quello che loro gli ordinano. Il risultato è che, all'ordine di suo padre di fare il bravo, Timmy diventa malvagio e si appresta a distruggere la fabbrica di cosmetici di Dimmsdale: i suoi genitori, Cosmo e Wanda devono fermarlo.

Timmy, per poter andare sulle montagne russe del Luna Park, desidera avere l'aspetto di un sedicenne, come l'età di Vicky. Sfortunatamente finisce nel vagoncino insieme a Vicky che, credendolo un modello norvegese, si innamora di lui, costringendolo a fuggire.

Cosmo e Wanda sono stati invitati a una festa degli ex alunni del liceo. Cosmo, per far colpo su di essi, millanta di essere fantamiliardario. Così si presenta alla festa affermando di essere l'inventore di Magic, un programma di magia, spacciando Wanda per la sua segretaria, Timmy per il suo maggiordomo e una Britney ipnotizzata per sua moglie. I problemi vengono tutti a galla quando Juandissimo il Magnifico giunge alla festa. Nel frattempo la festa diventa un incubo per Timmy, che ha bevuto troppa limonata e deve urgentemente andare in bagno.

Timmy, stufo di essere un rammollito, desidera essere il ragazzo più forte della spiaggia per far colpo su Trixie, per cui, ogni volta che qualcuno più forte di lui arriva sulla spiaggia, diventa più muscoloso e più grande. Alla fine viene scambiato per il mostro delle alghe e, per ritornare com'era, dovrà trovare le bacchette perdute di Cosmo e Wanda.

Timmy non mangia dolciumi da molto tempo, per cui desidera che gli unici alimenti esistenti siano i dolci. I primi giorni tutti sono contenti e pieni di energia, ma dopo 28 giorni sono tutti ingrassati a tal punto che la Terra inizia a rotolare verso il Sole.

Dopo aver scoperto l'esistenza delle bamboline fai-tu, bamboline che hanno le sembianze di persone reali e possono controllare a distanza le persone a cui assomigliano, Timmy desidera averne alcune. Tutto sembra andare bene finché la bambolina fai-tu di Timmy rischia di essere tagliata da un taglia-rami elettrico, fortunatamente Timmy riesce a recuperarla in tempo.

Catman è molto triste in quanto nessuno in città lo vuole. Così Timmy lo porta nel mondo dei fumetti e gli fa assumere le sembianze di Crimson Mentone. Ma ben presto Catman si monta la testa e Timmy deve fermarlo insieme al vero Crimson Mentone.

Crocker riceve in regalo da zio Albert la lampada di Norm il genio, scoprendo che anche Norm odia Timmy. All'inizio sembrano amici, ma alla fine Norm sarà costretto a fuggire proprio da Timmy, perché i piani inutili di Crocker lo stanno facendo impazzire.

Durante una festa, i genitori di Timmy ingaggiano un prestigiatore scarso: il signor Pickles. Timmy, con l'aiuto di Cosmo e Wanda, desidera pertanto diventare un prestigiatore bravissimo, ma inizia a credere di essere anche un supereroe. Nel frattempo, il signor Pickles vuole vendicarsi di Timmy e si appresta a far scomparire Dimmsdale; il bambino, per fermarlo, è costretto a rinunciare ai poteri magici.

Cosmo, Wanda e Timmy sono stati invitati a una caccia al tesoro indetta da Cupido, in cui il vincitore avrà diritto a 30 secondi di desideri senza vincoli. Purtroppo alla gara partecipa anche Remy Buxaplenty, che riferisce a Timmy che, se vincerà, userà i desideri per liberarsi di Cosmo e Wanda. A complicare le cose, Cosmo e Juandissimo ingaggiano una scommessa, in cui il fantagenitore del vincitore della gara avrà come "premio" Wanda.

Wanda viene sempre sgridata da Jorgen perché Timmy esprime sempre desideri pericolosi. Più tardi, Wanda accende la televisione e vede sua sorella gemella Blonda. Wanda la invidia, in quando presume che, lavorando a Fairywood (evidente riferimento a Hollywood), lei possa avere una vita più facile. Quando Wanda va a trovare Blonda, si scambiano i corpi per vedere quale delle due ha la vita più dura. Ben presto si accorgeranno che entrambe hanno la vita dura.

Timmy desidera che Mark Chang abbia un'autentica festa di F.L.A.R.G.; la festa si svolge in cinque giorni e ogni lettera corrisponde a un diverso modo di festeggiare. Nei primi quattro giorni accadano guai, senza comunque nulla di letale; all'ultimo giorno, il giorno G, il cui significato è Good-bye, Mark sta per distruggere la Terra: Timmy deve fermarlo.

Timmy, dispiaciuto perché Catman ha avuto un'infanzia triste, desidera che il supereroe ritorni bambino. I problemi sorgono quando l'ispettore scolastico, il signor Shallowgrave, vede Timmy e il piccolo Catman marinare la scuola e si lancia al loro inseguimento.

Timmy si sente in colpa per non aver partecipato al compleanno di Tootie, che è stato interamente rovinato da Vicky. Esprime quindi il desiderio che Cosmo e Wanda diventino temporaneamente i fantagenitori di Tootie, la quale desidera una festa con partecipanti tutti gli abitanti di Dimmsdale. Timmy dovrà evitare che Tootie riveli a Crocker e a tutta Dimmsdale l'esistenza dei fantagenitori.

Sentendosi disprezzato, Timmy desidera non essere mai nato. Jorgen Von Strangle lo vuole pertanto portare nella dimensione di quelli che desiderano non essere mai nati. Timmy allora chiede una proroga: se riuscirà a trovare qualcuno che senza di lui è più triste riavrà la sua vita, altrimenti seguirà Jorgen senza discutere. Tutti a Dimmsdale sono più felici senza Timmy, il quale rischia di dover seguire Jorgen. Alla fine, Jorgen dice a Timmy che era solo una prova e gli concede di esprimere un desiderio, con il quale riporta tutto come prima

Chester, A.J., Sanjay, Elmer e i genitori di Timmy vengono rapiti dai desideri negati di quest'ultimo (Gary, Dark Laser, Zucchinator, La sfinge, Super Bici e Super Water) su un'isola del Triangolo delle bermuda. Timmy dovrà salvarli e, facendo leva sull'unico punto in comune che hanno i desideri negati, salverà anche se stesso.

Cosmo ha problemi con la sua fantastighiandola, uno speciale organo magico che permette alle fate di cambiare aspetto. Purtroppo esiste un solo rimedio a questa malattia: un trapianto. L'unica soluzione è, quindi, trovare Anti-Cosmo.

Cosmo e Wanda proibiscono a Timmy di entrare nel loro castello. Timmy disubbidisce e, utilizzando il transformer riduttore, si introduce nella casa dei Fantagenitori. Visitando il castello trova la Sala della fama; è arrabbiato, perché fra tutti i ritratti non c'è il suo. Timmy decide di impugnare la bacchetta magica di Cosmo per far uscire delle persone dai quadri e chiedere perché si sono meritati quel luogo. Sfortunatamente sbaglia sala ed entra nella Sala dell'infamia. Così, facendo uscire dai quadri tre cattivi ragazzi, si rende indirettamente responsabile delle cattiverie compiute dalla più malvagia di loro, Mary Ann, dedita ad aver causato la Prima guerra mondiale, la quale vuole vendicarsi nei confronti di Cosmo e Wanda per essere prigioniera in un quadro.

Remy Buxaplenty è tornato e diventa, per vendetta, il miglior amico di Timmy. Alla fine, proprio perché Timmy ha una vita fin troppo fortunata, rischia di perdere Cosmo e Wanda, perché non pensa più a loro, e Remy confessa che lo ha fatto per vendetta.

Timmy chiama Big Daddy, il padre di Wanda, per risolvere un problema di rifiuti magici creati da Cosmo. Purtroppo Big Daddy è molto autoritario e si offende per i modi con cui Timmy lo approccia, quindi, insieme a Wanda, è sul punto di andarsene.

Timmy scopre di essere la star principale del Fantamondo: è stato sempre ripreso da telecamere nascoste. A questo punto Simon Sparklefield, il direttore dello show, gli propone alcuni cambiamenti nel suo tenore di vita. Ma diventano così marcati che Timmy sarà costretto a rinunciare alla sua fama per non perdere Cosmo e Wanda.

La madre di Timmy si lamenta perché non riesce più a vendere tante case come una volta. Timmy cerca di aiutarla facendole ritornare il suo "tocco magico" nel venderle, ma il bambino esagera nella magia, per cui sua madre finisce con vendere tutte le case di Dimmsdale, compresa la sua. Timmy e i suoi genitori decidono quindi di traslocare in una casa appartenente a una comunità gestita da Doug Dimmadome. In quel luogo tutti gli abitanti, bevendo il latte delle fattorie Dimmadome, entrano in una sorta di trance e cercano di far bere il latte anche a Timmy, ma lui rifiuta. Il bambino scopre poi che sotto tutto ciò c'è un piano diabolico di Doug Dimmadome, che verrà sventato dallo stesso Timmy.

Il padre di Wanda, Big Daddy, viene rapito. A questo punto Wanda deve continuare a gestire l'azienda del padre. Intanto Timmy e Cosmo cercano di capire chi è stato a rapirlo e dov'è stato nascosto. Gli indizi li portano a casa di mamma Cosma.

Timmy si rende conto che sarebbe bello avere un fratello maggiore: ne desidera uno perfetto e lo chiama Tommy. Tutto va bene finché Tommy non decide di portarlo in Tibecuador, un Paese immaginario, a svolgere lavori massacranti. A peggiorare le cose, Timmy deve riconquistare Tootie, visto che quest'ultima si è innamorata di Tommy.

A Mark Chang si guasta la cintura magica che gli permette di trasformarsi in qualsiasi cosa, e Mandie, sua promessa sposa, ritorna per portarselo via. Timmy, caduto nel panico, desidera che la sua scuola diventi un libro di attività per bambini di tre anni. Ma le cose peggiorano quando Mandie trova Timmy e vuole ucciderlo e le bacchette di Cosmo e Wanda sono andate perse.

Timmy desidera che suo padre diventi intelligente, ma lo diventa così tanto che comincia a sospettare di Cosmo e Wanda nel momento in cui li sente parlare. Il signor Turner decide di portarli ad una conferenza di scienziati per mostrare le loro corde vocali: Timmy è costretto a fermarlo.

Timmy, Chester e A.J. tornano a scuola dopo le vacanze e incontrano Remy Buxaplenty, il quale racconta di un posto chiamato F.U.N. dove ci diverte soltanto. Allora Timmy e i suoi amici si trasferiscono lì, ma scoprono che in realtà quel posto è un'accademia militare. Timmy Chester e A.J. devono darsi da fare per andarsene.

Timmy desidera avere dei poteri acquatici per poter nuotare e respirare sott'acqua. Così con Cosmo e Wanda si dirige ad Atlantide, dove Cosmo è conosciuto per essere colui che ha sprofondato l'isola (come rivelato negli episodi Questo è il tuo desiderio e Attacco al Fantamondo).

Cosmo e Wanda vanno a visitare mamma Cosma che sta male. Intanto Timmy desidera avere un congegno che scambia i corpi delle persone; inizialmente lo usa per passare una verifica, ma poi ne approfitta e finisce per combinare guai.

Per una sera, il nonno paterno di Timmy fa da babysitter a Timmy. Per legare con lui cerca di trovare qualcosa che piace ad entrambi, ma questo si rivela difficile. Ad un certo punto si scopre che al nonno piacciono tantissimo i cartoni animati, così Timmy esprime il desiderio di entrare in un cartone animato degli anni trenta.

Il signor Turner trova un vecchio fumetto su un bambino che abita nel futuro e lo regala a Timmy, che appena lo vede ne rimane incantato. Senza neanche leggerlo, Timmy desidera andare nel futuro, dove tutto è più tecnologico e i robot si prendono cura degli umani. Ma poi si accorge che il fumetto diceva anche che i robot conquisteranno il mondo, e così accade: toccherà a Timmy salvare la Terra dai robot.

Binky sta male, così Jorgen lo va a trovare e gli racconta una storia in cui Timmy il barbaro, Sgradercole e Cosmobius vanno alla ricerca del calice di mom e, per averlo, devono battere i cattivi Francios il troll, Vickuies l'aquila arpia e lo stregone Karaptus. Timmy dà il calice alla madre, che però non è molto felice, ma in fin dei conti Timmy lo ha preso ed è felice e Binky dorme.

Crocker si fa male al lavoro e come supplente viene la maestra Sunshine, molto dolce e gentile che regala stelline dorate a tutti i suoi alunni. A fine giornata, Timmy desidera che lei diventi la nuova maestra, ma si rivela essere una cacciatrice di fate chiamata Miss Doombringer.