קמרון מיטשל מגיע למפקדת הסטארגייט כחבר החדש בצוות ס"ג-1 ומגלה שהצוות התפרק. כשוואלה מגיעה לכדה"א עם רמזים לשרידים של הקדמונים, מיטשל מחליט שהדבר יסייע לאחד את הצוות.

ואלה ודניאל ג'קסון מועברים אל גופם של שני אנשים בגלקסיה רחוקה, שנמצאת על כוכב המאוכלס ע"י אנשים הסוגדים ליישות מוזרה.

צוות הסטארגייט נתקל בקבוצת מיסיונרים של "אלים" הידועים בכינוי אוריי, שאינם סובלים שום סוג של חסרי אמונה.

חברי ה-ס"ג-1 ו-ואלה נוסעים לכוכב שבו עדיין סוגדים לה, וכדי להוכיח לעם שהאורי אינם באמת אלים, הוא מגלה להם את האמת אודותיה. היא נאלצת לעמוד למשפט וייתכן אף שתוצא להורג.

קבוצת ג'אפה שמחליטה לא להיכנע לאוריי נתונה בסכנה. כוחות הג'אפה והפיקוד חלוקים בדעותיהם ביחס לאופן ההתמודדות עם האיום החדש. נרוס מציע לשתף פעולה עם הפיקוד במלחמה נגד האוריי.

גילויו של ג'אפה מת בכדור הארץ חושף מזימה של שרידי הנאמנות, שמסתבר כי עודנה חיה וקיימת ונתונה לשליטתו של בעל, שאף הוא עודנו חי. מכאן ואילך העניינים מסתבכים.

הצוות נתקל בסודאן - קבוצת ג'אפה שעל-פי האגדות מעולם לא היו משועבדים לגאולד ונאלץ להתעמת. מיטצ'ל נדרש להילחם בדו-קרב כדי לכפר על הרג אחד מהג'אפה, ואינו יודע שאותו ג'אפה לא נהרג.

תקלה במערכת השערים גורמת לצוות לצאת ולברר את מקור התקלה ומוצא אדם שקוע בתרדמת. כאשר מעירים אותו מתגלה שהוא צאצא גנטי של אנוביס, שמתקרב לשלב ההתעלות וכוונותיו זדוניות באותה מידה.

כשקצין ס"ג שנדבק בוירוס חוזר לכדור הארץ, ארה"ב נדבקת בוירוס תוך זמן קצר. אורלין, שלא מעוניין ש-"שביל החלב" יפול לידי האוריי, חוזר להיות אדם רגיל על מנת לעזור לקרטר למצוא תרופה.

קרטר ואורלין מחפשים בקדחתנות תרופה למגיפה, טיאלק וברייטק מנסים למנוע את כניעת הג'אפה לאוריי, שהפכו את ראש המועצה לכוהן. מיטצ'ל וג'קסון נערכים בעזרת הסודאן לניסוי הנשק החדש שאמור לבלום את כוחותיהם של הכוהנים.

הפיקוד מקבל הצעה שאי אפשר לסרב לה - מתקן להשתלת זיכרון שמקצר במידה ניכרת את תהליכי הלימוד ומיטשל מוצא את עצמו מואשם ברצח. כדי להוכיח את חפותו עליו להתמודד עם זיכרון קשה מעברו.

בגלל תקלה במערכת השערים, צוותי ס"ג-1 מכל היקומים המקבילים נוהרים לפיקוד. גנרל לנדרי ואנשיו צריכים למצוא פתרון לתקלה, להחזיר כל צוות ליקום שלו ולהתמודד עם צוות בעל תוכנית נסתרת.

אחת מחברות מועצת הג'אפה משנה פתאום את הצבעתה בהכרעה - האם אומת הג'אפה צריכה לקבל על עצמה את דת האוריי, והיא לא היחידה. מי השפיע על חברי המועצה לשנות את הצעתם?

נציג של כוכב לכת בא לבקש את עזרת הצוות בבלימת ניסיון השתלטות נוסף של האוריי. דניאל מציע פיתרון דיפלומטי שאינו מתקבל, מפני שהצדדים אינם מסוגלים להגיע להסכמה ביניהם.

הצוות יוצא להתחקות אחר מקורו של זן תירס שממכר מאוד. מיטשל נכשל בנסיונו להתחזות לסוחר סמים ולקנות יבול של הצמח המסוכן והצוות נופל בשבי מגדלי הצמח.

הצוות נשלח ללוות משלחת של הוועדה הבינלאומית לסיור באחד הבסיסים. זן חרקים קטלני במיוחד פושט על הבסיס ומאיים להשמיד את כל הנקרה בדרכו. הצוות צריך להתמודד עם התפשטות החרקים.

קרטר מצליחה להפעיל את אחד מהמתקנים שמצאו ומוצאת את עצמם לכודה עם מיטשל בפאזה אחרת. בינתיים מגיעה קריאה בהולה לעזרה מצד הסודאן, שנפלו קורבן להתקפה של הכוהנים.

ואלה מאל דוראן, הגנבת הבין גלאקטית וגיבורת המלחמה נגד האוריי, שנחשבה לנעדרת, מצליחה ליצור קשר עם הפיקוד דרך גופו של דניאל. היא מזהירה מפני מתקפה גדולה של האוריי.

פרק אחרון לעונה. נמצא שער-העל של האוריי ואנשי הצוות ובעלי בריתם יוצאים לנסות להשמידו. דניאל ומיטשל מנסים לחפש את הנשק שפיתח מרלין. הקרב המכריע על עתיד הגלקסיה מתחיל שוב.