Cameron Mitchell krijgt de leiding, maar het blijkt dat hij een heel nieuw team moet formeren. Met Vala Mal Doran, Daniel Jackson en Teal'c ontdekt hij een Arthuriaanse tombe.

SG-1 maakt kennis met de Ori en hun Priors met de Doci aan het hoofd.

SG-1 gaat op een scavenger hunt om de band tussen Vala en Daniel, die door middel van Goa'uld-technologie aan elkaar gekoppeld zijn, te verbreken.

Een Prior heeft de dorpelingen op een planeet, waar Vala Mal Doran eens de gastheer was van de Goa'uld Qetesh, bekeerd tot Origin.

De Ori proberen een gigantische Stargate te construeren boven een planeet, die ze in een zwart gat willen veranderen om de benodigde energie te leveren. Vala Mal Doran voorkomt dit, maar als ze terug-ringt wordt de materiestroom afgebogen, volgens Samantha Carter mogelijk naar het stelsel van de Ori.

Ba'al blijkt op aarde aanwezig te zijn in diverse incarnaties. Hij heeft de leiding over een grote corporatie en toegang tot genetische replicatietechnologie.

Mitchell ontmoet de Verborgen Jaffa, de Sodan, en moet een gevecht op leven en dood leveren met de broer van een Jaffa die gedood zou zijn.

Een genetisch gereconstrueerde incarnatie van Anubis wordt meegenomen naar de Aarde, waar zijn telekinetische krachten voor problemen zorgen, maar ook een cruciale stap in de richting het bestrijden van de krachten van de Priors vormt.

Garak is tot Origin bekeerd en tot Prior gemaakt. Een ex-Ancient komt een handje helpen in de strijd tegen de Ori.

Een Prior wordt gevangengenomen. Gerak geneest de Priorpest die op aarde heerst.

Kolonel Mitchell wordt onterecht verdacht van de moord op een mooie jonge buitenaardse wetenschapster, die een geheugenimplantatie-apparaat heeft ontwikkeld.

Slechte evenbeelden van de leden van SG-1 hebben een doorgang geforceerd vanuit een parallel universum, waardoor Stargate Command wordt overspoeld door SG-1's.

Baal hersenspoelt de leden van de Hoge Raad van de Jaffa en kidnapt Teal'c. Diverse SG-teams en Bra'tac infiltreren Baals vesting en redden Teal'c. De Jaffa Raad kiest voor democratie.

SGC krijgt een oproep van de mensen van Telgalus. De vijanden op de planeet hebben een Ori satelliet. SG1 gaat erheen met de Prometheus, maar helaas, de Prometheus wordt opgeblazen.

SG-1 wordt gevangen genomen na een mislukte deal met de Lucian alliantie, waarbij de planeet's Stargate verdwijnt. Een voormalig System Lord probeert zijn rijk weer op te bouwen.

Een groep internationale regeringsvertegenwoordigers gaat op excursie door de Stargate.

Door een van Merlijns apparaten raken Samantha, Cameron en later ook Daniel uit fase met de normale wereld. Daniel leert dat Merlijn een wapen heeft uitgevonden om ascended beings uit te roeien.

Vala probeert de aarde te waarschuwen voor een mogelijke laatste dag voor de aarde. Ze is in contact gekomen met een paar 'Unbelievers' op de planeet waar zij eerder levend werd verbrand. Ze contacteert de aarde via het apparaat waarmee ze over lange afstand kunnen communiceren in iemand anders zijn/haar lichaam, maar Vala wordt ontdekt.

De leden van SG-1 vinden een mogelijk complete Supergate. Vrije Jaffa hebben deze ontdekt en vragen iedereen om te komen helpen deze supergate te vernietigen, wat mislukt: De armada van de Ori komt de Melkweg binnen.