オニール将軍が去り、新司令官にハンク・ランドリーが着任したSGC。そんな中、南極大空戦で英雄パイロットとなったキャメロン・ミッチェルは、思いもかけずSG-1の新リーダーに任命されるのだが…。

何とか宝にたどり着いたミッチェルらは、その宝の山の中から、スターゲイトにまつわる内容が記されている1冊の古い本とある装置を発見する。その装置が伝達装置ではないかと考えたダニエルは、ある実験を試みる。

オーライに仕えるプライア（伝道師）に導かれ、神々の都に出向いたダニエルとヴァーラは、彼らがオーライへの絶対服従を説く教義を広めようとしていることを知る。そして、ある星ではすでに別のプライアが布教活動を始めていた…。

ブレスレットが外れ、ヴァーラを見送ったダニエル。だが、ホッとしたのも束の間、また気絶してしまう。そして目覚めると、隣のベッドにはヴァーラの姿が…。その頃、ランドリーはSGCの逼迫した状勢に気を揉んでいたが、国際委員会はアトランティス・プロジェクトの全面支援を決定する。

ヴァーラと共に、オーライの伝道師プライアが出現した星へ向かったミッチェル達。何やらヴァーラはその星に詳しいのだという。やがて、その星に到着した一行は、住民達がヴァーラにひれ伏す姿を見て目を疑う…。

オーライの伝道師プライアが、カラナという星でスターゲイトを中心に巨大なフォースフィールドを張り巡らせていた。ランドリーは、フォースフィールドを破壊し、オーライによる銀河征服を阻止するためSG-1を派遣。そして、強力な助っ人としてカーターを呼び寄せる。

ゲラクの部下と思われるジャファの死体が見つかり、それが単なるひき逃げ事故ではないとみてSG-1が調査に当たる。現場近くには、ある企業の閉鎖された工場があり、ここの幹部がひき逃げ事件の前日から行方不明になっていた。カーター達は2つの事件の関連性を調査し、ティルクは直接あのゲラクを問いただす！

5000年前にゴアウルドの支配から逃れ独立して生きてきた一族「ソダン」の隠れ里で、彼らの襲撃に遭ったSG-1。応戦の末ミッチェルが重傷を負い、捕虜として連れ去られてしまう。SG-1は、ミッチェルの行方を捜しながらも、襲撃で負傷した一人のソダンを地球へ連れ戻り、尋問を試みる。

SG-1は、重力の乱れを起こしていると思われる惑星を調査中、その星の地下に科学ラボを発見。そこには進化した宿主を作ろうとしたゴアウルド、ミルティのDNA操作装置らしきものがあり、冬眠用のポッドに入っている男がいた。彼は、意識を取り戻し、ある男にさらわれ実験台にされていたと明かす。

潜入活動から帰還したSG-6のメンバーが高熱や呼吸困難で倒れる。それは、プライアが砂漠の星で住民達を罹患させたウィルスと同じ症状だった。SGCが対策を練る中、ウィルスは猛烈な速度でアメリカ全土に広がっていく…。一方、起源の書に感銘したゲラクは、評議会でオーライへの帰依を説き始める。

ついに国外の感染者も報告され、ウィルスが地球全土に広がるのは時間の問題だった。ワクチン開発を試みることにしたSG-1は、ウィルス源であるプライア捕獲作戦への協力をソダンに求める。その頃、オーライ崇拝を訴えるゲラクとそれを阻止しようとするティルクらの対立が激化していた。

友好関係の締結を打診してきたガラール星で、記憶移植装置の開発チームのパーティに参加していたミッチェルが、その翌日、殺人容疑で逮捕される。カーターらは、その犯行を疑問視するものの、ミッチェルには事件当時の生々しい記憶が残っていた…。彼に一体何が起こったのか！？

星の偵察に出かけたSG-1が予定より早く帰還。偵察の報告を受けたランドリーは、その内容から彼らの様子がおかしいと感じる。そんな中、新たなワームホールが接続。帰還予定通りに、もう一組のSG-1が帰ってくる！

テガラス星のケインが、突然やって来る。今、彼が議員を務めるランド保護国では、大統領がオーライに傾倒、プライアの協力で衛星兵器を作り、対立しているカレドニアを全面降伏させようとしていた。ダニエルは、オーライに疑問を持つケインの訴えを聞き、彼とともにランド保護国へ向かうのだが…。

SG-1は、麻薬中毒に似た症状を起こす植物の原産地へ向かい、密売組織に接触するが呆気なく正体がバレてしまう。組織の銃撃に応戦する中、突然ゲイトが消えミッチェルらは囚われの身に。麻薬組織は、SG-1がゲイトを盗んだと思い込んでいるようだが、ミッチェルたちにもその理由はわからなかった…。

国際監視委員会の代表団を案内するという、異例の任務についたSG-1。様々な分野の研究が行われているガンマ基地に到着した一行は、そこでプライアの出現した場所でしか見つかっていないという奇妙な虫の存在を知る。

グラストンベリーで発見された装置が突然反応し、一瞬閃光に包まれたカーターとミッチェルは、その直後SGCの面々に自分たちの姿が見えていないことに気づく。彼らは、別次元に飛ばされてしまったのだ!その頃、予定外のワームホールが接続。直後にアイリスに何かが激突し、ティルクらが調査に乗り出す。

ヴァーラがエンシャントの伝達装置を使い、ダニエルの意識に入り込んできた。彼女は今、オーライの銀河にある星の小さな村に住んでおり、なんと身に覚えのない妊娠をしているという。さらに、オーライに関する重大な情報を握っていた…。

マーリンの対オーライ兵器を捜すため出動したSG-1は、キャメロットという村に到着。村の歴史家によると、この村はアーサー王の故郷で、さらにマーリンの書庫があるという。SG-1はその書庫で膨大な古文書とコントロール装置を発見するのだが…。