Új tag érkezik a CSK1-hez, Cameron Mitchell alezredes személyében. Csakhamar azonban O'Neill utódjától, Landry tábornoktól kell szembesülnie azzal a ténnyel, hogy a csapat szinte feloszlott. Carteren és Daniel-en kívül Teal'c is elhagyta a programot és visszatért az övéihez.

Avalon minden próbáját kiállva Mitchell csapata kincsre és egy még értékesebb, Ős kommunikációs szerkezetre bukkan. Annak reményében, hogy ősökre bukkanhatnak, Vala és Daniel vállalkozik a kommunikációra, mely során tudatuk egy másik galaxisban élő két ember testében landol. Az új világ egy titokzatos, új vallás bűvöletében él...

Amikor Daniel és Vala tudata egy másik galaxisba vándorol, találkoznak az ott élő, ámde igen különös fajjal. Az Orik egy kegyetlen vallás követői, akik magukat istennek tekintve a zéró tolerancia elvét követik, vagyis megvetik mindazokat, akik más vallásban hisznek.

Daniel és Mitchell bolygóközi vadászatra indulnak. Daniel azonban rájön, hogy őt és Valát összekötötte egy idegen energiamező. A Jaffák ugyanis lokalizálni akarják őket, hogy visszaszerezzék a korábban Vala által ellopott és az ő tulajdonukat képező karkötőt.

A CSK1 tagjai Valával együtt egy olyan világba látogatnak, amelynek lakóiról kiderül, hogy egykor istenként tisztelték Valát. Rövidesen azonban bíróság elé akarják őt állítani, amikor bevallja a népnek, hogy csak manipulálta őket.

Az Orik egy olyan bolygóra telepítenek erőteret, amelyre a szabad Jaffák egy csoportja is költözött. A CSK1 ezért megpróbálja megakadályozni az Orikat, hogy elfoglalják az egész bolygót, ám Carter alezredes új fegyvere nem a várt módon működik...

Egy elhagyott gyárépület közelében elgázolnak egy Jaffa-t. Teal'c arra gyanakszik, hogy Gerak küldte a Földre, de hogy milyen céllal, azt senki sem sejti. Végül kiderül, hogy a Jaffa-k nem mást, mint Baal-t keresik, aki kilenc hónapja a Földön bujkál.

A Sodan harcosok keresése közben rajtaütnek a CSK1-en, mely során Mitchell megsebesül és fogságba esik. A CSK1 is ejt foglyot, Volnek-et, a Sodan harcost. Miközben a Földön kihallgatják Volnek-et, Mitchell-nek fel kell készülnie, hogy élethalálharcot vívjon a halottnak hitt Volnek egy rokonával.

Carter egy különös bolygóra bukkan, ahol a helyi Kapu egy másik bolygóra irányítja a látogatókat. Ez felkelti a CSK1 érdeklődését, és miután sikerül megoldani a problémát, el is jutnak a bolygóra, ahol egyetlen élőlényt találnak, egy férfit, aki egy kabinban, a sztázisban fekszik egy labor mélyén. Miután felébresztik, közli, hogy rab volt, akin kísérleteket végeztek...

A CSK6 tagjai egy küldetésről hazatérve hirtelen gyengeséget éreznek, majd ágynak esnek. Hamarosan kiderül, hogy a Hírnökök járványa jutott el a Földre, ami riasztó ütemben terjed a bolygón. Időközben Gerak az Oráj szolgálatába áll, és igyekszik erről a Jaffákat is meggyőzni, ezért polgárháború fenyeget. Szerencsére nem várt segítség érkezik az Ős Orlin személyében.

Orlin egyre többet felejt el a tudásából, így instrukciókat hagy a hátralevő feladatokról. A Hírnökök ellen kifejlesztett fegyver tesztje sikerrel jár, így Mitchell és Daniel megismerik az Oráj célját, ami az Ősök elpusztítása. Teal'c időközben igyekszik szép szóval meggyőzni Gerak-ot arról, hogy az Oráj ígéretei üresek.

Mitchell alezredest egy idegen bolygón letartóztatják egy fiatal tudósnő meggyilkolásáért, aki egy emlékeket manipuláló szerkezet fejlesztéséért felelős. A CSK1 erősen kétkedik, és Mitchellel - akit meglepő módon szabadon engednek - keresni kezdik a valódi gyilkost, miközben a két bolygó kapcsolatainak további sorsa a tét.

A CSK1 hamarabb tér vissza egy küldetésről, mint kellene... Az eligazításon egyes tények máshogy hangzanak el, mint ahogyan azokat Landry ismeri, ezért a tábornok gyanakodni kezd. Hamarosan, immár a megfelelő időpontban, befut egy újabb CSK1. Aztán nem sokkal később még egy, és még egy.

A CSK1 a Prométheusszal együtt a Tegalus-ra utazik, hogy ott mentőakcióba kezdjenek egy, az Ori-k által használt szuperfegyver bevetése ellen. Ám Daniel Jackson-t elfogják és bebörtönzik Soren emberei, így a küldetés váratlan fordulatot vesz.

A CSK1 igyekszik utánajárni annak, hogy honnan ered az a titokzatos növény, ami immár több bolygón is függőséget okozott a népesség körében. Mitchell csempésznek adja ki magát, és be akar szivárogni a Lucian szövetség soraiba. Időközben egyes bolygókról eltűnnek a Kapuk, így a CSK1 is ott ragad egy bolygón.

A CSK1 kíséretet biztosít egy delegációnak a Gamma bázisra, ahol elszabadul az egyik kísérleti alany, egy bogárfajta, ami több bolygón pusztított már, és amit talán a Hírnököknek köszönhet a galaxis. A bogarak pedig mindent felfalnak, ami az útjukba kerül, és a kedvencük a hús.

Egy Glastonbury-ben talált szerkezet vizsgálata közben Mitchell és Carter átkerülnek egy másik dimenzióba. Mindent látnak és hallanak, de nem tudnak beszélni senkivel. Időközben azonban a Sodan-okat támadás éri, ahol nagy szükség lenne a két eltűntre.

Vala kapcsolatba lép a Parancsnoksággal, és fontos információkat közöl az ott tartózkodó CSK1-gyel. A Parancsnokság számára így kiderül, hogy közeleg a támadás napja.

A CSK1 nekilát Merlin legendás fegyverének felkutatásához, mely során eljut egy Camelot nevű helyre. Merlin valóban itt élt, és van egy könyvtára is, amit egy erős átok védelmez. A CSK1 nem törődik a figyelmeztetésekkel, és belép a könyvtárba. Időközben pedig az Oráj útnak indítja a hajóit.