לאחר שציר הזמן השתנה בגלל פעולותיהם של ס"ג-1 בעבר הרחוק, גירסה חלופית של ס"ג-1 חייבת להשתמש במכונת הזמן שהתגלתה לאחרונה כדי להסדיר את רצף הזמן.

ס"ג-1 נוסעים אחורה בזמן בנסיון נועז לגנוב מכשיר טכנולוגי עתיק מידיו של רע, הגאולד רב-העוצמה ששלט במצרים העתיקה.

בעוד דניאל מוצא את עצמו במסעדה מסתורית, תלוי בין המוות לעלייתו, גורלו של ג'ייקוב מרחף באופן בלתי צפוי, ג'ק וסאם רואים את חייהם הרומנטיים, ואנוביס משחרר את תוכניתו להרס גלקטי.

קרטר וג'ייקוב נעזרים בבעל במלחמתם במשכפלים ואילו דניאל וקרטר המשוכפלת מנהלים מאבק מוחות עיקש, אוניל מתאם בין כל החזיתות ומרכז את הגנת הפיקוד כשברקע מרחף האיום הגדול מכולם - אנוביס.

המשכפלים מתחילים התקפה שיטתית על הגאולד, מה שמאלץ את בעל לבוא לכדור הארץ לעזרה. מחתרת הג'אפה מסכנת את כל תנועתם בניסיון לתבוע בחזרה עיר קדושה מידיו של בעל.

ג'ו, ספר עצבני, פורץ לביתו של אוניל ומאשים אותו בהרס חייו. משום מה ג'ו יודע הכל על הרפתקאות ס"ג-1, הרפתקאות שבתחילה הוא העלה על הכתב וניסה לפרסם כשלו, אך כעת בטוח כי קרו במציאות.

עוד מזימה של הגאולד נחשפת כאשר סגן הנשיא המודח קינסי בא אל אוניל ומזהיר אותו מפני שותפיו לשעבר, אנשי "הנאמנות". הוא מציע לשתף עמו פעולה במאבק נגדם.

לכוכב הלכת שאליו הוגלה הארי מייבורן נשקפת סכנת נפילה בידי הגאולד והצוות נדרש לצאת לחלצו. בהגיעם לשם, הם מגלים שהתושבים הפרימיטיביים יחסית הפכו את מייבורן למלכם.

גנרל האמונד מגיע לפיקוד ומכריז על החלטתו להעביר את דניאל למפקדת משימת אטלנטיס. השניים אמורים לטוס ב-"פרומתיאוס" לאטלנטיס כדי לברר למה אבד הקשר עם המשלחת.

קרטר המשוכפלת יוצרת קשר עם הפיקוד ומזהירה מפני התקפה קרובה של המשכפלים ומבקשת שישמידו אותה. האם מדובר כאן בעוד מקרה של מכונה שמפתחת לפתע בינה עצמאית משלה?

השער נגנב מתחת לאפם של השומרים והצוות יוצא בעקבות הגנבים. אנשי "הנאמנות" מבקשים להשתמש בשער כדי להפיץ את הרעל הקטלני לגאולד. אוניל נדרש לקבל החלטה קשה.

רייאק מאוהב באחת מהאמזונות של אישטה. כעת אוניל מוצא את עצמו מעורב בהכנות לטקס חתונה נוסח ג'אפה, כולל כלה דעתנית ופמיניסטית, מריבות בין המחותנים, טקסים מסורתיים מעצבנים ומה לא...

תעשיין מיליארדר טוען שבידיו ראיות כי האסון שבו הושמדה נושאת מטוסים לא נגרם ממטר מטאורים אלא מהתקפת חייזרים והוא מאיים לפרסם את הראיות. קרטר נשלחת לשכנע אותו לחזור בו.

טיאלק הופך לחשוד הראשי בחקירת רצח אחרי שהוא עובר לדירה מחוץ לבסיס. קרטר שוקלת את עתידה עם פיט לאחר הצעת הנישואין שלו.

ניסוי משתבש ויוצא מכלל שליטה, וטיאלק מוצא את עצמו שבוי בעולם וירטואלי שבו הוא נאלץ להתמודד מול התקפה כוללת של חיילי-על כשכל פגיעה בעולם הווירטואלי מורגשת בגופו ומקרבת אותו אל מותו.

דניאל מוצא את עצמו בביתה של מקומית יפה כשהוא אינו זוכר דבר ומסתבר שהגעת הצוות גרמה למלחמה שהותירה את העולם הרוס ושסוע. הסיבות נחשפות בהדרגה ככל שזכרונו של דניאל שב אליו.

גנרל ג'ק אוניל מנסה להתרגל לתפקידו החדש, אך נראה כי כל היקום נגדו- עליו להתמודד עם תקרית דיפלומטית, צמח שמשתלט על הבסיס ונפילתו של צוות ס"ג-1 בשבי.

הבסיס נכנס להסגר לאחר שמחלה מסתורית, הנראית מדבקת, מותירה קצין רוסי במרפאת הבסיס. דניאל לוקח בן ערובה ודורש לעבור דרך הסטארגייט.

בעוד הגאולד מאיימים לתקוף את כדור הארץ, ס"ג-1 והאסגרד נערכים למוצא האחרון והנואש נגד המשכפלים, אשר חטפו את מייג'ור קרטר ופלשו למאחז הציוויליזציה האחרון של האסגרד.

קרטר וטיאלק יוצאים לחפש את האסגרד כדי לנסות להציל את קולונל אוניל, אך מגלים שאויבם המושבע של האסגרד חזר בבמלוא העוצמה. אדוני המערכת מחפשים ברית עם כדה"א נגד אויב משותף.