Plk. O'Neill je stále uvězněn ve stázové komoře na Antarktidě, a proto se Teal'c s Carterovou vydávají k planetě, na níž jsou shromážděni všichni replikátoři, aby se spojili s Asgardy, kteří jsou jedinou nadějí pro O'Neilla...

Replikátorům se podařilo zničit zařízení na dilataci času a utvořit malou loď. Ta se blíží k nové kolonii Asgardů a na své palubě má Carterovou, kterou se replikátorům podařilo unést. Mezitím se na Zemi připravuje zaútočit goa'uld Ba'al, aby otestoval novou obranu Země...

Po příchodu ruského plk. Vaselova se na základně SGC začne šířit nějaká nákaza. Zjišťuje se však, že nejde o virus, ale o Anubise, který ve formě energie přechází z jednoho těla do druhého a nikdo jej v tomto stavu nedokáže zastavit...

SG-1 se vydává na planetu, kde by se měla nacházet jedna z Anubisových základen ještě neobjevená goa'uldem Ba'alem. Po příchodu na planetu však beze stopy zmizí. V SGC se začne rozšiřovat mimozemská rostlina a její růst nejde ničím zastavit...

Příchod SG-1 na planetu způsobí válku mezi dvěma nepřátelskými národy - Randským protektorátem a Caledonianskou federací. Daniel proto zůstává na planetě a snaží se dát vše do pořádku. Je však těžce zraněn a SGC po něm vyhlašuje pátrání...

V SGC se testují komory s virtuální realitou, které by měli sloužit pro výcvik nováčků před vstoupem do SG teamů. Teal'c se nabídne, že toto tréninkové zařízení vyzkouší a díky jeho zkušenostem jej zdokonalí. Jeho zdravotní se stav se ale začne náhle zhoršovat a od zařízení se ho nedaří odpojit...

Teal'c se nastěhuje do nového bytu mimo základnu a blíže se seznámí se svou sousedkou, která se brzy na to pohádá s přítelem a neplánovaně odjede s Teal'cem. Její přítel je ale později nalezen mrtvý a Teal'c je obviněn. Daneil dostává e-mail s antickým textem. Za jeho překlad je mu nabídnut záznam dokazující Teal'covu nevinu...

Milionář Alec Colson vyhrožuje zveřejněním snímků Promethea spolu s Anubisovou flotilou světu. Carterová a Daniel jsou pověřeni přesvědčit milionáře Colsona, aby žádné snímky nezveřejňoval. Za to mu nabízí seznámení s programem Hvězdné brány a dalšími věcmi...

Z SGC náhle zmizí Hvězdná brána. Pozdější vyšetřování odhalí, že Brána se zřejmě nachází v Usirevově lodi na oběžné dráze. Pomocí Brány jsou vypouštěny rakety s tok'erským jedem na planety, na nichž žijí goa'uldi a jaffové, a to i ti spřátelení...

Replikátorská kopie Carterové požádá SGC o pomoc - přeje si být zničena. SG-1 ji tedy vezme na stanoviště Alfa, kde má být vyslechnuta a případně zničena. Při výslechu vyjde najevo, že Pátý údajně přišel na způsob, jak učinit sebe i své "bratry" imuní vůci disruptoru...

Prométheus při cetě na Atlantis zachytí nouzové volání. Nalezne poškozený Al-kesh. Z něj se na palubu Prométhea transportuje jeden z Anubisových vojáků, ovládne loď a transportuje celou posádku až na Daniela na Al-kesh. Daniel ale zjistí, že Anubisův voják je ve skutečnosti žena - Vala, která se rozhodla loď ukrást a vyměnit ji...

Na planetu, kde tok'rové vysadili Maybourna, se vracejí goa'uldi. SG-1 se proto vydává, aby Maybourna odvedla zpět na Zemi. Po příchodu na planetu zjišťuje, že se Maybourne stal zdejším králem díky předpovědím, které zde nechal zazamenány Antik cetující časem...

Rusové začínají se zbrojením kvůli tvrzení, že americká vláda byla infiltrována goa'uldy. Daniel je vyslán do Ruska, aby se snažil situaci uklidnit, ale zjistí, že ve skutečnosti je tomu právě naopak a že goa'uldi se snaží vyprovokovat válku ze strany Ruska a zničit tak Zemi...

Holič Joe při jednom výprodeji objeví kámen, který mu umožňuje vidět, co prožívá na svých misích SG-1. Nejprve o svých historkách vypráví doma a v práci, ale za čas si rozhodne přověřit, zda-li výplod jeho fantazie - plk. Jack O'Neill opravdu existuje...

Replikátorská kopie Sam spolu s ostatními replikátory začíná likvidovat goa'uldy v celé galaxii. Carterová se s Thorem snaží přijít na to, co replikátory činí imuními vůci distruptoru. Nakonec se jim to podaří, ale po první zkoušce se replikátoři znovu přizpůsobí a distruptor opět nefunguje...

SG-1 objeví antické zařízení na Dakaře. Toto zařízení je schopné rozložit určitou hmotu na elementární částice - včetně replikátorů, ale nejprve musí být správně nastaveno. Jenže o zařízení se také z Danielovy mysli dozví replikátoři, a proto vyšlou loď, aby jej zničila...

Daniel se musí rozhodnout, jestli se znovu povznese, ale již nesmí znovu "porušit" pravidla. Anubis se chystá získat antickou zbraň, která je umístěna na Dakaře, a pomocí ní chce zničit veškerý život v galaxii. Jackob Carter oznamuje Sam, že tok'ra Selmak v něm umírá a on že zemře společně s ní...

Po náhlé smrti Catherin Langfordové jsou Danielovi do SGC přivezeny její osobní věci. Daniel v nich nalezne záznam o ZPM - antickém zdroji energie. SG-1 se tedy rozhodne vrátit zpět do 5000 let vzdálené minulosti pomocí antického stroje času, aby ZPM získala a vzala jej zpět do současnosti...

SG-1 se v minulosti podaří narušit časovou linii, a proto se budoucnost zcela změní. Aby vše napravila, pohřbila v hrobce poblíž Gízy nahrávku obsahující informace, jak vše napravit. V budoucnosti je nahrávka nalezena, ale aby se vše "dalo do pořádku", musí se nejprve nalézt Hvězdná brána a stroj času...