Dr. Elizabeth Weir krijgt het bevel over het SGC. Samantha Carter wordt gevangengenomen door de Replicators.

Jack O'Neill gebruikt zijn Apparaat van de Ouden om Othalla te redden en de Replicators te vernietigen. Een paar Replicators ontsnappen.

De basis wordt afgesloten omdat er een wezen, dat bezit van iemand kan nemen, rondwaart.

SG-1 is plotseling verdwenen en O'Neill twijfelt aan zijn capaciteiten als generaal.

SG-1 komt op een planeet waar twee grootmachten op gespannen voet leven. SG-1 veroorzaakt een wereldoorlog en Daniel zit ertussenin.

Teal'c zit vast in een computersimulatie.

Een rijke zakenman wil het geheim van de Stargate gaan onthullen.

Teal'c hoort dat zijn zoon gaat trouwen. Istha vraagt om zijn hulp om een Goa'uld heerser te doden.

De Stargate wordt gestolen en alles wijst naar the Trust, die een chemische oorlog zijn begonnen tegen de Goa'uld.

De Replicator kopie van Sam komt waarschuwen dat Vijf immuun is geworden voor het nieuwe disruptor kanon.

Generaal Hammond en Daniel vertrekken met de Prometheus naar Atlantis. Onderweg ontvangen ze een noodsignaal. Dan wordt de Promotheus gekaapt.

Harry Maybourne blijkt koning te zijn van een middeleeuws aandoende beschaving.

Kinsey komt naar O'Neill met de mededeling dat the Trust weer iets van plan is. Ondertussen lopen de spanningen met Rusland op omdat Rusland denkt dat de regering van Amerika is overgenomen door de Goa'uld.

Een kapper komt bij O'Neill met het verhaal dat hij in allerlei visioenen te zien heeft gekregen de avonturen van SG-1.

De RepliCarter valt aan en Baal vraagt de SG-1 om hulp. Teal'c en Bra'tac gaan proberen een Jaffa heiligdom te veroveren.

Sam en Teal'c ontdekken dat de Jaffa tempel eigenlijk een wapen van Ouden is. In een race tegen de klok moeten ze het opnemen tegen Baal, Anubis en RepliCarter.

Daniël wordt opnieuw gevraagd of hij wil opstijgen. Ondertussen probeert Anubis het Wapen van de Ouden op Dakara te veroveren.

Dr. Langford is overleden en laat haar bezittingen na aan Daniel. Daniel ontdekt dat Ra in het bezit was van een ZPM. Daarom maakt SG-1 een reis terug in de tijd met een Puddlejumper, die een tijdmachine aan boord heeft. Helaas verandert de tijdlijn en zijn ze gedwongen opnieuw terug in de tijd te reizen om de tijdlijn te herstellen.

Om de tijdlijn te herstellen moet SG-1 de Stargate van de Goa'uld Ra stelen.