Szukając Zaginionego Miasta Starożytnych na odległej planecie, SG-1 jest oszołomiony, by odnaleźć Daniela Jacksona przy życiu iw ludzkiej postaci, ale pozbawionego pamięci. O'Neill przekonuje Daniela, by powrócił z nimi do SGC, gdzie został przywrócony na śmiałą misję, aby zniszczyć potężną nową super broń Anubisa!

Zespół powraca do ojczystej planety Jonasa, gdy dowiadują się, że Goa'uldowie są po jego naquadria. Kiedy Jonas zostaje schwytany przez Anubisa, Daniel jest jego jedyną nadzieją.

Nastoletni chłopiec pojawia się w S.G.C. podając się za Jacka O'Neilla, wysyłając zespół na misję, aby odkryć swoją prawdziwą tożsamość.

Po kontuzji Teal'c musi odłożyć na bok wątpliwości, kiedy SG-1 rozpoczyna misję ratowania syna i jego mentora z obozu śmierci Jaffa.

Zespół otacza środowisko kontrolowane przez klimat wśród toksycznych nieużytków, których ludzie są połączeni z centralnym komputerem.

Kiedy SG-1 znajduje rozbity obcy statek kosmiczny, umysł Daniela zostaje przejęty przez bezcielesnych pasażerów.

Kiedy ziemskie próby wykorzystania nowo odkrytej kopalni naquadah zostaną udaremnione przez plemię rdzennych Unas, SG-1 musi zwrócić się do starego przyjaciela o pomoc.

Major Carter dołącza do obcego pilota na kosmiczny wyścig, w którym zwycięzca otrzymuje lukratywny kontrakt z najpotężniejszą korporacją planety. Ale reszta zespołu odkrywa, że stawką jest więcej niż meta.

S.G.C. naukowiec tworzy wirusa komputerowego, który ma być użyty do wyłączenia wrogich Stargatów - ale udało się zamknąć całą sieć bramek.

Zespół znajduje zbiegłą kolonię kobiet Jaffa, które muszą polować na innych Jaffa, aby zdobyć symbiontów.

Zespół bada niezwyciężonego nowego żołnierza wroga zaprojektowanego przez Anubisa. Dr Jackson prowadzi zespół w poszukiwaniu obcego urządzenia w Ameryce Środkowej, ale dostaje więcej, niż się spodziewał.

O'Neill szuka pomocy u byłego towarzysza, aby uratować Daniela i doktora Lee, którzy zostali porwani w Ameryce Środkowej. Carter, Teal'c i Jacob infiltrują obiekt super-żołnierzy Anubisa.

Carter zostaje ranny, gdy Prometeusz zostaje zaatakowany przez nieznany statek i budzi się, by znaleźć się samemu w kosmosie.

Kiedy Kelownanie odkrywają, że masywna podziemna żyłka naquadah jest przekształcana w naquadria, Jonas Quinn szuka pomocy od Ziemi, unikając całkowitego zniszczenia swojej planety.

Daniel jest nękany marzeniami swojej byłej dziewczyny, która została przyjęta jako gospodarz Goa'uldów. Samantha Carter rozpoczyna romantyczną relację z detektywem, od którego musi ukrywać swoje życie w Stargate Command.

Tajemnicza baza na Ziemi zostaje zaatakowana przez siły Anubisa, a Major Carter zostaje zaatakowany przez wroga. Generał Hammond i Jacob Carter dokonują niepokojącego odkrycia na temat sojuszu Earth-Tok'ra.

Przyjeżdża ekipa filmowa, aby udokumentować pracę S.G.C. do ostatecznego ujawnienia opinii publicznej, ale stwierdzi, że personel bazy jest mniej niż chętny do udziału.

SG-1 zostaje wezwany do działania, podczas gdy ekipa filmowa dokumentuje program Stargate, ale S.G.C. jest badany po tym, jak misja pójdzie nie tak.

SG-1 bada tajemnicę N.I.D. laboratorium, w którym bezlitosny naukowiec użył technologii klonowania do stworzenia hybrydy Goa'uldów-ludzi.

Nowo wybrany prezydent jest przesłuchiwany o programie Stargate, a wiceprezydent Kinsey tworzy nową grę kontrolującą program.

O'Neill dokłada wszelkich starań, aby wiedza Starożytnych nie wpadła w ręce Goa'uldów, gdy zespół odkrył drugie repozytorium. Prezydent zastępuje generała Hammonda cywilnym dyplomatą.

Anubis rozpoczyna systematyczny atak na Ziemię, a jedyna nadzieja zbawienia na planecie zależy od tego, czy SG-1 znajdzie mityczne Zaginione Miasto Pradawnych.