Apres les découvertes de Jonas Quinn qui pense avoir localisé la Cité Perdue des Anciens, SG-1 part explorer cette planète. Sur place, SG-1 y trouve Daniel Jackson, amnésique, découvert il y a peu par les habitants de la planète... Pendant ce temps, Anubis devient de plus en plus puissant. Jonas, Daniel et Carter élaborent un plan pour affaiblir Anubis en détruisant son arme. Teal'c, lui, est chargé d'aller chercher le soutien du seigneur Yu pour mener à bien l'attaque...

La mission pour détruire l'arme d'Anubis fut un succès, mais Daniel, qui échappe encore aux gardes, et Jonas, lui emprisonné, sont toujours à bord du vaisseau d'Anubis, tandis que Teal'c est toujours le prisonnier de Yu... Anubis a implanté une sonde mentale à Jonas, et a ainsi pris connaissance de son monde, Kelowna, et du Naquadria. Il entreprend alors de s'y attaquer pour récolter la précieuse source d'énergie afin de réparer l'arme de son vaisseau. Les Kelowniens requièrent alors l'aide de la Terre, pendant que Teal'c tente de convaincre le prima de Yu...

Teal'c est blessé lors d'une mission, et sa convalescence le fait douter sur ses qualités de guerrier. Daniel, qui ne se souvient toujours pas de ce qu'il a vécu après son ascension, parvient à se rappeler d'une planète et découvre dans sa vision Rya'c, le fils de Teal'c et Bra'tac, tous deux prisonniers... Le SG-C sollicite l'aide de Rak'nor qui, avec les descriptions de la planète faites par Daniel, affirme qu'il s'agit de la planète Erebus, où les prisonniers jaffas travaillent jusqu'à la mort...

SG-1 explore une planète où la poulation s'est réfugiée sous un dôme pour échapper à l'atmosphère toxique. Un ordinateur central contrôle toute la ville, et les habitants y sont reliés par un implant afin de consulter diverses informations. Mais l'équipe se rend vite compte du comportement parfois étrange des habitants, sujets à d'étonnants trous de mémoire...

Sur la planète où ils viennent d'arriver, SG-1 explore un vaisseau qui semble s'être écrasé. A l'intérieur, ils y découvrent des centaines de personnes conservées dans un sommeil cryogénique. O'Neill ordonne de faire le décompte des individus endormis. C'est alors que SG-1 est frappé par une arme inconnue. Teal'c reprend connaissance en premier et part chercher les autres. Il retrouve Carter et O'Neill encore inconscients, seul Daniel est reveillé, mais il ne sait plus où il est ni qui il est...

Des troupes de la Terre effectuent des relevés sur une planète afin de déterminer une possible exploitation de Naquadah. Un jour, un des officiers qui faisait un relevé loin du camp de base est tué par une créature. SG-1 est appelé en renfort. Très vite, le Dr Jackson détermine qu'il s'agit de Unas, et que les humains ont probablement profané un territoire interdit. Le gisement de Naquadah étant important, il décide faire appel à Chaka, un Unas avec qui il a sympathisé dans le passé, pour l'aider à traiter pacifiquement avec les autres Unas...

Warrick, un alien que SG-1 avait sauvé d'une planète où son vaisseau s'était crashé, vient demander l'aide du Major Carter. Il a besoin d'elle pour améliorer les capacités de son vaisseau pour participer à une course spatiale où le gagnant décroche un important contrat. En échange, il est prêt à partager la technologie de son monde avec la Terre. Mais il est question de plus qu'une simple course...

Felger, un scientifique qui travaille au SG-C, dont les recherches n'ont que peu de résultat, a créé un virus informatique. Le but du virus est de désactiver une porte pour la rendre inutilisable. Carter est désignée pour l'assister dans ce projet. La planète d'où Ba'al extrait son naquadah est choisie pour tester le virus. Mais peu après, toutes les portes deviennent inutilisables les unes après les autres...

Tombée dans une embuscade, l'équipe de SG-1 est sauvée par un groupe de guerrières Jaffas. Ces dernières leur demandent ensuite de les suivre en leur réclamant de l'aide. En effet, ces femmes sont dépendantes des symbiotes et souhaiterait le soutien de la Terre pour en obtenir. SG-1 leur propose alors un substitut : la Tretonine...

Bra'tac et Teal'c arrivent sur les lieux d'une rencontre entre deux seigneurs Goa'uld mineurs, où tous les Jaffas ont été tués, par un seul super soldat dont l'armure l'a protégé de toutes les attaques. Par chance, Teal'c parvient à le vaincre. Le SG-C appelle alors la Tok'ra et ils décident d'élaborer un plan pour capturer un de ces soldats, pendant que le Dr Jackson part en Amérique du Sud à la recherche d'une technologie des Anciens, à l'origine du mythe de la source de jouvence, en espérant pouvoir s'en servir pour mettre au point une arme contre ces soldats...

Daniel est toujours prisonnier des rebelles, et le Colonel O'Neill est envoyé sur place pour le secourir. Pendant ce temps, après avoir appris du soldat capturé sa planète d'origine, le SG-C avec la Tok'ra met au point un plan pour s'introduire dans la planète et en apprendre plus sur les intentions d'Anubis avec ses soldats...

Carter doit profiter d'une mission du Prometheus pour observer un nuage spatial. C'est alors qu'un vaisseau alien non identifié attaque. Dans la fuite et sous les tirs du vaisseau, Carter perd connaissance. A son réveil, le Prometheus est bloqué dans le nuage, tout l'équipage a disparu, et elle est victime d'hallucinations...

Les Kelowniens, par l'intermédiaire de Jonas Quinn, demandent l'aide du SG-C. Leurs récentes recherches leur ont appris que le précieux minerai était à l'origine du Naquadah ayant subi une transformation. Un profond gisement de Naquadria a été découvert sur Kelowna, mais à cause du processus de transformation, la chaleur et la pression augmentent, et l'instabilité du Naquadria pourrait entraîner une explosion pouvant détruire Kelowna...

Carter a une relation avec un policier que lui a présenté son frère, mais doit bien entendu lui cacher la vérité sur son travail. Jackson, quant à lui, fait depuis peu des rêves dans lesquels il voit Sarah, dont Osiris a pris possession. Durant ces rêves, il se voit quelques années auparavant, travailler avec Sarah. Mais curieusement, celle-ci va lui amener une tablette à étudier, qui parle de la Cité Perdue...

Le Major Carter et son père sont sur le nouveau site Alpha et travaillent sur le développement d'une nouvelle arme pour combattre les supers soldats d'Anubis. Mais ce dernier a découvert la base et a lancé une attaque. L'ordre d'évacuation est donné mais des soldats manquent à l'appel, notamment Carter...

Le Président a ordonné qu'un documentaire soit tourné sur travail effectué par le SG-C. Le Général Hammond est le premier réticent quant à cette initiative mais doit s'y plier. Pendant ce temps, les missions d'exploration continuent. Une équipe SG trouve des ruines d'une cité vraisemblablement construite par les Anciens, mais tombe alors nez-à-nez avec une sonde Goa'uld...

L'équipe de tournage continue de faire son reportage sur les activités du SG-C. Pendant ce temps, les renforts sont arrivés sur la planète où une équipe SG a rencontré une sonde Goa'uld et les combats sont rudes contre les Jaffas en présence. Dans la bataille, O'Neill est touché ainsi que plusieurs autres soldats...

L'agent Barrett fait appel à SG-1 pour enquêter sur les lieux d'un laboratoire secret du NID où 32 personnes ont été retrouvées mortes, à l'exception d'une jeune femme et un chercheur d'origine nazi... En explorant les lieux, Daniel et Teal'c reconnaissent des artefacts Goa'uld appartenant à une certaine Sekhmet, tandis l'agent Barrett montre au Major Carter des foetus partiellement développés...

Un nouveau président des Etats-Unis a été élu. Lors de son premier jour de présidence, le chef d'état major l'informe de l'existence de SGC. Kinsey, le vice-président, ne lui avait encore pas parlé de la porte des étoiles, et tente alors, avec l'appui de Woolsey (qui avait enquêté lors de la mort du Dr Fraiser) de convaincre le Président de l'inaptitude de Hammond et de SG-1 à gérer le SGC...

Daniel a traduit des informations indiquant qu'un dépôt du savoir des Anciens serait présent sur une autre planète. SG-1 s'y rend, mais Anubis attaque alors la planète, O'Neill n'ayant plus d'autre choix, active la borne et télécharge les informations dans son esprit. Pendant ce temps, Hammond a été relevé de ses fonctions et c'est le docteur Elisabeth Weir qui le remplace à la tête du SG-C...

Alors que le vaisseau d'Anubis est en orbite autour de la Terre, O'Neill voit ses connaissances se développer peu à peu depuis qu'il a utilisé le dépôt du savoir des Anciens. Il parvient à localiser une planète où se trouverait peut-être la Cité Perdue, mais les coordonnées de cette planète indiquent que la porte de celle-ci serait enterrée. SG-1 part néanmoins sur place avec un vaisseau cargo que Teal'c et Bra'tac se sont procuré...