ס"ג-1 מופתעים למצוא את דניאל ג'קסון חי ושלם, אך ללא הזיכרון שלו. אוניל משכנע אותו לחזור איתם אל מפקדת הסטארגייט, שם הוא מצטרף למשימה נועזת להרוס את הנשק החדש של אנוביס.

נער מתבגר מופיע במפקדת הסטארגייט בטענה שהוא ג'ק אוניל ושלח את הצוות למשימה לחשוף את זהותו האמיתית.

בנו של טיאלק, רייאק ומורו ברייטאק נשבו בידי הג'אפה. טיאלק מחליט להצילם ונשבה אף הוא. צוות ס"ג-1 הולכים להצילו.

על כוכב לכת אפוף באוויר רעיל, הצוות מגיע לבועה אשר יש בה עולם ומלואו - בועה זו מגינה כבר מאות שנים על אנשי הכוכב. חשדות הצוות מתעוררים כאשר אנשים שהם פוגשים נעלמים.

בעת חקירתה של ספינת חייזרים נטושה, חברי צוות ס"ג-1 מאבדים את ההכרה. כאשר הם מתעוררים, הם מגלים כי גופו של דניאל ג'קסון נחטף בידי תודעת חייזרים והם לא מוכנים לוותר על גופו בקלות.

כאשר קבוצת כורים ממפקדת הסטארגייט נלכדת בידי אונאס, ג'קסון פונה אל צ'אקה. על שניהם מוטלת המשימה הלא קלה של משא ומתן על חיי הכורים והמשך כריית הנאקוודה שבכוכב.

קרטר מצטרפת למכר וותיק, טייס מכוכב אחר, כדי לעזור לו לנצח במירוץ חלל. לאחר שהמירוץ מתחיל, מגלים שאר חברי צוות ס"ג-1 כי המפסידים עלולים להפסיד יותר ממה שהם חושבים.

פלג'ר יוצר וירוס שמטרתו לחבל בשערים של האויבים, אך מפיל את כל מערכת השערים. קרטר והמדענים במפקדת הסטארגייט חייבים לתקן את מערכת השערים לפני שהאויב ינצל את המצב.

הצוות פוגש צוות של נשות ג'אפה האורבות לגברים בני מינן כדי לקחת מהם את השיתופנים. טיאלק מוצא את עצמו בעימות עם מנהיגתם כאשר הוא מנסה להראות לה כי יש דרך אחרת.

הצוות חוקר חייל אויב חדש ובלתי ניתן לעצירה שנשלח ע"י אנוביס. ד"ר ג'קסון מוביל צוות בחיפוש אחר מכשיר חוצני במרכז אמריקה, אבל מקבל יותר ממה שהוא רוצה.

אוניל מבקש עזרה מחבר וותיק כדי להציל את דניאל וד"ר לי שנחטפו במרכז אמריקה. קרטר, טיאלק וג'ייקוב מסתננים למתקן חיילי-העל של אנוביס.

קרטר מנסה לסדר את מנועי הנאקוודריה, נופלת ונפגעת בראשה. כאשר היא מתעוררת, היא מגלה כי שאר הצוות נעלם ומתחילה לראות חזיונות.

קולונל ג'ק אוניל מוביל צוות דרך הסטארגייט לגלקסיות אחרות, בניסיון להציל את כדור הארץ מהשמדה, לאחר שמאגר חדש של נאקוודה החל לעבור מוטציה לנאקוודריה.

דניאל ג'קסון מוטרד מחלומות חוזרים ונשנים על אישתו שארה, שבה הגאולד אוזיריס השתלטה על גופה. לקרטר יש חבר חדש, בלש במשטרה, ועליה להסתיר ממנו את עיסוקה האמיתי.

התקפה על אתר אלפא מערערת את היסודות. בעוד קרטר נאלצת להימלט מאחד מחיילי-העל של אנוביס ולהילחם על חייה, חקירתם של ג'ייקוב והאמונד מביאה אותם לגילויים מטרידים.

הממשל שולח צוות צילום לתעד את הנעשה בתוך מפקדת הסטארגייט למען שימוש עתידי כאשר התכנית תיחשף לציבור. חברי צוות הצילום מגלים כי לא כל אנשי הצוות מוכנים לשתף איתם פעולה.

צוות ס"ג-1 נשלח למשימת חילוץ באחד מכוכבי הלכת, והמבצע גובה קורבנות. בעוד חברי הצוות מנסים להתמודד עם תוצאות המבצע, צוות הצילום מנסה לחשוף את האמת על מה שאירע.

ס"ג-1 חוקרים מעבדה סודית של סוכנות הביון, בה מדען חסר רחמים השתמש בטכנולוגיית שיבוט כדי ליצור יצור כלאיים - חציו גאולד חציו אדם.

הנשיא החדש שנבחר מקבל סקירה נרחבת על תוכנית הסטארגייט, וסגן הנשיא קינסי עושה מהלך נוסף עבור שליטה על התוכנית.

אוניל עושה מאמצים רבים כדי למנוע מהידע של קדמונים ליפול לידיי הגאולד כאשר הצוות מגלה מאגר מידע שני. הנשיא מחליף את הגנרל האמונד בדיפלומט אזרחי.

אנוביס מתחיל מתקפה שיטתית על כדור הארץ, וכעת תקוותו היחידה של כדור הארץ לישועה תלויה בס"ג-1 וביכולתם למצוא את העיר האבודה המיתולוגית.