Nadat Anubis de planeet Abydos heeft vernietigd is Daniel teruggevallen op zijn menselijke vorm. Hij komt terug bij het SGC en gaat op zoek naar De Verloren Stad. Ondertussen bedenkt SG-1 een val om het superwapen van Anubis te vernietigen.

Nadat Anubis een hersensonde in Jonas Quinn heeft geplaatst, gaat hij naar Jonas' thuiswereld om het naquadria te bemachtigen.

Een 15-jarige jongen komt het SGC binnen en zegt dat hij Jack O'Neill is.

Daniel heeft een visioen van Bra'tac en Ry'ac die in een Jaffa doodskamp zitten. SG-1 gaat een reddingsactie uitvoeren.

Op een planeet vol met giftige gassen ontdekt SG-1 een koepel met daarin een samenleving.

SG-1 ontdekt een neergestort ruimteschip. In het schip vinden ze honderden ingevroren passagiers. Dan krijgt Daniel allemaal verschillende zielen in zich.

SGC probeert een naquadah-mijn te ontginnen. Hierbij worden ze aangevallen door een groep Unas. Daniel en zijn Unas vriend Chaka gaan onderhandelen.

De kapitein van de Cerebus komt naar het SGC. Hij vraagt Carter haar hulp voor een ruimterace.

Na de zoveelste mislukking van dr. Felger, wil Generaal Hammond hem ontslaan. Hij krijgt nog een kans iets af te leveren. Hij ontwikkelt een virus dat Stargates onbruikbaar maken. Helaas lijkt het virus te verspreiden en ligt het hele gate-netwerk plat.

SG-1 ontdekt een voortvluchtige groep Jaffa vrouwen die Jaffa's aanvallen voor hun symbioten. SG-1 wil ze helpen met de tretonine.

Anubis heeft een nieuwe supersoldaat gecreëerd. Om ze te kunnen verslaan gaat Daniel op zoek naar een apparaat van de Ouden die op aarde is verborgen.

Carter, Teal'c en Jacob gaan een sabotage-opdracht uitvoeren in de supersoldatenfabriek van Anubis. O'Neill gaat Daniel bevrijden uit handen van enkele rebellen.

Carter reist mee om de gestrande Prometheus terug te halen. Ze komen in een nevel terecht.

Jonas Quinn vraagt SG-1 om hulp als de naquadah-ader verandert in naquadria die de planeet onstabiel maken.

Carter heeft een relatie met een politieagent. Ze probeert het SGC voor hem geheim te houden. Osiris (met het gastlichaam van Daniels ex) probeert bij Daniel de locatie van Atlantis los te krijgen via zijn onderbewuste.

Terwijl de Alpha site door Anubis wordt aangevallen, moeten Jacob en Sam vluchten met het prototype van een nieuw wapen tegen de supersoldaten.

Er wordt een onderzoek ingesteld naar een missie die gruwelijk verkeerd is gelopen.

De NID heeft een geheim experiment uitgevoerd en het loopt verkeerd.

Er is een nieuwe president geïnstalleerd en Kinsey is de nieuwe vicepresident. Hij probeert weer controle te krijgen over het Stargate project.

Daniël ontdekt een 2de bibliotheek van de Ouden. Voordat Anubis deze krijgt, laat O'Neill de database weer in zijn hoofd downloaden.

Anubis valt aan en SG-1 ontdekt een buitenpost van de Ouden.