Jonas při překladu tabulky z Abydosu zjistí chybu v překladu dr. Daniela Jacksona. Nejedná se zde o ztracené město, ale město ztracených - Vis Uban. Přijde také na to, že adresa planety, na které se nachází, bude poslední, kterou Jack zadal do počítače, když disponoval vědomostmi Antiků. Vydávají se na tuto planetu a nacházejí město, ve kterém zrovna pobývají další poutníci, kteří také město zkoumají. K údivu pozemšťanů, je jedním z dočasných obyvatel města i Daniel Jacksom. Ukazuje se však, že Daniel trpí amnézií a nepamatuje si nic ze své minulosti. Nepoznává své přátele a kolegy z SG-1, dokonce si ani nepamatuje, kdo je a kým byl. Samantha Daniela přesvědčí, aby se s nimi vrátil do SGC, že by si mohl vzpomenout. Daniel si s pomocí svých přátel postupně vzpomíná, kdo je. Nadále však již nedisponuje nadlidskými schopnostmi, které měl, když byl ascendován...

Sam a Jack se vracejí do SGC bez Jonase a Daniela. Anubis zatím prozkoumá Jonasovi mozek, zjistí tak nejen to, že je Daniel na lodi, ale i vše o naquadrii, a vydává se na Kelownu. Teal´c je stále zajatcem vládce Ti. Představitelé Kelowny kontaktují SGC s žádostí o pomoc, protože na ně zaútočil Anubis. První muž vládce Ti se svěří Teal´covi, že Ti již používá sarkofág moc dlouho, ztrácí rozum a jedná neuváženě, a dohodne se s Teal´cem, že mu, i přes zákaz svého pána, proti Anubisovi pomůže. Kontaktují proto Baala a dají mu Anubisovy souřadnice, aby na něj mohl zaútočit a osvobodit tak sebe i zbylé Vládce Soustavy.

V SGC je zadržen asi patnáctiletý chlapec, který se pokoušel projít na základnu pomocí karty plukovníka O’Neilla. K údivu všech tvrdí, že je plukovník O’Neill. Zprvu tomu nikdo nechce věřít, i když chlapcovo chování silně Jacka připomíná. Navíc chlapec má znalosti o projektu hvězdné brány a členech SG-1, které by rozhodně mít neměl. Takže to vypadá, že to asi skutečně bude Jack O’Neill. Test DNA to až na drobnou abnormalitu potvrzuje. Dr. Fraiserová mu dělá další testy a zjistí, že se Jackovy buňky začínají rozpadat a že mu nezbývá příliš mnoho času. Tok´rové nabídnou pomoc - symbionta, ale Jack to rázně odmítá. Už jednou tím prošel a rozhodně to nepatřilo k nejpříjemnějším zážitkům. Při prohlídce bytu si Jack vybaví, že v noci, kdy došlo k jeho radikálnímu omlazení, byl unesen nějakým Asgardem. Daniel vyhledá informace o podobných případech, které se staly některým lidem na Zemi, a několik takových jedinců navštíví. Všechny případy jsou identické...

Teal´c je při jedné z misí zraněn. Je střelen přímo do břišního vaku, ve kterém však už nemá symbionta. Nemůže tak nadále počítat s léčivými schopnosti Goa’ulda a s rychlým uzdravením. Teal´c špatně snáší své zranění hlavně psychicky - nebyl zvyklý tak dlouho se léčit. Myslí si, že proto, že už nemá symbionta, je slabší a nevěří si. Daniel stále slyší v hlavě jakési volání: „No, master.“ Tuší, že je to nějaká zasunutá vzpomínka z doby, kdy byl povznesený, a že odpověď by mohl najít v záznamech SGC souvisejících s bránou; ale jeho hledání je marné. Jde za Teal´cem a podstoupí kel’no’reem. Při meditaci se mu vybaví vzpomínka na jakousi planetu, kde se staví mateřská loď a těží naquadah a kde jsou Rya’c a Bra’tac drženi jako otroci. Teal´c kontaktuje Rak’nora. Ten podle Danielova popisu poznává, o jakou planetu jde. Je to Erebus; bránu tam chrání jakési silové pole, kterým nelze projit. Když byl ještě Daniel povznesený a navštívil tuto planetu, Bra’tacovi se podařilo přemoci hlídku u brány, zadat adresu Země a odeslat kód ke zrušení tohoto silového pole. Daniel záznam o této aktivaci brány nakonec najde a podaří se jim rozluštit kód. Týmy SG-1 a SG-3 se vydávají na Erebus Rya’ca a Bra’taca zachránit. Bra’tacovi navíc dochází tretonin a začíná rychle slábnout...

Sonda při průzkumu nové planety hlásí nedýchatelnou atmosféru; několik kilometrů od brány se však nachází kopule o průměru 2,2 km. Sonda jí projde a ocitne se v zahradě s bujnou vegetací a normální atmosférou, vhodnou pro lidský život. SG-1 se vydává tuto záhadu prozkoumat. Když projdou kopulí, ocitají se v zahradě s normální atmosférou a mohou svléknout ochranné kombinézy. Vydávají se na průzkum a cestou potkají malého chlapce, který je dovede do města. Kopule zevnitř vytváří holografický dojem, jakoby zahrada i domy byly rozlehlejší, než je tomu ve skutečnosti. Členové SG-1 jsou přivítání místními velmi přátelskými obyvateli. Styl domů ukazuje na méně vyspělejší civilizaci, než je naše, ale sama existence kopule tuto teorii popírá. Navíc místní lidé mají na spánku malé zařízení, které jim umožňuje jen pouhou myšlenkou na nějakou věc dostat se do databáze veškerých informací, takže téměř okamžitě vědí v podstatě všechno. Členům SG-1 je nabídnuto ubytování, aby mohli prozkoumat technologii kopule. Dozví se tak, že příliš vyspělá technologie zničila dříve celou obydlenou planetu a kopule měla zachránit aspoň zbytek lidí. Proto místní nadále nepokračují ve vyvíjení nových technologií, jejich technický vývoj se prakticky zastavil. Město má nyní 1373 obyvatel. V noci se jedna žena - členka rady, se kterou předtím členové SG-1 jednali - zvedne a odejde mimo kopuli, což znamená jistou smrt. Druhý den rada i všichni ostatní popírají, že by tato žena kdy žila...

SG-1 při misi na P2A-347 objeví havarovanou vesmírnou loď neznámého původu. Uvnitř lodě jsou ve skleněných boxech zmrazená těla posádky. Je jich mnoho. Tým se rozdělí, aby těla spočítali, ale v tom Daniel vykřikne a všechny k zemi srazí energetická vlna vypadající jako ohnivá koule. První se probudí Teal´c. Jack a Sam jsou v bezvědomí, ale Daniela se mu podaří vzbudit, ten ho ovšem nepoznává, pouze při pohledu na Teal´ca vykřikne. Na základnu je přivede tým SG-4, který pro ně byl poslán. Při návratu na základnu je Daniel zmatený a snaží se proběhnout bránou zpět. Nepoznává ani základnu, ani nikoho z personálu a jedná agresivně. Není to totiž Daniel. Má v sobě přenesená vědomí několika cestujících Stromosu - lodi, kterou členové SG-1 našli na P2A-347. Jedna z osobností v jeho těle je panovník Talthusu jménem Martice. Když na ošetřovně Jack a Sam nabydou vědomí ukáže se, že oba jsou v pořádku. V Danielovi se mezitím střídavě objevují další cestující Stromosu. Nejvíce komunikativní a schopný spolupracovat je Tryan. Od jiného cestujícího, malého chlapce Keenina, Janet zjistí, že pochází z planety, na které mělo vyhasnout slunce, tak byly postaveny čtyři lodě a losováním vybráni lidé, kteří jimi budou zachráněni. Cesta na novou vhodnou planetu měla trvat více jak sto let, a tak byla posádka zmražena. Stromos však ztroskotal na P2A-347.

Na planetě, kde SGC hledá ložiska naquadahu, dojde konečně k úspěšnému nálezu. Jeden z vojáků ale najednou zmizí. Není možné ho vystopovat, protože signál vysílaček je zde silně rušen. Daniel si ovšem všimne artefaktů, které zde byly nalezeny a ukazují na dávnou těžbu. Nástroje jsou však příliš těžké a velké, než aby s nimi mohli pracovat lidé. Jsou vyrobeny pro Unase. Tým se proto vydává vojáka hledat a najdou ho mrtvého, přivázaného k jakémusi kůlu na místě, kde je takto připoutáno i několik mrtvých Jaffů, spíše to, co z nich za tu dobu, co tam visí, zbylo. Několik týmů při průzkumu lesa narazí na tlupu Unasů a dojde k boji, ve kterém je několik Unasů zabito a pár vojáků zraněno, mezi nimi i O’Neill. Unasové se stahují, aby oplakali mrtvé. Velitel celého výsadku, plukovník Edwards je rozzuřen a chce jít Unase ihned pobít, O´Neill to nedovolí. SG-1 se vrací zpět do SGC a Jack je odveden na ošetřovnu...

Major Carterová je povolána v urgentní záležitosti na základnu SGC. Nestačí se ani převléct a utíká do centrály v 28. patře. Tam na ní čeká kromě generála Hammonda s Danielem také Warrick. Mimozemšťan jehož zachránili (viz Forsaken). Nabízí možnost lépe poznat technologie Serrakinů, hlavně v oblasti iontového pohonu. Celá věc má malý háček, který Warrick vysvětluje s tím, že vše proběhne na neformální úrovni, kdy SG-1 bude fungovat coby malá delegace. Potřebuje však naquadahový generátor do své nové lodi, s níž poletí závod. Vítězství by mu velice pomohlo a zajistilo výhodnou zakázku společnosti Tech Con Group. Sam nadšeně souhlasí, že poletí s ním a dohlédne na naquadahový generátor. Warrick z toho nemá největší radost, ale souhlasí. Generál Hammond nakonec dává SG-1 zelenou...

Doktor Jay Felger, velice nadějný vědec v SGC, ale beznadějný snílek a smolař právě chystá předvést svou novou energetickou superzbraň. Bohužel jeho skutečnou motivací je udělat dojem na majora Carterovou, jak poznamenává jeho asistentka Chloe, což on popírá a poukazuje na událost, kdy zachránili SG-1 během tajné mise. Na test přijde kromě Sam i Jack. Bohužel Jayův test zrovna moc nevyjde a na celé základně dojde k výpadku proudu.

Členové SG-1 se na planetě setkávají s Jaffou Ryk´lem, který slouží Goa´uldu Molocovi. Při rozhovoru s Teal´cem je Jaffa zabit a začne přestřelka s jinými Jaffy, na které začne někdo střílet zezadu, a tak SG-1 jen přihlíží a nestřílí. Po ukončení boje vycházejí z lesa Jaffské bojovnice a jedna z nich přistoupí k umírajícímu Jaffovi, vyjme jeho symbionta a uloží ho do nádoby, kterou má uvázanou u pasu. Pak žádají SG-1, aby šli s nimi; věděly že přijdou na tuto planetu. Jejich rozvědce se podařilo dostat mezi Molocovy Jaffy a tak je přišli požádat o pomoc...

Jack O'Neill se vydává hledat do Jižní Ameriky Daniela, který byl unesen při hledání antické technologie. Sam, Jacob a Teal'c se mezitím snaží infiltrovat na Anubisovu základnu, v níž vytváří své nové vojáky...

Carterová se vydává vyzvednout opraveného Prométhea. Na zpáteční cestě se však loď dostane pod útok neznámé lodi, a tak zamíří do blízké mlhoviny, aby se ukryla. Při útoku se uhodí do hlavy a když opět nabude vědomí, zjišťuje, že všichni členové posádky zmizeli a že z mlhoviny nemůže uniknout...

Keloňané po analýze goa'uldského krystalu zjistí, že naquadria se na planetě přeměňuje ze surového naquadahu v podzemních žilách. Jonas si proto myslí, že až dosáhne určité hloubky, tak pod vysokým tlakem a teplotou exploduje a zničí celou planetu...

Carterová má nového přítele, ale musí před ním skrývat svou práci v SGC. V Danielových snech se začne objevovat Sára Gardnerová, která mu ukazuje antickou tabulku s polohou Ztraceného města. Daniel se nejdřív domnívá, že jde jen o sny, ale později se zjistí, že Usirev Daniela skutečně navštěvuje...

Stanoviště Alfa je odhaleno Anubisem, který zjistil, že Carterová zde vyvinula zbraň proti Anubisovým vojákům. Je nařízena evakuace a spuštěna autodestrukce. Když se zbytek SG-1 vrácí na zničenou základnu Alfa, není Sam nikde k nalezení...

Vláda USA pošle do SGC tým filmařů zdokumentovat práci SGC. SG-13 se vydává prozkoumat planetu s antickými ruinami, ale narazí na goa'uldskou sondu, která goa'uldy informuje o jejich poloze. Po příchodu jaffů je člen SG-13 zraněn, a tak SGC vysílá další podpůrné týmy SG-13 na pomoc...

V SGC je zahájeno vyšetřování, protože SG-týmy padly do léčky goa'uldům. Podařilo se jim sice dostat až k Bráně a vrátit se na základnu, ale při přestřelce bylo několik lidí zraněno a jeden člověk dokonce zemřel...

V komplexu, kde působila NID, byli zavražděni všichni lidé až na jednu dívku a vědce. Je nalezena laboratoř, kde NID vyvíjela goa'uldsko-lidské klony, a také artefakty, z nichž je jeden goa'uldskou naquadahovou bombou, která byla aktivována a má brzy explodovat...

Nově zvolený prezident Henry Hayes má být informován o programu Hvězdné brány. Senátor Kinsey toho chce využít a přesvědčit prezidenta o tom, že SGC je pod velením gen. Hammonda vedeno špatně. Proto navrhuje, aby se souhlasem prezidenta bylo vedení SGC nahrazeno...

Anubis shromažďuje flotilu a chystá se provést útok na Zemi. O'Neill použije antické zařízení, které mu zkopíruje do hlavy veškeré antické vědomosti, aby mohl určit polohu Ztraceného města. Mezitím je gen Hammond je převelen, SGC se dostává pod velení dr. Weirové a je zahájena tří měsíční kontrola, při níž jsou pozastaveny mise...

Anubis begins a systematic assault on Earth, and the planet's only hope of salvation depends on whether SG-1 can find the Ancients' mythical Lost City.