SG-1はエンシエントの石板を解読し、失われた都市が存在する惑星を特定、スターゲイトでその星へ向かう。そこにはエンシエントのものと思われる古代遺跡があり、遊牧民族が住み着いていた。やがて一行の前に、高みの存在になったはずのダニエルが実体化して現れる。

余命僅かとなった禹への最後の奉公として、腹心のジャファ、オシュウが、アヌビス打倒のためティルクの説得に応じ、支配階級の1人バールに協力を求め応諾を得る。その頃、アヌビスは母艦でジョナスの故郷の惑星4C3に向かい、ケロナの首都を攻撃していた。

A teenage boy shows up at the S.G.C. claiming to be Jack O'Neill, sending the team on a mission to uncover his true identity.

After an injury, Teal'c must put aside his self-doubt when SG-1 launches a mission to rescue his son and his mentor from a Jaffa death camp.

The team gates to a climate-controlled environment amidst a toxic wasteland, whose people are all linked to a central computer.

SG-1は異星上で難破宇宙船を発見。その中には大量の冬眠カプセルがあり、地球人タイプのエイリアンが眠っていた。調査を始めた途端、光が走り一同は気を失ってしまう。基地に戻り、ダニエルが診察を受けると、彼の脳には12人もの人格が同居していた事が分かる。

ナクアダ鉱山のある星で鉱脈調査をしていたSGチームの一員が行方不明になる。捜索を依頼されたオニール達は、死体となった兵士を発見。更にウナスの一群に襲われてしまう。だがダニエルは一旦引き揚げ、ウナスとの話し合いによる解決を提案。再びその星へと向かうが…。

以前、SG-1が助けたヘブリダン星のウォーリック船長が現れ、カーターに協力を求めてくる。それは毎年恒例の宇宙レースに、副操縦士として出場して欲しいというものだった。彼らの進んだ科学力が欲しいハモンドは、技術提供を交換条件にSG-1を派遣するが…。

SGCの研究室で働く科学者フェルジャーは、究極の対ゴアウルド兵器「アヴェンジャー」があると口走る。それはコンピューター・ウィルスで、ゴアウルドが支配する星のゲイトのホーム・ダイヤルに送り込むと、そのゲイトが閉鎖されるものらしいのだが…。

弱小ゴアウルドの会談が行われる星に向かったSG-1は、そこで双方のジャファ達の死体と一方のゴアウルドの死体を発見する。そして彼らを殺した戦士はSG-1にも襲いかかってくるが、何故か突然息絶えてしまう。一行は戦士の死体をSG基地に持ち帰り、正体を調べ始めるのだが…。

政府はCIA工作員バークに、ゲリラの人質となったダニエル達の救出を指示、だが彼はオニールの派遣を求める。2人は以前ある秘密作戦で共に行動していたのだった。一方カーター達は、不死身の戦士の秘密とアヌビスの策謀を暴こうとタルタラス星へ。そこで目にしたものとは…?

プロメテウス号を地球へ回航させるよう命じられたカーターは、その途中でエイリアンの宇宙船に攻撃され、ガス雲に逃げ込む。だが、誤って壁に頭を強打してしまい、目覚めた時には船内からクルーの姿は消え、船は動かなくなっていた。すると彼女の前にグレースと名乗る少女が現れる。

ジョナスがケロナからSG基地に戻り、助けを求めてくる。ケロナでは既に無くなったと思われていたナクアドリアが地下深くの鉱脈で発見された。だがそれは急速な連鎖反応を続けており、1ヶ月後には星自体を破壊する核爆発を起こすのだという。果たして星とジョナス達の運命は…?

Daniel is plagued by dreams of his former girlfriend, who has been taken as a Goa'uld host. Samantha Carter begins a romantic relationship with a detective, from whom she must hide her life at Stargate Command.

Earth's secret offworld base is attacked by Anubis' forces, and Major Carter finds herself being hunted by the enemy. General Hammond and Jacob Carter make an unnerving discovery about the Earth-Tok'ra alliance.

A film crew arrives to document the work of the S.G.C. for eventual disclosure to the public, but finds that the base's personnel are less than eager to participate.

SG-1 is called into action while a film crew is documenting the Stargate program, but the S.G.C. comes under investigation after the mission goes terribly wrong.

SG-1 investigates a secret N.I.D. laboratory, where a ruthless scientist has used cloning technology to create a Goa'uld-human hybrid.

The newly-elected president is debriefed about the Stargate program, and Vice President Kinsey makes a new play for control of the program.

O'Neill goes to great lengths to keep the Ancients' knowledge from falling into Goa'uld hands when the team discovers a second repository. The President replaces General Hammond with a civilian diplomat.

Anubis begins a systematic assault on Earth, and the planet's only hope of salvation depends on whether SG-1 can find the Ancients' mythical Lost City.