Anubisz egy ügyes trükkel megtámadja a Földet: gyenge energiajeleket küld a Földi Kapu felé, amelyek nagy részét az Írisz elnyeli ugyan, de a Kapu így is lassan túltöltődik. Időközben Teal'c-et felesége halálos ágyához hívják, ahol szembesülnie kell azzal, hogy a fia igencsak haragszik rá.

A CSK1 egy elhagyott goa'uld anyahajóra bukkan, ami Föld körüli pályán kering. Hamarosan rájönnek, hogy ez ugyanaz a hajó, amin korábban Thor is raboskodott. Amikor átszállnak a hajóra, hogy elfoglalják, rájönnek, hogy egy vírus vette át a hatalmat a gépek fölött. A hajó irányíthatatlanná válik, és elkezd zuhanni a Föld felé, ráadásul Anubisz is tartogat még meglepetéseket.

A CSK1 visszatér az Antarktiszra, ahol a tudósok egy csoportja fantasztikus leletre bukkan: egy fiatal nő teljesen épen megmaradt testére. A vizsgálatok során kiderül, hogy a nő még életben van. Frasier doktornő segítségével sikeresen életre is keltik, majd meg is próbálnak kommunikálni vele, ám sikertelenül. Hirtelen azonban az egyik tudós nagyon rosszul lesz.

Carter őrnagyot az éjszaka közepén felhívja egy Richard Flemming nevű kutató, aki közli, hogy az Arthur Conrad-del kapcsolatban álló Immunitech Kutatóintézet meg nem engedett kísérleteket folytat. Flemming másnapra eltűnik, ami elég indok arra, hogy a Parancsnokság vizsgálatot kezdjen az ügyben.

Az O'Neill ezredes testébe beültetett szimbióta átveszi O'Neill felett az uralmat, és elhagyja a Tok'ra bázist, így senki sem tudja, hogy hová mehetett, és miért. Mint később kiderül, Baal egy titkos helyőrségébe igyekszik, hogy megtaláljon és kiszabadítson valakit. Azonban a következményeket O'Neill testének kell viselnie.

Jonas volt otthona, a Kelowna, azzal a kéréssel fordul a Földhöz, hogy nyújtson nekik segítséget egy minden bizonnyal az ő vereségükkel véget érő, vészesen közelgő háborúban. A tárgyalások során az egyik kelownai tudós, Jonas volt mentora megosztja egykori tanítványával, hogy ő valójában egy titkos szervezet tagja, aminek az a célja, hogy megdöntse a kelownai kormányt, és megakadályozza a háborút. A CSK1 megpróbálja felkutatni az ellenállókat, hogy kiderítsék a részleteket.

A CSK1 egy tudományos kutatás során egy Khonsu nevű goa'uld fogságába esik. A csapattal levő tudósok közül ketten a CSK1 után indulnak, hogy kiszabadítsák őket a fogságból. Mivel senki sem szólt nekik, ők nem tudják, hogy Khonsu valójában Tok'ra kém, és a CSK1 szándékosan esett fogságba, hogy találkozhasson vele, és megtudhasson bizonyos fontos információkat.

A Tok'ra és Jaffa menekülttáborban szabotázs történik, számos menekült rejtélyes gyilkosság áldozatává válik. Carter és Bra'tac végül megsejti, hogy Ashrak-kal van dolguk, aki nem más mint egy különleges Goa'uld asszaszin, aki ilyen mivoltából adódó különleges képességei mellett még egy speciális technikai eszközzel is rendelkezik, ami pedig képes láthatatlanná tenni őt. Amikor Ashrak újra lesújt, Bra'tac megmenti a Tok'ra vezér, Malek életét. Carter őrnagynak végül sikerül egy olyan eszközt készítenie, ami megzavarhatja az asszaszin láthatatlanságát.

A CSK-1 tagjai számára felajánlanak egy a csodával határos módon gyógyító narkotikumot. Ennek okán a CSK-1 a Tok'rak segítségével kutatásokba kezd a bolygón és felfedezik, hogy a csodaszer valósággal megfizethetetlen.

Egy riporternőnek hála a Parancsnokság kényes helyzetbe kerül: az a veszély fenyeget, hogy a közvélemény tudomást szerez a Prométheusz projektről, vagyis a harmadik olyan űrhajóról, amiben idegen technológiát is felhasználtak. Nagy nehezen sikerül kompromisszumot kötni, aminek eredményeképpen a riporternő forgathat a fejlesztés helyszínén. Azonban a forgatócsoport szakadár ügynökökből áll, akik elrabolják a hajót, majd Frank Simmons és Adrian Conrad szabadon engedését követelik.

A CSK1 úgy dönt, hogy segít az Asgard-oknak. Útjuk a Halan-ra vezet, az egyik Asgard bolygóra, amit elárasztottak a replikátorok. A feladatuk az, hogy beindítsanak egy olyan szerkezetet, ami jelentősen lelassítja az időt. Azonban hamarosan szembesülnek vele, hogy a szerkezet beindult, csakhogy az idő kereke gyorsabban forog, ráadásul a replikátorok egy új nemzedéke jelent meg.

Egy idegen bolygóról a Földre hozott szerkezetnek hála kezdetben Jonas, majd szépen sorban mindenki a bázison, furcsa idegen lényeket kezd látni. Ezek a furcsa lények - amelyek egy másik dimenzióban léteznek - teljesen ártalmatlanok. Hamarosan kiderül, hogy a képesség, amivel látni lehet őket, érintés útján terjed, így nemsokára a külvilágból is érkeznek visszajelzések.

Kinsey szenátort meggyilkolják, és az első számú vádlott nem más, mint O'Neill ezredes, akinek nincs alibije a kérdéses időpontban. Bár minden összevág, Hammond tábornok nem mond le könnyen kedvenc emberéről, és elrendeli a CSK1 tagjainak, hogy járjanak az ügy végére.

Maybourne ezredes felkeresi O'Neill-t, és közli vele, hogy be tudja juttatni a CSK1-et abba a fegyverraktárba, amit Simmons ezredes annyira keresett. A feltételei azok, hogy cserébe elnöki kegyelmet akar és a CSK1-gyel akar tartani a küldetésen. Ám amikor a csapat eljut a helyszínre, Maybourne és O'Neill nem oda kerülnek, ahová azt tervezték.

Az orosz csapat váratlanul megérkezik a bázisra, és egy vendéget is hoz magával, aki elmondja, hogy Nirrti különös kísérleteket folytat a népével. Az idegen egyre rosszabbul érzi magát, majd meghal. A CSK1 elindul, hogy segítsen az említett népen, és ha kell, végezzen Nirrti-vel.

A Pentagon kénytelen felfedni a Csillagkapu-program létezését más földi kormányoknak, és Hammond tábornoknak ezt meg kell védenie az Egyesült Államok nevében. A szenátor mindent elmond a résztvevőknek az ellenséges civilizációkról és a több ezer még ismeretlen bolygóról. És arról is, hogy a Föld hatalmas veszélyben van, ami - a szenátor szerint - a tábornoknak és a CSK1-nek köszönhető...

A CSK1 három hajótöröttre bukkan egy elhagyott bolygón. Amikor beszédbe elegyednek velük, rejtélyes idegenek támadják meg őket. A CSK1 úgy dönt, hogy segítséget nyújt a kis csapatnak, azonban hamarosan kiderül, hogy a szerencsétlenül járt hajó rabokat szállított...

Teal'c-nek folyamatosan rémálmai vannak. Az epizód is álomszerű, hiszen a CSK1-et tűzoltó-alakulatként ábrázolja egy autóbalesetnél. Teal'c van azonban a középpontban, aki ismét szembe kerül Apophis-szal. Teal'c-nek egy személyes kalandban is része lesz, ami nemcsak a saját, hanem az egész Jaffa faj jövőjét is meghatározhatja.

A CSK-1 a Prométheusz-program tesztelése közben váratlan események hatására egy idegen bolygón reked. A csapat megismerkedik a helyi, számukra eddig ismeretlen lakosokkal, a Tagreakkal. Ám az elsőre roppant szimpatikus lények a hazajutás egyetlen esélyét akadályozzák meg azzal, hogy a Csillagkaput nem ismerik el.

A CSK1 egy olyan bolygóra kerül, melynek népe azt kéri, hogy szabadítsák fel őket a goa'uld Mot nagyúr igája alól. Eközben Jonas-nak furcsa víziói támadnak, és képes lesz látni a jövő egyes eseményeit.

A CSK1 Daniel-nek hála, tudomást szerez róla, hogy Anubisz az Abydos felé tart, ahol Ré szemét, egy ősi kincset keres. A csapatnak meg kell hát akadályoznia, hogy Anubisz megszerezze a nagy hatalmú ereklyét...