טרגדיה מפגישה את טיאלק יחד עם בנו, שמאשים אותו על מות אימו. אוניל וקרטר מוציאים לפועל תוכנית מסוכנת עם טכנולוגיה שלא נבדקה כאשר כדור-הארץ מותקף על ידי הגאולד.

קרטר חייב למצוא דרך להציל את כדור-הארץ מהרס מוחלט על ידי-הגאולד, שהפכו את הסטארגייט לפצצת יום הדין. בעוד רייאק מצטרף לאביו במשימה להרוס את כלי הנשק שברשותם של הגאולד.

ס"ג-1 עולים על סיפונה של ספינת אם נטושה של הגאולד לאחר שזו מגיעה באופן מסתורי למסלול סביב כדור-הארץ, כעת עליהם להימלט מהחללית בעודה מתרסקת לתוך האוקיינוס.

ס"ג-1 חוקרים את גילויה של אישה קפואה בקרח באנטארקטיקה, אשר עשויה להיות קשורה אל בוני השער. אך במקביל, מחלה מסתורית מאיימת להרוג את כולם בבסיס המחקר.

קרטר, טיאלק וג'ונאס חוקרים את מותו של מדען בעל קשרים עם הגאולד, ומוצאים עיירה קטנה שאזרחיה מחזיקים בסוד אפל. הכל מסתבך כשהם מגלים שגם סוכנות הביון מודעת למתרחש.

אוניל נלכד ומעונה שוב ושוב על ידי הגאולד בעל, בנסיון לדלות מידע משיתופן הטוקרה שלו, אך אוניל אינו מצליח לזכור. כעת עליו להסתמך על ידיד ותיק שיעזור לו להישאר בחיים.

אנשיו של ג'ונאס מבקשים מכדור-הארץ עזרה צבאית במלחמה עתידית עם מדינות יריבות, אך מורהו לשעבר של ג'ונאס מציע פתרון חלופי: תנועת התנגדות המוכנה להפיכה מדינית.

כאשר צוות ס"ג-1 נתפסים על ידי הגאולד, זוג מדענים שלומיאלים יוצא למבצע הצלה... בין אם הם רוצים או לא.

המתחים עולים בין הטוקרה למורדים בקרב הג'אפה, כאשר הם נמצאים תחת התקפה של אויב בלתי נראה.

עולם זר מציע לכדור הארץ תרופה עם הכוח לרפא כל מחלה - אבל המחיר הנסתר עשוי להיות גבוה מדי לשלם.

כתבת חדשות מאיימת לחשוף פרויקט צבאי סודי ביותר, אבל כאשר קרטר וג'ונאס מעבירים לה סיור על חללית חדשה, הם מגלים כי היא כלי משחק על לוח גדול הרבה יותר.

הצוות נקרא לקרב באופן בלתי צפוי כאשר עולם הבית של האסגרד מוצף על ידי משכפלים - אשר התפתחו לצורה חדשה ומדהימה.

הצוות חוזר לכדור-הארץ עם מכשיר טכנולוגי המאפשר להם לראות יצורים זרים בכל מקום, כעת עליהם לנסות ולהכיל את הבעיה כאשר היא מתפשטת מעבר לבסיס.

קולונל אוניל מואשם ברצח הסנטור קינסי, ושאר חברי הצוות חייבים לחשוף קונספירציה כדי לנקות את שמו.

קולונל אוניל לכוד על כוכב זר עם מייבורן. כעת עליו להילחם כדי להישאר בחיים בעוד שותפו למסע הופך פרנואידי יותר ויותר.

ס"ג-1 מנסים להציל את תושביו של כוכב עני מניסוי גנטי של נירטי, אבל מוצאים את עצמם כקורבנות הבאים שלה.

בפרק לקט מיוחד, גנרל האמונד והפנטגון חושפים את קיומו של הסטארגייט לממשלות עולם אחרות, כעת עליו להגן על העובדה שהתוכנית מופעלת על ידי צבא ארצות הברית.

הצוות מוצא ספינה שהתרסקה על כוכב אחר, אך המאמצים שלהם לסייע לתיקוני הספינה מופרעים על ידי קבוצה של חייזרים.

מקרה של כמעט מוות גורם לטיאלק לדמיין את חייו שונים מאוד מזה שהוא מכיר, חיים בהם הוא אדם נורמלי החי על כדור-הארץ - עד שהוא לא מצליח להבחין יותר בין מציאות לחלום.

הצוות מוצא עולם עני המשועבד על-ידי הגאולד בעל, אבל התוכניות שלהם לשחרר אותו עשויות להיפגע כאשר ג'ונאס חווה חזיונות בלתי מוסברים על העתיד.

בפרק האחרון לעונה, ס"ג-1 נקראים להגן על אנשי אבידוס מן הגאולד בשנית כאשר הם לומדים כי אנוביס, בחיפוש אחר מכשיר רב עוצמה, עומד לתקוף.