Teal'c is gehersenspoeld door Apophis en is nu weer zijn rechterhand geworden.

Na het avontuur met Apophis en de Replicators is SG1 weer terug in de SGC, maar Teal'c is nog steeds loyaal aan Apophis. Bra'tac laat hem een ritueel ondergaan zodat hij weer de oude zou moeten worden.

SG-1 vindt een uitgestorven beschaving met een hypermodern kanon. Carter wordt bezocht door een Ascended wezen, die vertelt dat hij het kanon heeft gegeven, maar dat de beschaving na het tegen de Goa'uld te hebben gebruikt ook tegen elkaar hebben gebruikt. Carter moet het testvuren stoppen.

Een buitenaards wezen doet de leden van SG-1 geloven dat hij het vijfde lid van SG-1 is.

SG-1 wordt op K'tau verwelkomd door de godsdienstige leider van de planeet. Deze beschouwt de rode hemel bij hun aankomst als een teken van hun goden. Wat hij niet weet is dat de rode kleur een reactie is op het wormgat, dat de naderende ondergang van de planeet aankondigt.

Cassandra, die ondertussen de leeftijd van een tiener heeft bereikt, wordt ernstig ziek. De genezing ligt op de planeet waar ze vandaan komt.

De Unas waar Daniel vriendschap mee heeft gesloten wordt door een groep jagers meegenomen naar een planeet waar de Unas slaven zijn.

De Russen vragen SG-1 om hulp nadat een archeologisch team verdwenen is.

De Tollan willen opeens hun technologie van het ionenkanon geven aan de aarde. Er blijkt echter meer aan de hand te zijn.

SG-1 komt in contact met de Aschen, een technologisch geavanceerd ras. SG-1 kent echter niet hun duistere geheim.

Adrian Conrad, een schatrijke maar doodzieke man, heeft van de Russen een Jaffa gekocht en wil zijn symbiont gebruiken om te genezen. Hiervoor heeft hij Carter nodig omdat die ooit een drager van een symbioot is geweest. O'Neill krijgt hulp van Maybourne.

Er wordt een televisieserie opgenomen die gebaseerd is op het Stargate gebeuren.

Er worden vier nieuwe rekruten door Jack O'Neill opgeleid om in een SG-team te voegen. Tijdens de training wordt de SGC overgenomen en moeten O'Neill en zijn rekruten de SGC bevrijden.

Als Teal'c Tantih doodt, stort zijn Al'Kesh op de Stargate terwijl Teal'c nog onderweg is. Hij komt vast te zitten in de Stargate. SGC probeert alles om hem terug te krijgen en wordt niet geholpen door een oude bekende.

De oorlog tussen de Tok'ra en de Goa'uld escaleert. Daniel infiltreert in een geheime bijeenkomst van de Goa'uld.

Door de komst van Osiris (die het lichaam heeft van Daniel's ex-vriendin) komt de missie van Daniel in gevaar.

Een enorme asteroïde komt op de aarde af. SG-1 gaat een atoombom plaatsen om de aarde redden.

Een rebellen Jaffa leger wil een verbond sluiten met de Aarde.

SG-1 vind een jonge vrouw die de Replicators kan controleren en die misschien de sleutel is tot de redding van Asgard.

Een planeet die beschermd werd door de Sentinel is door NID ontregeld. De veroordeelde NID agenten moeten de Sentinel repareren.

Nadat een beschaving het element Naquadria heeft ontdekt en er een massavernietigingswapen van probeert te maken, gaat het bijna mis en weet Daniel een ramp te voorkomen. Hierbij wordt hij besmet met straling en in zijn sterfbed wordt hij door Oma Desala opgeroepen om een 'ascended being' te worden.