ס"ג-1 מוצאים את עצמם תקועים בספינה הרוסה בגלקסיה מרוחקת - בעוד אפופיס מאיים להשמיד אותם. טיאלק עובר שטיפת מוח והופך נאמן לאפופיס.

לאחר שמוחו השתנה על ידי אפופיס, טיאלק חייב לעבור טקס שייקח אותו אל קצה המוות עצמו כדי שיוכל לגלות מחדש את מי הוא.

יישות חייזרית מתאהבת בקרטר ועוקבת אחריה לכדור הארץ. שם היא לובשת צורה אנושית ומבקשת לנהל עימה מערכת יחסים רומנטית.

אוניל וסגן טיילר מאוימים על ידי כוחות גאולד ונלכדים מאחורי קווי האויב - אלא כשטיאלק, ג'קסון וקרטר חוזרים לכדה"א כדי לבקש סיוע, הם מגלים שבמפקדת הסטארגייט לא יודעים כלל מי הוא טיילר.

ס"ג-1 מגלים כי המסע האחרון שלהם דרך הסטארגייט ייתכן וחרץ את גורלה של ציוויליזציה שלמה.

קסנדרה נופלת למשכב, מה ששולח את ס"ג-1 בחזרה לכוכב הבית שלה - שם הם חושפים סוד גאולד אפל הנוגע לטקסים שעוברים בני נוער ועדויות לקשר עם הגאולד נירטי.

ס"ג-1 מגלים חברה המשתמשת באונאסים כעובדי כפייה, ומנסים לשחרר את ידידו של דניאל, צ'אקה.

ס"ג-1 חוברים ליחידה רוסית כאשר אחד מצוותי הסטארגייט שלהם נעלם במקדש חוצני מסתורי. כשהם מגיעים לשם הם מגלים את הסיבה להיעלמות הצוות וכמו כן, את המניע של הרוסים למשימה.

הטולאן מציעים לכדה"א את טכנולוגיית הנשק המתקדמת שלהם, מה שמוביל לחקירה חשאית על טולאנה, שמובילה לגילוי מדהים.

ס"ג-1 פוגשים בבעלי ברית חדשים, בעלי טכנולוגיה ומתקדמים ששותפים למלחמתם נגד הגאולד - אם כי הם לא מכירים את סודם האפל של אסשן ומניעיהם.

כאשר קרטר נעלמת במזימה הכוללת את הגאולד, אוניל שוב חובר לקולונל מייבורן על מנת לשחרר אותה.

ספינה זרה מתקרבת לכדור הארץ ששולחת את ס"ג-1 לחבר וותיק שבידיו כמה תשובות - שם הם מגלים כי מרטין לויד יצר תוכנית טלוויזיה על תוכנית הסטארגייט.

ס"ג-1 מאמנים צוות של צוערים, וקולונל אוניל נאלץ לקחת אותם איתו למצב קרב אמיתי כאשר הוא לומד על פלישה זרה אפשרית במפקדת הסטארגייט.

אסון פוגע בסטארגייט ולוכד את טיאלק בעודו עובר דרכו. כעת על ס"ג-1 לפנות לרוסיה ולאויביה לעזרה, בטרם ינותק הקשר עם הסטארגייט ואיתו יאבד הסיכוי להציל את טיאלק.

המלחמה בין הטוקרה לגאולד מסלימה, והסיעה המורדת שולחת את דניאל ג'קסון לפגישה סודית בין אדוני המערכת.

משימתו החשאית של ד"ר ג'קסון להסתנן לפסגה של הגאולד מסתבכת עם בואו של אורח מפתיע. שאר הצוות עומד בפני הפלישה בהיקף מלא על עולם הבית של טוקרה.

מנהיג כריזמטי בקרב הג'אפה מציג עצמו כמורד מצבאו של אימהוטפ ומבקש לכרות ברית בין כדור-הארץ לבין חסידיו המורדים, וזוכה בנאמנותם של טיאלק וברייטאק.

ס"ג-1 פוגשים אישה צעירה עם היכולת לשלוט במשכפלים, ומי שיכולה להחזיק את המפתח לישועה של האסגרד.

ס"ג-1 חייבים לפנות לזוג פושעים שהורשעו בעון גניבות שבוצעו בשם כדה"א ובחסות סוכנות הביון, כדי להציל את עולמם מן ההשמדה על ידי גאולד, לאחר שאלו גנבו את האמצעי היחיד שהגן עליהם.

דניאל ג'קסון מואשם באסון דיפלומטי, לאחר שהוא נחשף למינון קטלני של קרינה בעת ביקור בציוויליזציה זרה הבונה נשק להשמדה המונית וכעת הוא עומד בין חיים למוות.

בפרק האחרון לעונה, ס"ג-1 חייבים לבוא להציל את בעלי בריתם פעם נוספת כאשר הגאולד תוקפים מעבדת אסגרד סודית.