A seguito del naufragio della nave di Thor nell'oceano, i replicatori hanno preso il controllo di un sottomarino russo: O'Neill, Jaskson e Teal'c cercano di fermarli, mentre Carter nella galassia degli asgard, cerca di aiutarli a difendersi da un attacco dei replicatori al loro mondo natale.

Alcuni umani del pianeta Euronda, costretti a vivere in una base sotterranea a causa di una guerra, chiedono aiuto ai terrestri, proponendo di scambiare acqua pesante con la loro tecnologia. La SG-1 si reca sul pianeta per trattare l'accordo, ma Daniel Jackson non è convinto dall'onestà degli eurondiani, mentre O'Neill si insospettisce notando degli atteggiamenti razzisti verso Teal'c.

Una tok'ra arriva sulla Terra per sperimentare alcuni bracciali che potenzierebbero le qualità fisiche degli umani, ma che non funzionano su soggetti con un simbionte come Teal'c o gli stessi tok'ra. Gli altri membri della SG-1 si offrono come cavie; dopo qualche tempo, però, sebbene le loro vite siano a rischio, non riescono più a rimuovere i bracciali; disobbedendo agli ordini del generale Hammond, i tre decidono quindi di cercare di distruggere una nuova potente nave che Apophis sta costruendo.

Shan'auc, una jaffa, si presenta sulla Terra sostenendo di essere riuscita a comunicare col suo simbionte, che è sul punto di diventare maturo, e a convincerlo che le azioni degli altri goa'uld sono malvagie, e che quindi il simbionte desidera unirsi ai tok'ra. Questi vengono quindi avvisati della situazione, e riescono a trovare un nuovo corpo per il goa'uld; poco tempo dopo, però, Shan'auc viene trovata morta.

Dopo che il maggiore Graham ha tentato senza apparente motivo di uccidere dei tok'ra, questi informano i terrestri che i goa'uld hanno sviluppato una tecnologia in grado di costringere degli umani o dei tok'ra a compiere delle azioni, senza tuttavia esserne consapevoli. Mentre si prepara una riunione tra il consiglio dei tok'ra e il presidente degli Stati Uniti, il personale del comando Stargate viene sottoposto ad un test, il quale suggerisce che O'Neill e Carter potrebbero essere stati condizionati.

A seguito di un malfunzionamento di un congegno degli antichi azionato da uno scienziato alieno, O'Neill e Teal'c si ritrovano intrappolati in un anello temporale, costretti a rivivere lo stesso periodo di dieci ore.

Non riuscendo ad attivare lo stargate, il comando scopre che i russi hanno recuperato quello precipitato nell'oceano e lo hanno attivato, ma non riescono più a disattivarlo. La SG-1 si reca nella base russa, scoprendo che il dispositivo riceve energia da un mondo alieno completamente coperto d'acqua, mentre tutto il personale della base è morto.

Il dottor Jackson, su un pianeta per condurre alcuni scavi archeologici, viene catturato da un Unas; la SG-1, inviata alla sua ricerca, scopre che un'altra squadra è stata sterminata e che le acque del pianeta sono piene di simbionti goa'uld.

Dopo aver trasferito l'intera popolazione degli enkariani su un nuovo pianeta, la SG-1 scopre che un'astronave lo sta modificando profondamente, rendendolo inabitabile. La squadra riesce a stabilire un contatto con l'astronave, nella quale un robot afferma di stare terraformando il pianeta per renderlo abitabile ad una specie al limite dell'estinzione, e di non potersi dunque fermare.

Un uomo di nome Martin Lloyd si mette in contatto con il comando Stargate, affermando di essere un alieno e di essere a conoscenza del programma, nonché di essere in possesso di un'astronave. La SG-1 lo contatta, ma mentre indagano sul suo psichiatra il dottor Jackson e Carter vengono rapiti ed interrogati.

Durante il volo di prova di nuovo aereo, l'X-301, basato su tecnologia goa'uld, si attiva un dispositivo di sicurezza che inserisce una rotta verso Chulak, portando il prototipo nello spazio insieme a O'Neill e Teal'c, che si trovavano a bordo. L'unica speranza di salvarli sembra essere un'astronave tok'ra nelle vicinanze della Terra, che tuttavia è in missione segreta.

In seguito alla morte del suo vecchio professore, Daniel Jackson ritorna alla sua università; analizzando i reperti su cui stava lavorando il professore, scopre un vaso contenente un simbionte goa'uld morto, e scopre che un secondo vaso è andato perso.

Teal'c, su Chulak per organizzare una ribellione jaffa, viene catturato da Heru-ur. Nel frattempo il resto della SG-1, all'oscuro dell'accaduto, cerca di sabotare l'alleanza che si sta per formare tra Apophis ed Heru-ur, il quale intende offrire Teal'c come dono al suo ex nemico.

Il generale Hammond annuncia il suo ritiro, e il suo sostituto, il generale Bauer, appena insediato scioglie l'SG-1, ordinando al maggiore Carter di aiutare la costruzione di una nuova bomba al naquadah. Il colonnello O'Neill, non convinto della sincerità del generale Hammond, si rivolge a Maybourne, il quale gli indica una possibile cospirazione dell'NID. Nel frattempo, la bomba al naquadah viene testata su un pianeta, ma lo stargate non riesce a scollegarsi.

Nel 2010, la Terra ha sconfitto i Goa'uld grazie all'aiuto degli Aschen; lo Stargate è stato reso pubblico e la tecnologia ha fatto molti passi avanti. Cercando di scoprire perché non riesce ad avere figli, tuttavia, Carter scopre che i farmaci che gli Aschen hanno fornito per allungare la vita dei terrestri li stanno rendendo progressivamente sterili, questa è un'astuta tattica per riuscire nel lungo periodo, a conquistare l'intero pianeta. Riunitisi per trovare una soluzione, gli ex membri della SG-1 hanno l'idea di spedire un messaggio nel passato per evitare che gli umani contattino gli Aschen, evitando così che si stringa l'alleanza con essi. Il piano ha successo e il messaggio giunge a destinazione. Le coordinate del pianeta degli Aschen vengono cancellate dal computer del Comando Stargate.

L'Harcesis (Istinto materno) appare su Abydos e viene quindi portato sulla Terra; i membri del comando, specialmente Jackson, cercano di convincerlo a sottoporsi ad una procedura in grado di rivelare agli umani l'intera conoscenza genetica dei goa'uld.

Indagando sul suicidio di un membro della SG-5 e sulla debolezza degli altri membri della squadra nonché di Daniel Jackson, la SG-1 scopre su un pianeta un dispositivo che emana una luce bellissima, che tuttavia provoca dipendenza, alla quale sembra essere immune solo un ragazzo trovato sul posto.

Per aiutare una cadetta dal carattere ribelle ma dal grande potenziale, il maggiore Carter decide di portarla con sé in una missione attraverso lo stargate. Durante questa, la squadra viene però attaccata da esseri di pura energia.

Nel corso di un'esplorazione con una sonda in un mondo abitato da creature elettroniche, un'entità aliena riesce ad infiltrarsi nei computer della base; dopo un primo tentativo di distruggerla, questa si trasferisce nel corpo di Carter, rivelando che la sonda terrestre ha causato un disastro sul suo mondo.

Su un pianeta che avevano liberato da Heru-ur, la SG-1 scopre che il goa'uld Cronus ha conquistato il pianeta, schiavizzando gli abitanti. Quando Daniel è ucciso, si scopre tuttavia che questi erano i loro duplicati robotici (Trasferimento di coscienze), mentre Harlan, il loro creatore, chiede aiuto alla Terra per salvarli.

La SG-1 aiuta i tok'ra ad evacuare il loro pianeta, la cui posizione è stata scoperta da Apophis. Per distruggerlo Jacob Carter si prepara a lanciare lo stargate contro il sole, facendolo così esplodere, ma mentre si preparano vengono attaccati da alcuni al'kesh. O'Neill e Teal'c cercano di rispondere al fuoco, ma vengono abbattuti; Teal'c viene catturato da Apophis, mentre il colonnello riesce a salvarsi. Il sole esplode, ma le due navi, quella dei tok'ra e quella di Apophis, vengono spedite a più di quattro milioni di anni luce di distanza.