Az egyik replikátor túléli Thor hajójának becsapódását és eljut a Földre. Ám, ha nem sikerül megállítani mielőtt még szaporodni kezdene, a Földnek még a Goa'uld-oknál is nagyobb fenyegetéssel kell szembenéznie.

A Csillagkapu Parancsnokság segélykérő jelzést fog egy másik bolygóról. A bolygólakókat ugyanis az ellenségeik miatt pusztulás fenyegeti. A CSK1 elutazik a bolygóra, hogy segítsen, de ahogy a helyzet egyre súlyosabbá válik, felfedezik, hogy nem minden az, aminek látszik.

Egy Tok'ra archeológus fontos dolog miatt látogat el a Csillagkapu Parancsnokságra. Feladata az, hogy megvizsgáljon egy eszközt, amelynek a segítségével a CSK1 emberfeletti dolgokra képes.

A Csillagkapu Parancsnokság vendégül lát egy nőt Teal'c múltjából. A Jaffa azt állítja, hogy képes kommunikálni a szimbiontájával és így sikerült meggyőznie, hogy a Goa'uld-ok ellen forduljon. Ha pedig ez igaz, akkor a szimbiota rengeteg információt nyújthat.

Amikor a Csillagkapu Parancsnokság egyik tagja megőrül és megpróbál megölni egy Tok'ra tisztviselőt, kiderül, hogy a katona olyan Goa'uld agykontroll eljárásnak volt az áldozata, ami erőszakos, öngyilkos tettekre programozza be az embereket. A Tok'ra-k ezért a Csillagkapu Parancsnokság teljes személyzetét átvizsgálják és műszereikkel azt találják, hogy Carter és O'Neill is áldozatul estek az agymosásnak.

O'Neill és Teal'c egy hiba folytán váratlanul bent ragadnak egy időhurokban. Ennek hatására pedig folyamatosan újraélnek néhány órát a Csillagkapu Parancsnokságon.

Az oroszok felszínre hozták az óceán mélyén fekvő Csillagkaput és titokban küldetéseket vezetnek. Az egyik ilyen akció után azonban nem csukódik be a kapu. Kénytelenek hát felfedni a titkukat és a CSK1 segítségét kérni.

A CSK1 tagjai egy szédületes utazásban vesznek részt, amikor ellátogatnak a Goa'uld szimbionták anyabolygójára. Ám amellett, hogy kiderül, hogy ezt a planétát más fajok is lakják, a CSK1 még komoly veszélybe is kerül.

A CSK1 komoly erőfeszítések árán sikeresen áttelepített egy civilizációt egy új bolygóra. Ám ekkor döbbennek rá, hogy a bolygót egy másik civilizáció éppen megsemmisíteni készül.

A CSK1 kapcsolatba kerül egy összeesküvés-elméletekkel foglalkozó alakkal, aki már hallott a Csillagkapuról. Ráadásul azt hiszi magáról, hogy földönkívüli és halvány emlékei is vannak egy idegen életformáról.

A légierő átépít egy zsákmányul ejtett halálsiklót. O'Neill ezredes és Teal'c azok, akik kipróbálják a gépezetet, ám az űrben elveszítik az irányítást a jármű felett.

Amikor egy korábbi oktatója és munkatársa meghal, Daniel Jackson úgy dönt, hogy visszatér a gyökereihez. Ekkor fedez fel egy ősi egyiptomi leletet, melyben egy Goa'uld szimbionta van.

Amikor Apofisz és Horusz szövetségre lépnek egymással, a CSK1-nek meg kell állítania őket. Teal'c a Chulak-ra megy, hogy segítséget kérjen a Jaffa harcosoktól, ám ott fogságba esik.

Amikor Hammond tábornok váratlanul kilép a Parancsnokságról, O'Neill azonnal sejti, hogy valami nem stimmel a háttérben, és többről lehet szó, mint amit a tábornok hivatalosan elmondott.

Egy lehetséges jövőben a készséges Aschen faj segítségével a Föld legyőzte a goa'uldokat, virágzik a gazdaság, a technológia soha nem látott fejlődésen ment át. Azonban Dr. Fraiser és Carter sötét titkot fedez fel új patrónusaink számítógépein.

A CSK-1 rátalál Apophis és Shau're közös gyermekére, a goa'uldok minden tudását birtokló Harsesis gyermekre. A bázison feltárja tudását Dr. Jackson tudata előtt.

O'Neill csapata egy goa'uldok által elhagyott bolygóra érkezik, ahol egy csodás fénnyel elárasztott épületet találnak. Csakhogy a fény furcsa viselkedést vált ki a csapattagokból...

Carter egy rendkívül ügyes, de engedetlen tanuló útját egyengeti a Csillagkapu segítségével. A szokványosnak tűnő gyakorlat azonban halálos fordulatot vesz, amikor megtámadják őket.

Amikor a Csillagkapu Parancsnokságról szondát küldenek a következő kapucímre, kizárólag elektronikus életformákat találnak. Az adatközvetítés alatt egy hihetetlenül fejlett komputervírus jut be a bázis rendszereibe.

A CSK1 tagjai most olyan bajba keverednek, melyből egykönnyen nem szabadulhatnak. A Goa'uld Koronosz ugyanis fogságba ejti őket és elrendeli Daniel Jackson kivégzését.

A CSK1 legénysége meglátogatja a Vorash nevű bolygót, a Tok'ra lázongás bázisát. Carter és Jack O'Neill pedig beleássa magát a Tok'ra és Tau'ri stratégiába.