Hammond tábornok azon igyekszik, hogy kiszabadítsa a CSK1-et Hathor börtönéből. Eközben Teal'c visszatér a Chulak-ra, hogy a Jaffa-k között lázadást szítson - a Goa'uld-ok ellen.

A CSK1-nek meg kell találnia és megsemmisítenie egy Goa'uld rendszerurat. Seth ugyanis az egyiptomi forradalom óta a Földön rejtőzik és egy vallási kultusz vezetőjének adja ki magát.

O'Neill parancsnoknak, a CSK1-nek és az asgard-oknak tárgyalniuk kell a Goa'uld rendszerurakkal. Ezáltal ugyanis talán elérhetik náluk, hogy megkíméljék a Földet egy megsemmisítő támadástól.

A következő felderítésre váró csillagkapu cím egy kísérteties helyre röpíti a CSK-1 tagjait, ahol tucatnyi mumifikálódott goa'uld tetem hever a sötét, zárt teremben. Nem is időznek soká a baljós bolygón. Ám hazatérve Daniel hangokat hall és mindenféléket lát. A CSK1 tagjai ezért attól tartanak, hogy Daniel skizofrénné vált.

Dr. Samantha Carter és Kawalsky őrnagy egy párhuzamos valóságból érkeznek és menedéket kérnek a Csillagkapu Parancsnokságnál, mivel az ő világukat megtámadták a Goa'uld-ok. Ám ezzel kényelmetlen perceket okoznak O'Neill-nak és Carter-nek.

A CSK1 csapatát foglyul ejti egy fejvadász, aki azt tervezi, hogy átadja őket Szokarisz-nak. Egy feltétellel engedné csak őket szabadon, ha segítenek neki elfogni egy Goa'uld-ot.

A CSK-1 egy még a középkorban lévő világot látogat meg, ahol démonoknak hiszik őket és föl akarják ajánlani áldozatként az ördögnek.

A CSK1 az egyik küldetése során felfedez egy Jaffa kiképző tábort. Ám egy idő után megdöbbenve tapasztalják, hogy itt az ifjak halálos hadijátékokat gyakorolnak.

Nyugalmasan telnek a napjai a CSK1 csapatának. Ám ekkor Daniel Jackson újra találkozik a feleségével, s a viszontlátás következményei roppant fájdalmasak: a Shau're-t irányító goa'uld megpróbálja megölni a doktort. A goa'uld fegyver sugarának következményeként Daniel furcsa látomásokat tapasztal.

A CSK1 tagjai egy olyan világba kerülnek, ahol mindenki amnéziától szenved, és most őseiket keresik. Ekkor ráadásul még egy régi ismerőssel is találkoznak. Egy fiatal nő, Ke'ra különösen hasznosnak bizonyul a kutatásban. Ám később kiderül, Ke'ra nem annyira ártatlan, mint amilyennek látszik.

Samantha Carter őrnagynak komoly problémával kell megküzdenie, ugyanis tudomására jut, hogy apja egy rettegett, távoli goa'uld börtön foglya, és kiszabadításához szükség van Jolinar emlékeire. Ezért a CSK-1 most Martouffal tart a pokoli Netura, ahonnan még soha senki nem szökött meg - Jolinar kivételével.

A Netun kellemetlen meglepetések fogadták a CSK-1-et: Apophis él, és hatalmi törekvései erősebbek, mint valaha. Vallatni kezdi foglyait, miközben Teal'c egy tok'ra bombával tér vissza a Netu körüli pályára.

Carter és Teal'c magához térve döbbenten veszi tudomásul, hogy a Csillagkapu Bázis idegen befolyás alá került. Ezért segítséget kell hozniuk, még akkor is, ha az egyetlen ember, aki kihúzhatja őket a csávából egy régi, kellemetlen ismerős.

Skaara és szimbiótája, Klorel a tolláni tanács elé járul, hogy döntést hozzanak arról, kinek a tudata uralja ezentúl Skaara testét. Skaarát a CSK-1, Klorelt egy goa'uld rendszerúr képviseli. A háttérben azonban gonosz tervek szövődnek.

Kívülről úgy tűnik, a CSK-1 tagjai egytől-egyig megőrültek: furcsa viselkedésük mellett egy láthatatlan személyhez beszélnek. Ám valójában egy mesterséges tudat szállta meg a csapat elméjét.

Egy furcsa természeti jelenség következtében Jack O'Neill parancsnok egy idegen bolygón reked, és minden jel arra utal, hogy nincs remény a hazatérésre.

O'Neill ezredes technológiát lop a tollániaktól, és a Parancsnokságon is nemtetszését fejezi ki a Föld óvatoskodó diplomáciai teszetoszasága miatt, mialatt bolygónk komoly fenyegetettségnek van kitéve. A magából kifordult ezredest felmentik a szolgálat alól.

A CSK-1 meglátogat egy bolygót, ahol éppen egy ideológiai háború dúlt. Az ottani lakosok kémeknek titulálják a csapatot, és fogságba ejtik őket, de végül egy helybeli segítségével elszöknek.

A CSK1 tagjai ismét fontos küldetést teljesítenek. Céljuk az, hogy bármilyen eszközzel is, de megpróbálják még Apofisz előtt megtalálni a Harsesis gyermeket.

A CSK1 egy bolygóra látogat, ahol egy kristálykoponyát találnak. Amikor pedig Daniel közel lép hozzá, mindenki számára hallhatatlanná és láthatatlanná válik. Kiderül, hogy csak a nagyapja mentheti meg őt, aki egy ugyanilyen kristálykoponyát talált a Földön.

Thor O'Neill segítségét kéri egy, a Goa'uld-oknál többször veszélyesebb faj, a replikátorok ellen. Thor ugyanis tehetetlen velük szemben, ezért a CSK1-nek kell megmenteni a Földet és Thor-t.