El SGC envía una misión de rescate a la base de Hathor para traer de vuelta al SG-1. Estos, entre tanto, descubren a un Tok'ra infiltrado dentro de las filas de sus captores Goa'uld.

La Tok’ra revela al SGC que un Goa'uld, llamado Seth, ha estado viviendo escondido en la Tierra durante miles de años. Descubren que ahora lidera una peligrosa secta, por lo que el SG-1 deberá infiltrarse en ella y detenerle.

Los Asgard advierten al Comando Stargate que los Goa’uld planean atacar la Tierra. El SG-1, con ayuda de los Asgard, deberá negociar con tres Señores del Sistema Goa’uld para incluir a la Tierra dentro del Tratado de Planetas Protegidos.

El SG-1 encuentra varios esqueletos de humanos y simbiontes dentro de una cámara en otro mundo. Al regresar, Daniel muestra signos aparentes de esquizofrenia. La causa, y la solución, se encuentran en unos dispositivos creados por Machello.

El SG-1 comercia con un mundo donde el conocimiento es "cosechado" en los niños, y luego repartido entre toda la gente. O’Neill y Carter se sienten conmovidos por esta situación e intentan impulsar a estos niños a "aprender" de la vieja manera

Usando el espejo Quantum, una Samantha Carter y un Charles Kawalsky alternativos llegan a nuestra realidad, desde una Tierra que ha sido invadida por los Goa'uld. Es deber del SG-1 ayudarlos a salvar su mundo.

El SG-1 es capturado por un cazarrecompensas, quién los utiliza para atrapar a un Goa'uld fugitivo. El equipo, usando todos los medios posibles, intentará escapar, o al menos convencer a su captor de que los deje libres.

El SG-1 llega a un mundo controlado por un Unas poseído por un Goa’uld, quién utiliza la figura del “Demonio” para someter a la gente mediante el miedo. El equipo deberá demostrar que no son demonios, para poder liberar a estas personas.

El SG-1 descubre un mundo donde Apophis entrenaba esclavos humanos para infiltrarse en el SGC. Con el "día de la prueba final", con armas reales, aproximándose, el equipo tendrá que hallar la manera de contarles la verdad a estos soldados: Apophis es un falso dios y ha muerto.

Daniel logra hallar a su esposa Sha’re, pero ésta intenta matarlo usando un dispositivo manual Goa’uld. Teal’c, al ver esto, no tiene otra opción que matarla. Jackson entonces comienza a tener visiones de su esposa, quién le entrega un mensaje: Él debe hallar a su hijo.

El equipo llega a un mundo donde sólo hay gente joven, y todos han perdido la memoria. Investigando más a fondo, el SG-1 descubre que todo esto ha sido causado por una vieja conocida de ellos, que ahora ni siquiera sabe quién es.

Jacob/Selmak ha sido capturado por Sokar. Jolinar fue la única persona que logró escapar de la prisión lunar de Sokar, por lo que Carter deberá adentrarse en sus recuerdos para hallar el método. El SG-1 sin embargo es capturado, y descubre que un viejo enemigo está al mando de la prisión.

El SG-1 planea escapar de Ne’tu con Jacob/Selmak, pero para hacerlo necesitaran la ayuda de Teal’c, quién por su parte está a bordo de un Tel’tak preparado para lanzar un misil que destruirá la luna. Sin embargo, los eventos llevaran finalmente al ascenso de Apophis, quién ha vuelto de la muerte.

El Comando Stargate está bajo control de alienígenas, capaces de lucir y actuar como nosotros. La Mayor Carter deberá acudir a un viejo adversario para retomar la base.

Skaara/Klorel se estrella en Tollana. Allí, los Tollanos realizan un juicio para determinar quién tiene derecho a usar el cuerpo de Skaara: si Klorel, o el mismo Skaara. Mientras el proceso se realiza, el SG-1 descubre que el planeta está bajo la mira de los Goa’uld.

Una Inteligencia Artificial, llamada Urgo, es implantada en cada miembro del SG-1. La entidad resulta ser algo molesta, por lo que el equipo tendrá que contactar con su creador para removerla.

Un planeta amigable está a punto de ser destruido por una mortal lluvia de meteoros. Cuando están evacuando a los habitantes, un meteoro impacta en el Stargate, dejando a O’Neill atrapado en ese mundo.

Después de robar tecnología Tollana, Jack O’Neill es forzado a retirarse del ejército. No obstante, el Coronel Maybourne lo visita para ofrecerle un nuevo trabajo: dirigir un equipo SG rebelde dedicado a obtener tecnología alienígena avanzada de cualquier forma.

Jackson sabe que Harcesis (el hijo de Sha’re) está en un planeta llamado Kheb; con la ayuda de Bra’tac, el SG-1 llega allí, encontrándose con un monje zen, quien enseña a Daniel sobre los caminos de la Ascensión. Las cosas se complican, sin embargo, cuando tropas de Apophis llegan también buscando al niño.

El SG-1 halla un colosal zigurat Maya, en cuyo interior solo se encuentra una calavera de cristal. Al tocarla, Daniel desaparece. El equipo vuelve a la Tierra entonces, a buscar la ayuda del Dr. Ballad, abuelo de Daniel, quién hace mucho tiempo descubrió una calavera similar en Belice.

Una nave Asgard llega a la Tierra, y O’Neill es transportado a ella. Allí, Thor le revela que la nave ha sido infectada por el tan temido enemigo del que le había hablado con anterioridad: Los Replicantes. El SG-1 debe destruir la nave, antes de que aterricen e invadan el planeta.