Команда оказалась в плену у гоа’улда Хатхор, в её убежище, как две капли воды похожем на земную базу SGC. Наслаждаясь беспомощностью ЗВ-1, Хатхор устроила шоу, заставив Дэниэла и Саманту смотреть, как она вживляет Джеку личинку гоа’улда.

Джейкоб, отец Картер, привлек ЗВ-1 к поискам старейшего Гоа’улдовского Системного Владыки — Сета, спрятавшегося на Земле от гнева своих собратьев. Поиск в Интернете выявил, что на протяжении сотен лет Сет вербовал рекрутов в свою секту.

Главнокомандующий Азгардов, Тор, предупредил Джека о том, что Системные Владыки готовятся напасть на Землю, и предложил себя в качестве посредника между землянами и гоа’улдами. Для переговоров о судьбе Земли на базу генерала Хаммонда прибыло трое Системных Владык — Йю, Нирти и Хронос.

Во время плановой миссии команда ЗВ-1 обнаружила в запертой изнутри комнате тела гоа’улдов. Один их мертвецов держал в руках загадочную табличку, когда Дэниел её коснулся, он начал слышать голоса и видеть кошмары.

В рамках программы по обмену технологиями ЗВ-1 отправились на планету Орбан. Оказалось, что дети орбанцев накапливают в памяти знания, а затем с помощью наномашин передают их остальному населению планеты, но сами при этом теряют память и превращаются в изгоев.

На секретном объекте Зоны 51 объявились двойники Саманты Картер и майора Кавальского, погибшего два года назад. Их появление застало врасплох персонал базы. Двойники из параллельного мира переправились на Землю через квантовое зеркало, которым когда-то (в конце первого сезона) воспользовался Дэниел.

Рутинная разведывательная операция превратилась в погоню за беглым гоа’улдом, после того, как ЗВ-1 попали в невидимую ловушку, сооруженную из силового поля, и оказались в плену у охотника за головами Ариса Бока.

На одной из планет в средневековой деревне ЗВ-1 освободили привязанную к столбу молодую женщину. Местный монах Саймон объяснил им, что Мери предназначалась в жертву демону, который уже много лет досаждает жителям деревни.

Выйдя из Врат, ЗВ-1 неожиданно очутились в центре сражения между солдатами в форме SGC и отрядом джаффы. Команда бросилась на помощь «своим», решив, что, наконец-то, нашлась пропавшая команда ЗВ-11.

ЗВ-1 отправились на Чулак, чтобы спасти Абидосианов от очередного визита гоа’улдов. Во время схватки Дэниэл заметил, что из близлежащей палатки за ними наблюдает… его пропавшая жена Ша’ре. Он подбежал к ней, но Ша’ре направила на Дэниэла наручное ленточное оружие.

На Землю с тревожной вестью прибыл ток'ра Мартуф, Джейкоб Картер (отец Саманты Картер) и его симбиот Селмак попали в плен к жестокому Системному Владыке Сокару. Сокар отправил Джейкоба/ Селмака на луну Нэту, в темницу, походящую на настоящую Преисподнюю. Единственной, кому удалось сбежать из этого Ада, была ток'ра Джолинар, но она умерла, а её воспоминания заперты в памяти Саманты Картер.

Пытаясь спасти Джекоба/Селмака из тюрьмы на луне Нету, ЗВ-1 и ток'ра Мартуф тоже попали в плен, но не к Сокару, а к своему старому недругу гоа’улду Апофису — по иронии судьбы, еще одному пленнику Сокара. Апофис решил вытянуть из ЗВ-1 план побега, чтобы самому сбежать с Нету и поквитаться с Сокаром.

Как только ЗВ-1 переступили порог родной базы, их тут же под предлогом утечки химических веществ препроводили в лазарет, где доктор Фрейзер вколола им снотворное. Тил'к проснулся раньше остальных и с изумлением увидел, как доктор Фрейзер и генерал Хаммонд, как ни в чем не бывало, разговаривают с двумя незнакомыми существами.

Толланин Нарим пригласил ЗВ-1 поучаствовать в Триаде. Только, оказавшись на новой родине толланинов, они узнали, что Триада — это древний судебный ритуал, в котором Скаара, старый друг Джека и родственник Дэниела, судится со своим гоа’улдом Клорелом.

Не успели ЗВ-1 перешагнуть через порог Врат, чтобы перенестись на планету, своей красотой напоминающую рай, как, к своему огромному удивлению, вновь оказались на земной базе SGC. Команда ЗВ-1 обнаружила, что на базе SGC объявился загадочный гость, которого, кроме них, никто не видит и не слышит.

На планете Эдора жители небольшой деревушки с тревогой ждут начала «огненного дождя» из метеоров. Дэниэл по слоям почвы вычислил, что разрушительная сила «огненного дождя» постоянно растет. Джек решил эвакуировать жителей деревни через Врата.

Когда толланы отказались поделиться с землянами своими технологиями, раздосадованный Джек на глазах у изумленных друзей выдрал из стены прибор толланов и забрал с собой на Землю. На базе Джек, после тяжелого разговора с генералом Хаммондом, подал в отставку и отправился на планету Эдора.

На планете, куда попали ЗВ-1, существование «Звездных Врат» стало причиной войны между представителями двух культур. Сторонники одной культуры считают Врата проходом в другой мир. Сторонники другой — готовы на все, чтобы доказать обратное.

ЗВ-1 обнаружили таинственную планету Кхеб, упоминаемую в мифах гоа’улдов и джаффа, и отправились туда в поисках Харсисиса, ребенка Апофиса и Ша’ре/Амонет. Они должны найти младенца прежде, чем до него доберется Апофис.

Зонд сфотографировал пещеру, напоминающую пирамиду Майя. Дэниел заинтересовался вырезанным из кристалла черепом, находящимся в центре пещеры. Оказалось, что в 1971 году его дедушка нашел точно такой же череп.

Джек неожиданно для себя очутился на корабле Тора в окружении сотен металлических жучков. Тор телепортировал Джека на корабль, чтобы предупредить о репликаторах — искусственных организмах, пожирающих все на своем пути, которые захватили корабль и развернули его к Земле.