A csapat tagjait elfogják. Szerencséjükre Bra'tac kiszabadítja őket és együtt folytatják a harcukat a Föld megmentéséért. Az idő pedig fogytán van. A két Goa'uld űrhajó pályára állt a Föld körül, s már készülődnek a támadáshoz.

A CSK-1 egy Goa'uld támadás alatt levő bolygóról menekíti az embereket. A felfordulás közben Cartert megszállja egy Goa'uld. A Földön hamar kiderül Carter titka és el fogják őt. A benne levő Goa'uld azt állítja, hogy ő egy Tok'ra továbbá figyelmezteti a csapatot, hogy egy fejvadász van a nyomában.

A csapatot elfogják és átküldik egy börtönbolygóra, ahonnan nem lehet elszökni – mindezt azért mert segítettek egy menekülő embernek, aki a tudtukon kívül gyilkos volt. Ott, a bűnözők között találkoznak Linea-val – egy öregasszonnyal, akinek segítségével talán megszökhetnek. De vajon Linea miért került ebbe a börtönvilágba?

A csapat talál egy világot, melynek lakói egy virtuális világban élnek és azt hiszik, hogy a valós világuk elpusztult. A CSK-1 is bekerül a virtuális valóságba. O'Neillnek és Danielnek életük egyik legszörnyűbb pillanatát kell újból és újból végigélnie.

Egy bolygón Daniel megment egy lányt, aki épp öngyilkosságot akar elkövetni. Kiderül, hogy az ott élő emberek régen legyőzték Goa'uld uraikat, s most úgy tesznek, mintha még mindig elnyomás alatt lennének. A megmentett lány az uralkodó lánya és szerelmes lesz Danielbe és egy szarkofág narkotikus függőjévé teszi, hogy maga mellett tartsa.

A CSKP segélyhívást kap a Kiméria bolygóról, amit megtámadott egy Goa'uld. Minthogy a bolygó védelmét – Thor pörölyét – a CSK-1 tette tönkre, a csapatnak kötelessége segíteni az ottaniaknak. A legendák szerint Thornak létezik egy csarnoka, ahol megtalálható Thor szekere, ami a győzelmet jelentheti a támadók fölött.

A CSK-1 egy furcsa, gömb alakú tárgyat hoz Parancsnokságra. Nem sokkal később a gömb működésbe lép. Mielőtt eltávolíthatnák a Kapun keresztül, a gömbből minden irányba hosszú karók jönnek elő és az egyik átdöfi O'Neillt a vállánál. A gömb a jelek szerint sokkal több, mint aminek látszik.

A csapat visszatér a Chulakra, miután Bra'tac-tól megtudják, hogy Teal'c fiát Apófisz elrabolta. Teal'cnek továbbá szembesülnie kell azzal, hogy felesége hozzáment egy másik férfihoz.

Egy év telt el azóta, hogy Daniel elhagyta az Abydost, hogy felkutassa elrabolt feleségét. Daniel most visszatér, hogy beszélhessen Kasuffal. Mélyen megdöbben, mikor ott találja a feleségét, aki Apófisztól várja a gyermekét. Eközben O'Neillnek és Samnek Washingtonban kell szembenéznie néhány nem várt problémával.

A csapat a BP6-3Q1 jelzésű bolygóra megy. Ott hirtelen megjelenik egy méretes repülő bogár és megcsípi Teal'cet. Visszatérve a Parancsnokságra, megállapítják, hogy a Teal'cbe került vírus elkezdte átalakítani Teal'c DNS-ét a bogár DNS-ére. Ráadásul Maybourne ezredes is megjelenik, hogy magával vigye Teal'cet.

Jolinar ("Vadászat") mentális lenyomatot hagyott Carterben, aki most az ő életéből lát emlékképeket. Sam látja, ahogy a Tok'rák menekülnek egy csillagkapun keresztül és látja a koordinátákat is. A csapat elindul, hogy megkeresse a Tok'rákat. Eközben Carter apja, Jakob rákban haldoklik.

A CSK-1 szövetséget ajánl a Tok'ráknak, de ezt visszautasítják, mivel nem tudnak eleget felkínálni. Eközben Selmak – az egyik legbölcsebb Tok'ra vezető veszélyben van, mivel a gazdateste haldoklik. A szövetség lehetőségét újragondolják, amikor Jakob fölajánlja magát új gazdatestként.

A CSK-1 egy bolygón szelis indiánokkal találkozik, akik mélyen tisztelik az őket védelmező szellemeket. Mikor megtudják, hogy a Parancsnokság az indiánok tudta nélkül akar tríniumot kitermelni, a 'szellemek' megszállják a bázist.

A Madrona lakói azzal vádolják a CSK-1-et, hogy ellopták a "Próbakövet". Azt állítják, hogy a tettesek a Csillagkapun át jöttek és CSK egyenruhát viseltek. A csapat azt gyanítja, hogy a tolvajok az Antarktiszon talált másik Csillagkaput használják.

Jacket megragadja egy idegen gépezet és az elméjébe egy idegen faj tudását tölti bele, aki emiatt furcsa dolgokat kezd művelni. A tudást, amit szerzett, azonban az agya hosszú ideig nem bírja el és félő, hogy belehal. A csapatot sürgeti az idő, hogy megoldást keressenek, egy megoldhatatlannak tűnő problémára.

A CSK-1 találkozik egy öreg emberrel, akit Ma'chellónak hívnak. Ma'chello különböző Goa'uld pusztító találmányaival évtizedeken át harcolt a Goa'uldok ellen. Ma'chello és Daniel egyszerre megfognak egy gépezetet és testet cserélnek, ám ezt eleinte senki se veszi észre.

A CSK-1 rátalál a haldokló Apófiszra. Kiderül, hogy a Föld elleni sikertelen támadás után a hatalma meggyengült és most Szokár le is győzte. Apófiszt a csapat visszaviszi a Parancsnokságra. Azon tűnődnek, hogy mit csináljanak vele, mikor is üzenetet kapnak Szokártól, melyben közli, hogy amiért elvitték az orra elől Apófiszt, megtámadja a Földet.

Az egyik bolygón az éppen felderítést végző UAV váratlanul lezuhan. Kiderül, hogy a bolygót emberforma lények lakják, de most valamiért sorba kezdenek meghalni és több mint valószínű, hogy a Parancsnokság felelős ezért.

Egy kisfiú érkezik a Kapun át és figyelmezteti a Parancsnokságot, hogy egy Re'tu-nak nevezett idegen faj ki akarja irtani a potenciális Goa'uld gazdatesteket, jelen esetben az emberiséget. A Parancsnokság a Tok'rák segítségét kéri.

A csapatot egy napkitörés visszaküldi az időben 1969-be. A csapat tagjait kémeknek hiszik, de az ifjú Hammond tábornok (ekkor még csak hadnagy) a segítségükre lesz, miután a csapat holmijai közt rátalál egy önmagának írt üzenetre. A csapatnak meg kell keresnie a Csillagkaput.

O'Neill ezredest a Parancsnokságon kiolvasztják egy jégtömbből és közlik vele, hogy a 2077-ik évben van, és a csapattársai már régen meghaltak. O'Neillt azonban most sem hagyja cserben a gyanakvó természete, s rájön, hogy a dolgok nem azok aminek látszanak.