Členové SG-1 jsou zajati oddílem Jaffů a Apophis nařídí Bra'tacovi, který se rovněž účastní výpravy, aby je zabil. Bra'tac rozkaz neuposlechne a naopak tým SG-1 osvobodí z vězení. Klorel byl dán do sarkofágu, aby jej oživil a uzdravil. Apophis nařídil odložit útok na Zem do té doby, než se Klorel uzdraví. Mezitím na Zemi probíhá evakuace vybraných lidí (nejlepších odborníků z nejrůznějších oborů lidské činnosti) na stanoviště Alfa s cílem uchovat lidský rod. Do SGC přichází podplukovník Samuels s tím, že má rozkaz koordinovat preventivní úder proti oběma lodím, až se dostanou na oběžnou dráhu Země. Jsou proti nim vystřeleny dvě rakety s hlavicemi obohacenými naquadahem, ale útok je neúspěšný. Obě hlavice neškodně narazí do ochranných štítů obou lodí. Jedinou nadějí na záchranu Země tak zůstává tým SG-1 a mistr Bra'tac se dvěma dalšími Jaffy - svými věrnými žáky. Nezbývá jim však mnoho času a navíc Daniel je smrtelně raněn při přestřelce s několika Jaffy.

Na planetu Nasyu obývanou mírumilovnými Nasyany zaútočí goa'uldské bojové kluzáky. Goa'uldi zde hledají Tok'ru Jolinara z Malkshuru, který se zde ukrývá v těle jednoho z vesničanů. Tok'rové jsou odpadlíci Goa'uldů, kteří nesouhlasí s některými jejich metodami, zvláště pak s násilným braním hostitelů. Členové SG-1 evakuují přeživší Nasyany na Zem. Sam se snaží oživit jednoho těžce raněného vesničana a dává mu umělé dýchání. Při tom do ní ústy pronikne Jolinar. Sam se vrací s ostatními na Zem a nikdo na ní nic nepozná. Nikdo, kromě Cassandry, dívky zachráněné z planety Hanka. Jolinar se snaží odejít bránou ze Země, ale je zadržen a uvězněn. Generál Hammond zvažuje rozhodnutí o odstranění Jolinara z těla Carterové. Jolinar žádá, aby mohl odejít bránou, že poté opustí tělo Carterové. Ale nikdo mu nevěří. Hraje se zde ale o čas, protože s Nasyany pronikl na Zem i goa'uldský zabiják Ashrak, který má od Vládců soustavy úkol Jolinara zlikvidovat. To by znamenalo konec nejen Jolinara, ale i Carterové.

SG-1 se vydává na další neznámou planetu. Narazí na vyděšeného prchajícího muže, který je žádá o pomoc. Členové SG-1 se ho snaží uklidnit a berou ho s sebou. Neujdou však daleko a náhle jsou všichni přeneseni do jakéhosi řečniště, kde je jim sděleno, že překročili zákon jednak tím, že vkročili na svatou půdu a jednak tím, že pomohli uprchlému vrahovi Roshurovi. Nic nepomůže Jackova obhajoba, že netušili, že vkročili na posvátné území a že jen pomohli muži, který byl vyděšný a žádal je o pomoc, aniž by tušili, že je to zločinec. Všichni jsou odsouzeni na doživotí a posláni bránou na vězeňskou planetu Hadante. Jedinou možnost úniku z podzemního vězení představuje hvězdná brána. Ovšem členové týmu nemají k dispozici ani DHD, ani zdroj energie, potřebný k manuálnímu zadání adresy přímo na bráně.

Tým SG-1 se vydává na misi na planetu, kde naleznou nádhernou kvetoucí zahradu a zvláštní kopulovitou stavbu. Při bližším průzkumu objeví jakási zařízení podobná svisle stojícím lůžkům s kabely. Chtějí je prozkoumat, ale jsou těmi zařízeními lapeni a probouzí se ve virtuální realitě, která čerpá ze zážitků Jacka O'Neilla a Daniela Jacksona.

SG-1 se vydává na misi na planetu, kde po příchodu zjišťují, že nedaleko brány se nalézá goa'uldská pyramidová loď, která stojí poblíž rozsáhlého dolu, před kterým panuje čilý ruch. Daniel zachrání život mladé dívce, která se rozhodla spáchat sebevraždu skokem do propasti. Dívka je sice zachráněna, ale členové SG-1 jsou prozrazeni a zajati. Při pokusu o útěk je Daniel smrtelně zraněn, když ho zasype kus skály uvolněný výstřelem z tyčové zbraně. Shyla Danielovi zachrání život tím, že ho dá do sarkofágu, který ho vyléčí. Nutí Daniela, aby používal sarkofág, i když už se uzdravil, jako důkaz toho, že jí důvěřuje. Ovšem časté používání sarkofágu úplně změní Danielovu osobnost.

Zanedlouho poté, co byl tým SG-1 nucen zničit na Cimmerii Thorovo kladivo, byla planeta napadena Goa'uldem Heru'urem a mnoho Cimmeřanů přišlo o život. Gairwyn se podařilo poslat bránou schránku ze Saganova institutu, kterou tým SG-1 dal Kendře pro Thora při své návštěvě Cimmerie. Schránka narazila na iris a podle slabé radioaktivity a stop iridia Sam zjistila, o co jde. Tým se vydává na Cimmerii a od Gairwin se dovídá, co se přihodilo. Jedinou nadějí se pro všechny stává Thor.

SG-1 byl vyslán na misi na planetu P5C-353 podobnou Měsíci, která nemá dýchatelnou atmosféru a povrch je zbrázděný krátery. Planeta je zřejmě už po mnoho tisíc let neobydlená. Členové SG-1 objeví jakýsi zlatavý postavec, na kterém je usazen kulovitý objekt stejné barvy. Koule generuje elektromagnetické pole a vysílá slabé záření alfa, gamma a delta. Její povrch je pokryt drobným písmem. Nikdo z týmu netuší, co by to mohlo být. Po diskuzi o možném nebezpečí nakonec Jack usoudí, že zisk převáží riziko a nařizuje vzít kulovitý objekt na Zem. Ukáže se, že koule je schránka pro mimozemské organizmy, které v ní přežívaly tísíce let a čekaly, až se dostanou do vhodného prostředí. Jakmile se organizmy dostaly do atmosféry živého světa, začaly opouštět kouli, množit se a zamořily SGC.

Mistr Bra'tac přichází na Zemi se špatnou zprávou. Apophis unesl Teal'cova syna Rya'ca. Se souhlasem generála Hammonda se tým SG-1 spolu s Bra'tacem vydává na Chulak. Situace se zkomplikuje, když členové SG-1 zjistí, že Apophis vymyl Rya'covi mozek. Rya'c teď považuje Apophise za boha a Teal'ca za zrádce. Nakonec se však podaří dostat Rya'ca i jeho matku Drey'auc zpět na Zem. Rya'c předstírá, že už je v pořádku a že dokázal silou vůle zvítězit nad Apophisem. Je to však léčka a Rya'c představuje pro SGC a celou Zemi smrtelné nebezpečí.

Daniel Jackson a Teal'c se po roce vrací na Abydos, tak jak Daniel slíbil otci Sha´re Kasufovi. Poté co sem dorazí Daniel zjistí, že Apophis sem ukryl svou ženu Amaunet (Amonet), aby zde porodila jejich společné dítě. Apophis chce dítě použít jako svého nového hostitele. Mezitím jsou O'Neill a Carterová ve Washingtonu, aby zde obdrželi medaili za statečnost. O'Neilla zde kontaktuje novinář Armin Selig s tím, že ví vše o projektu Hvězdná Brána, a že se to chystá zveřejnit. Krátce na to umírá před očima Jacka. Sam se zde setká se svým otcem a ten jí řekne, že má rakovinu, a že mu zbývá málo času...

Při průzkumu vyspělé, avšak vylidněné planety BP6-3Q1, je tým SG-1 napaden velkým hmyzem podobným komárům. Teal´ca jeden z nich bodne. Teal´c je napaden neznámým virem, který začne modifikovat jeho DNA. Ani Teal´cův Goa´uld není schopen této změně zabránit. Samantha si neví rady a tak povolá genetického specialistu Dr. Richarda Harlowa. Ten však pod vedením plukovníka Maybourna nechá Teal´ca převézt do Pentagonu. Maybourne vidí v Teal´cově transformaci možnou biologickou zbraň a chce, aby došlo k plné transformaci. Teal´c však při převozu uprchne...

Sam se zdá sen, v kterém uvidí jak Jolinar společně s ostatními Tok´ry evakuují planetu napadenou Goa´uldy. Proto se celý tým vydá na planetu P34 353J, jejíž adresu viděla Sam ve snu. Krátce po příchodu jsou zajaty Tok´ry. Těm sdělí Sam, že v ní býval Goa´uld Jolinar, a že přišli, aby s Tok´ry uzavřeli spojenectví. Tok´rové však chtějí výměnou za spojenectví něco získat, neboť možnost prozrazení je pro ně příliš velká. Sam se od Tok´ry Martoufa dozví, že Jolinar byla žena a o vztahu Jolinar a Martoufa, který trval přes sto let. Tok´rové stojí o jedinou věc a to o nové hostitele, nikdo z SG-1 však nechce na nic takového pomyslet. Bohužel Tok´rové jsou v zoufalé situaci, neboť jeden hostitelů nejvýznamnějšího Tok´ry umírá. Vyjednávání se ještě více zkomplikuje, když je základna Tok´rů napadena Goa´uldy.

Tok'rové odmítli spojenectví se Zemí, neboť jak řekla Garshaw, Země má jen málo co nabídnout a hrozba prozrazení Tok´rů je příliš vysoká. Také odpor k tomu, aby se kdokoliv z nich stal hostitelem Selmak moc situaci nepomáhá. Sam však dostane nápad. Její otec umírá na rakovinu a kdyby se spojil se Selmak mohli by žít oba. Když se s Jacobem vrátí napadnou planetu Goa´uldi, jež byli informováni zrádcem z řad Tok´rů. Tok'rové zahájí evakuaci a lidé jim pomáhají. Selmak se s pojí s Jacobem, avšak zůstanou ponecháni v podzemním komplexu společně se Sam, která odmítá opustit otce, a Tok´rou Martoufem, aby měla Selmak čas Jacoba vyléčit. Při evakuaci také Jack pomůže odhalit zrádce. Jacob, společně s Martoufem také uniknou a Jacob odejde společně s Tok´ry. Tok´rové slíbí, že se lidem ozvou.

Tým SG-11 se nevrátí z mise na planetu PXY 887, kde těžil vzácný kov trinium, který je stokrát lehčí než ocel a přitom pevnější; místo něj však vylétne z brány šíp z trinia a zasáhne Jacka. Jack zůstane na marodce a ostatní členové SG-1 se vydají zjistit, proč se tým SG-11 nevrátil. Zde jsou omráčeni a když s probudí nacházejí se v táboře indiánského kmene Salishů. Mluvčí kmene Tonani jim řekne, že SG-11 zajali “Duchové”. Carterová a ostatní jsou skeptičtí, když mají žádat T'akayu - ducha ve vlkovi a Xe'lse - ducha v havranu o propuštění SG-11. Ti je propustí a společně se vrátí na Zemi společně s Tonanim. Zde se tajně dohodnou, že se bude v těžbě pokračovat. SG-11 se však náhle změní v mimozemšťany a nechá zmizet téměř všechen personál SGC...

Tým SG-1 cestuje na planetu, kde se nacházejí nápisy ve stejném jazyce, jaký byl nalezen v místnosti, kde se scházeli čtyři mimozemské rasy. Poté, co O'Neill nahlédl do zde se nacházejícího zařízení, byly do jeho mozku nahrány znalosti Antiků. Jack postupně začíná mluvit jejich jazykem a tvořit věci, kterým nerozumí. Do počítače SGC také zadá nové adresy hvězdných bran. Jackův mozek je přetížen znalostmi Antiků a hrozí jeho zhroucení. O'Neill sestaví zařízení, které mu pomůže dodat energii na zadání adresy na domovskou planetu Asgardů v galaxii Ida. Samantha a Teal'c zatím navštíví jednu z nových planet, avšak jsou zde uvězněni, neboť DHD nefunguje a na planetě rapidně stoupá teplota. Jack jim však namaluje plánek a tým se tak v poslední chvíli vrátí. Poté Jack zadá 8 symbolovou adresu a přenese se na planetu Asgardů...

Při pokusu o záchranu týmu SG-10, který zůstal na planetě P3W-451 pod vlivem černé díry dojde k tomu, že brána nejde zavřít a hrozí,že celá Země bude černou dírou pohlcena. Při pokusu vypnout proud jsou Teal´c a seržant Siler zraněni. I přes odpojené napájení černá díra stále ponechává červí díru zapnutou a způsobuje svou vysokou gravitací zpomalování času v komplexu SGC. SGC ztratí kontakt s okolím, a tak Pentagon vyšle speciální jednotky pod vedením plukovníka Cromwella v domění, že SGC byla napadena mimozemšťany. Hammond odcestuje do Washingtonu, kde se rozhodne, že základna a brána budou zničeny. Základna je evakuována, zůstane jen Jack s Cromwellem, aby zapnuli autodestrukci. Sam se však mezitím podaří najít jiné řešení...

Na jedné z planet najde SG-1 neznámé technologie a starce, který se jmenuje Machello a byl to nejslavnější bojovník proti Goau´ldům. Při kontaktu s jedním z přístrojů je mysl Daniela přenesena do starce a mysl Machella do Daniela. Machello se pak vydává za Daniela a vezme si na Zemi dovolenou. Při ní se Machello seznámí s černým bezdomovcem a snaží se poznat Zemi. Je šťasten, neboť dlouhá léta trpěl díky mučení od Goa´uldů a jako stařec umíral. Mezitím se Daniel v těle Machella probere a přesvědčí ostatní, že je Machello...

SG-1 čeká na jedné z planet, poté, co obdržela radiový signál. Krátce na to havaruje smrtící kluzák, jež řídil Apophis. Ten byl pronásledován svým úhlavním nepřítelem Goa´uldem Sokarem, který byl v Starém Egyptě Bohem smrti. SG-1 Apophise zajme a vezme ho s sebou na Zemi. Tam zjistí, že byl mučen, a že pomalu umírá...

Během rutinní průzkumné mise se zřítí UAV letadlo přímo na kaktusovitě vypadající rostlinu bílé barvy. SG-1 je vyslán, aby letoun našel. Na planetě najde humanoidy, kteří však nemluví a jsou celí bílí. Krátce po příchodu SG-1, však začnou tito lidé upadat do kómatu a šíří se to jako epidemie. SG-1 má obavy, že na planetu zavlekl nemoc, která může zabít celou populaci. Sam se vrátí na základnu s jedním nemocným ve snaze najít lék...

Dojde k neoprávněné aktivaci brány a k samovolnému otevření iris. Do SGC přichází malý chlapec se slovy, že přišel Zemi varovat. Říká, že cestu mu otevřela matka, která se už nějakou dobu zdržuje v SGC. Matka patří k neviditelné rase Reetům, jejichž planeta Reetalia byla zničena Goa´uldy. Reetští teroristé se proto rozhodli vyhladit všechny potenciální hostitele Goa´uldů a tím i Goa´uldy samotné. Chlapec převezme jméno Charlie po Jackově synovi. Charlie byl geneticky vytvořen Reety, aby zprostředkoval komunikaci mezi rasami. Jelikož je však vytvořeni lidského jedince příliš komplikované, začínají mu selhávat některé důležité orgány.

Tým SG-1 je připraven k odchodu na misi. Hammond si však všimne jizvy na ruce Sam a tak rychle napíše vzkaz, který ji předá s tím, aby si ho nechala v kapse. SG-1 projde branou, je však přenesen o třicet let zpět do roku 1969. Ocitnou se v raketovém silu přímo pod startující raketou. Startu rakety zabrání Teal'c zat'nik'atelem, vzápětí je však tým SG-1 zatčen jako špioni. Při následné přepravě jim pomůže v útěku poručík Hammond, který si přečetl lístek, který měla Sam v bundě. SG-1 se vydá do New Yorku, stopne si karavan dvou hippies. Cestou zjistí, že na lístku jsou uvedeny časy slunečních erupcí. Ty způsobili jejich přesun do minulosti a mohou je teď dostat zpět. Musejí však nejprve najít bránu.

Jack je rozmražen v budoucnosti a je mu řečeno, že byl vrácen na Zemi skrz bránu již zmražený a že trvalo sedmdesát let než ho mohli rozmrazit. Řeknou mu, že se dál bojuje s Goa´uldy, a že proto potřebují všechny dostupné informace o rasách, které by jim mohli v boji pomoci. Také mu řeknou, že všichni, které znal, včetně týmu SG-1 jsou již dávno mrtví. Stejná věc se stane i Sam a Danielovi. Mezitím se na Zemi po třech nedělích bezvědomí probudí Teal´c. Je mu řečeno, že se zbytek týmu SG-1 nenašel a že už se po něm nebude pátrat. Teal´c se proto rozhodne, že ze Země odejde. Hammond mu v tom chce zabránit, avšak Teal´c je neoblomný a odchází. Mezitím Jack přijde na to, že něco není v pořádku poté, co zaslechne doktory mluvit goa´uldštinou. Zjistí, že se nachází v komplexu, jehož část je napodobenina SGC a zbytek jsou goa´uldské struktury. Podaří se mu osvobodit Daniela a Sam a společně chtějí prchnout bránou - ta je však umělá. Objeví se Hathor a její služebníci. Hathor po nich chce informace o nových technologiích a také, aby se jeden z nich stal hostitelem dospělé goa´uldí larvy...