Keď mimozemšťania prídu hviezdnou bránou na Zem, plukovník Jack O'Neill sa vráti na Abydos, aby priviedol späť Daniela Jacksona, ktorý zistil, že mimozemský tranzitný systém obsahuje oveľa viac ako tieto dve planéty.

Plukovník O'Neill, ktorý vedie tím SG-1, sleduje Apophisa späť na planétu Chulak, aby zachránil Sha're a Skaaru a spriatelil sa s jedným z Apophisových Jaffa strážcov.

Po návrate z Abydosu si výskumníci priniesli na základňu SGC aj malý darček v podobe Goa´ulda. Ten nakazí majora Charlesa Kawalského bez toho, aby si to ktokoľvek všimol. Goa'uld kvôli svojej mladosti ešte nedokáže nad Kowalskym získať úplnú kontrolu. Spôsobuje mu len výpadky pamäti, počas ktorých Goa'uld preberá kontrolu nad Kowalského telom.

Výskumníci SG1 navštívia planétu, kde sa musia bezpodminečne prispôsobiť zvykom tamojšej kultúry. Aj napriek tomu však ich pobyt nebude bezproblémový, práve naopak. Na tejto planéte vládne náboženstvo, ktoré trochu pripomína islam a ženy nesmú mať odhalené tváre.

Vojenský tím SG-1 sa dostáva na planétu, kde vyčíňa nebezpečná choroba. Bez toho, aby o tom členovia výpravy vedeli, pri odchode domov si chorobu odnášajú so sebou a vezú ju na Zem.

Tím SG-1 musí zachrániť svojich kolegov z tímu SG-9, ktorí uviazli na planéte obyvateľov jaskýň, pretože tamojšie priame slnečné žiarenie neznesiteľné. Zistili, že kapitán SG-9 Jonas Hansen zošalel, myslí si, že je boh a tyranizuje ba dokonca vraždí vlastnú posádku. Ako k tomu došlo? Keď miestni primitívni obyvatelia považovali Hansena za boha a začali ho uctievať, pomiatol sa a ako vražedný tyran opitý mocou ich nechal stavať chrám na svoju vlastnú počesť. Napokon zabil aj svojho podriadeného člena posádky Frakesa, antropológa SG-9. Tím SG-1 musí zachrániť SG-9 a zastaviť jeho šialeného veliteľa. Ako ho premôžu?

Vesmírna prieskumná jednotka SG1 nájde na planéte veľmi podivné kryštály, ktoré vyžarujú energiu. Jeden si vezmú so sebou na palubu SGC. A potom sa začnú odohrávať šokujúce zmeny. Kryštál je vesmírny votrelec, ktorý nakazí plukovníka Jacka O´Neilla, zduplikuje jeho formu a na Zem sa vracia Jackov duplikát. Skutočný Jack ostal v bezvedomí na cudzej planéte. Ked sa vráti na Zem, musí všetkých predvečiť, že on je originál.

Na svojej prieskumnej misii vesmírom vojenská jednotka SG-1 pristane na planéte, kde žijú malé bytosti, ale na rozdiel od ľudí majú dar stať sa neviditeľnými, a navyše dokážu zázračne liečiť. Planétu ale napadne mocný nepriateľ Zeme, Apophis.

Na planéte Argos sa zdá byť všetko v úplnom poriadku, ale len do chvíle, keď plukovník Jack O'Neill začne podivne rýchlo starnúť.

Plukovník O'Neill sa spolu s Teal'com dostanú na planétu Cimmerie, kde ich ihneď po prekročení Brány oslepí záblesk zo stavby, ktorá pred ňou stojí. Je to Thorovo kladivo, mocná zbraň proti Goa'uldom, ktorá dokáže zbaviť hostiteľa jeho symbiontov, teda organizmov, ktoré s ním žijú v symbióze. Dokáže sa z toho Teal'c dostať bez toho, aby o svojho symbionta prišiel?

Aké prekvapenie čaká na veliteľstvo základne Stargate, keď zistí, že Brána bola prvýkrát aktivovaná oveľa skôr, než Daniel Jackson rozlúštil jej symboly. Posádka SG-1 sa dozvedá, že posledný človek, ktorý Bránou prešiel pred nimi, bol istý Ernest Littlefield. Ale vzhľadom k tomu, že Ernest nevedel, ako sa dostať späť, zostal na istej planéte. SG-1 sa na ňu vydáva ...

Teal'c sa od svojho priateľa Brta´cema dozvedá, že jeho synovi Rya'covi majú implantovať symbiont. Teal'c sa preto vracia na domovskú planétu Chulak. Teal'c sa tomu snaží zabrániť a v sebaobrane zabije kňaza, ktorý mal implantáciu vykonať. Lenže vzápätí sa od svojej ženy dozvie, že implantácia je jediný spôsob, ako Rya'covi zachrániť život, pretože je ťažko chorý a umiera. Podarí sa Rya'ca zachrániť?

Vojenská prieskumná posádka SG-1 sa vracia z planéty Dannes v panike a všetci sú premáčaní. Zdrvila ich smrť pozemšťana Daniela, ktorého prišli zachrániť, ale on na planéte zhorel. Zachránili sa skokom do neďalekej vody. Členov tímu SG-1 pošlú na ošetrovňu, pretože sú všetci v šoku. Po Danielovom pohrebe sa vraciame na planétu Dannes. Tu sa Jackson prebudí v miestnosti s mimozemšťanom Nemom. Ten mu ukáže tabuľku so starým Babylonským písmom a od Jacka žiada, aby zistil, aký je osud Omorocy.

Na planétu Zem prenikne nepriateľský votrelec Hathor, Goa'uld v podobe ženy, a pomocou neznámej látky obsahujúcej feromóny si okamžite zotročí všetkých mužov na veliteľstve SGC. Hathor si potrebuje zo Zeme vytvoriť svoju základňu, na ktorej by Goa'uldi mohli rodiť svojich potomkov a pozemskí muži by boli ich hostiteľmi.

Na planéte Hanka bola zriadená dočasná vedecká stanica, aby počas miestneho zatmenie slnka zhromaždila údaje o disku najbližšej čiernej diery. Touto úlohou bol poverený tím SG-7. Vedecká misia sa však zmení na drámu po tom, čo SG-1 nájde celú populáciu planéty, vrátane tímu SG-7, mŕtvu. Prežil jediný človek, malé dievča Cassandra. Tento nevinný tvor, ktorý sa útekom zachránil z mŕtveho sveta, sa však stáva hrozbou pre celé veliteľstvo SGC, pretože má voperovanú bombu, aby zničila základňu pozemšťanov. Generál Hammond, členovia SG-1 a dr. Fraiserová sa musia rozhodnúť, či dieťa nechajú zomrieť, aklebo zachránia, pričom však zničia seba aj základňu SGC.

Prieskumný tím SG-1 sa vydáva na misiu na planétu Kartágo. Teal'c hneď po príchode zisťuje, že nie je na planéte prvýkrát. Bol tu ešte v časoch, keď býval Apophisovým prvým mužom. Planétu obývajú ďalej Byrsovia. Tí sú častou korisťou Goa'uldov, ktorí planétu navštevujú, keď hľadajú nových hostiteľov pre svoje potomstvo. Jeden z dedinčanov - mladík Hanno - Teal'ca spozná a obviní ho z vraždy svojho otca. Teal'ca podrobia miestnemu súdu, takzvanému Cor-ai, a ostatní členovia SG-1 sa ponúknu, že ho budú obhajovať. Ale súd má iné pravidlá, než na ktoré sú na Zemi zvyknutí, a rozsudok určuje sám poškodený. Teal'covi tak hrozí trest smrti.

Na novej misii tím SG-1 zachráni desať obyvateľov z umierajúcej planéty Tollan a vezme ich so sebou na Zem. Omoc, veliteľ skupiny, však nie je z pozemšťanov nadšený, pretože ich považuje za príliš primitívnych, a chce sa vrátiť späť na Tollan. To však nie je možné, pretože Tollan bol zničený vulkanickou činnosťou. Omoc však so svojimi ľuďmi nechce na Zemi zostať a už vôbec nie podeliť sa s nimi o svoje vedomosti a vyspelé technológie. Ukazuje sa, že o Tollanov, a predovšetkým o ich znalosti, má záujem vojenská rozviedka na čele s plukovníkom Maybourneom. Omoc odmietne azyl v Zemi svetla, ktorú im ponúka najvyššia rada Tuplo. Tím SG-1 musí pre Tollanov urýchlene nájsť nový domov, skôr než ich vydajú do rúk Maybournovi a jeho ľudom. Voľba padne na Noxov. Ale plukovník Maybourne sa nehodlá len tak vzdať...

Tím SG-1 musí ukončiť svoju misiu na planétu P4A-771 skôr než vôbec začala, pretože ho napadnú miestni nepriateľskí obyvatelia ihneď po prechode bránou na planétu. Pri návrate na Zem je však systém preťažený, a kým sa Teal'covi a Danielovi podarí zranených dostať späť na Zem do SGC, Sam a vážne zranený Jack sa ocitnú v ľadovej jaskyni na nejakej neznámej planéte. Aspoň si to teda myslia. Jackov zdravotný stav sa rýchlo zhoršuje a brána nereaguje na zadanie pozemské adresy. Carterová zisťuje, že sú uväznení na ľadovej planéte. Vyzerá to pre nich beznádejne. V SGC medzitým nastáva boj s časom o záchranu O'Neilla a Carterovej. Daniel zisťuje neuveriteľnú skutočnosť - na Zemi je ukrytá ešte jedna hviezdna brána...

Počas misie na planétu Altair tím SG-1 narazí na jej posledného preživšieho obyvateľa, Harlana. Ten bez vedomia členov SG-1 skopíruje ich myseľ a prenesie ju do umelých tiel na nerozoznanie podobných originálom. Navzdory Harlanovmu odporu sa tím SG-1 vracia späť na Zem, kde zisťuje krutú pravdu. Harlan z nich urobil akýchsi androidov, neschopných žiť na Zemi, pretože potrebujú zdroj energie, ktorý ovláda Harlan na planéte Altair. Musia sa vrátiť späť na Altair a žiadajú Harlana, aby im vrátil telá. Netušia, že ich vedomie bolo len skopírované a "originály" členov SG-1 existujú na inom mieste.

Pomocou neznámeho artefaktu - kvantového zrkadla, ktorý tím SG-1 našiel počas misie na novú planétu, sa dr. Jackson dostane do alternatívnej reality. V tejto realite Goa'uldovia napadli Zem. Vidíme, ako by mohol svet dopadnúť. Teal'c zabije najlepšieho priateľa, pretože ten práve zničil celú jeho rasu vrátane jeho rodiny. Vidíme hrdinsky zomrieť Carterovú, Hammonda a celý personál základne bojujúcej až do samého konca. Vidíme zničenú celú planétu Zem. A to všetko by sa mohlo stať aj v našej realite.

Skeptického senátora Kinseyho poveria, aby vypočul členov SG-1 a rozhodol, či má projekt Hviezdnej brány pokračovať alebo sa skončiť, pretože jeho prevádzka je príliš nákladná a úžitok či dosiahnuté výsledky sú zatiaľ skromné. Senátor nedbá na naliehanie členov SG-1 a generála Hammonda, že SGC je prvou a vlastne jedinou obrannou líniou v boji s Goa'uldami. Neverí, že Goa'uldovia predstavujú pre Zem smrteľné nebezpečenstvo. Nedbá ani na varovanie Daniela, že v najbližšej dobe Zemi hrozí útok Goa'uldov, a ten by sa mohol skončiť zničením celej planéty, ako sa to už stalo v alternatívnej realite, do ktorej sa Daniel dostal interdimenzionálnym prenosom pomocou kvantového zrkadla na P3R-233. Arogantný senátor mu však neverí a považuje ho za blázna. Žiadne argumenty členov SG-1 nakoniec neuspejú a senátor Kinsey uzatvára celý projekt Hviezdnej brány.

Výskumný tím SG-1 tajne použije Hviezdnu bránu, aby sa dopravil na vesmírnu adresu, ktorej koordináty priniesol Daniel zo Zeme v alternatívnej realite, kam ho prenieslo interdimenzionálne kvantového zrkadla z planéty P3R-233. Ukáže sa, že koordináty nesmerujú na planétu, ale na goa'ldskú loď patriacu Klorelovi, Apophisovmu synovi, a táto loď spolu s ďalšou, ktorej velí samotný Apophis, mieri priamo k Zemi, aby ju mohla zničiť. Členovia SG-1 sa pokúšajú útoku na Zem zabrániť. Umiestnia po celej Klorelovej lodi výbušniny. Jack s Teal'c zajmú Klorela a pokúšajú sa v ňom prebudiť jeho hostiteľa Skaaru. Nezostáva im však veľa času a nepriateľské lode sa nezadržateľne približujú k Zemi.