A Csillagkapu Programot újraindítják, amikor Apófisz – egy idegen Ré fajából, a Földre jön, hogy foglyokat szerezzen. Jack O'Neill és csapata újra összeáll és az újonnan érkezett Samantha Carterrel kiegészülve az Abydosra mennek, hogy megkeressék Daniel Jacksont. O'Neill és Jackson megismeri Teal'c-et, aki Apófisz Első Jaffája. Teal'c átáll az ő oldalukra és segít nekik visszatérni a Földre, de sajnos nem tudják megmenteni Daniel feleségét, Sha're-t és a barátját Skaara-t, akikből Goa'uld gazdatest lesz.

O'Neill és Jackson megismeri Teal'c-et, aki Apophis Első Jaffája. Teal'c átáll az ő oldalukra és segít nekik visszatérni a Földre, de sajnos nem tudják megmenteni Daniel feleségét, Sha're-t és a barátját Skaara-t, akikből Goa'uld gazdatest lesz.

Kawalsky századost az előző epizódban megszállta egy Goa'uld parazita. A szimbiótát eltávolítják, de kérdéses, hogy a százados ismét önmaga-e.

A csapat egy olyan világra talál, amely ketté van osztva egy 'Sötét' és egy 'Világos' részre. A sötét oldalon levő erdőben egy nagyon ragályos betegség az embereket primitív ősemberekké teszi. A Parancsnokságot lezárják, amikor ez a betegség ott is felüti a fejét.

A CSK-9 jó ideje nem jelentkezik a bolygóról, ahová ment. A CSK-1 utánuk megy és hamarosan megtudják, hogy a CSK-9 parancsnoka istennek kiáltotta ki magát a helyiek előtt.

Egy bolygón O'Neill megérint egy furcsa kék kristályt, ő elájul és helyette egy másolat megy vissza a csapattal, aki csakhamar 'kimenőre' megy. Mikor az eredeti Jack O'Neill visszatér a bázisra, a csapat elindul megkeresni a másolatot, még mielőtt az valami bajt okozna.

Az elnök és a hadvezetés nincs megelégedve a Csillagkapu Parancsnokság eredményeivel. Technológiát akarnak, mellyel meg lehet védeni a Földet a Goa'uld-októl. Teal'c tud egy bolygóról, ahol él egy állatfaj, amely láthatatlanná képes válni. A CSK-1 el is megy a bolygóra, hogy fogjanak egy példányt, de hirtelen azt veszik észre, hogy a Csillagkapu eltűnt.

Az Argos nevű bolygón az emberek mindössze 100 napig élnek – hála egy Goa'uld hosszútávú kutatásainak. Jack is megfertőződik az ezért felelős nanitokkal, s így a csapatnak sürgősen megoldást kell találnia.

A csapat a Kiméria bolygóra megy, hogy szövetségest keressenek a Goa'uldok ellen. Ahogy megérkeznek, a Kapu előtt levő obeliszk – Thor pörölye – beszippantja Teal'cet és az őt védeni próbáló Jack-et. Jack és Teal'c egy labirintusban ébrednek fel, ahol Thor hologramja közli velük, hogy onnan csak a gazdatest távozhat, de a Goa'uld szimbióta nem.

Daniel a Csillagkapuval kapcsolatos 1945-ös kutatások filmfelvételeit nézi és döbbenten látja, ahogy a Kaput megnyitják és egy ember átmegy rajta. A tudós soha nem tért vissza, de Daniel képes azonosítani a koordinátákat, ahová ment. A csapat az 52 éve eltűnt tudós után indul.

Teal'c fia, Rya'c hamarosan átesik az első Goa'uld-jának a beültetésén a Chulakon. A CSK-1 visszatér hát, hogy ez megakadályozza. Kiderül azonban, hogy Rya'c nagyon beteg és ezért szüksége van a Goa'uldok gyógyító erejére.

A CSK-1 három tagja abban a biztos tudatban tér vissza a Parancsnokságra, hogy Daniel meghalt. Az emlékeik azonban hamisak. Valójában Danielt egy idegen rabolta el, hogy megtudjon tőle bizonyos dolgokat.

Az idáig a Földön raboskodó Goa'uld Hathor eljut a Parancsnokságra. Különleges feromonjaival egymás után megigézi a férfiakat. Azonban Carter százados nem nézi ezt tétlenül.

A CSK-1 a Hanka nevű bolygóra látogat, ahol a CSK-7 végez kutatásokat. Döbbenten látják, hogy valamitől mindenki meghalt a bolygón – beleértve a CSK-7 tagjait. Az egyetlen túlélő egy Cassandra nevű kislány. Vajon ő miért maradt életben?

A csapat egy olyan világba látogat, ahol Teal'c már járt egyszer, mint Apophis jaffája. Akkor megölt egy embert, s most a helyiek ezért elfogják és a "Cor-ai" nevű bíróság elé viszik.

A csapat egy pusztuló világból kiment néhány Tollan-t, akik jóval fejlettebbnek tűnnek a földi embereknél. A hadsereget és az NID-t nagyon érdekli a technológiájuk és megpróbálják őket egy kísérleti telepre szállítani. A CSK-1 azonban ezt nem nézheti tétlenül.

Sam és Jack egy jeges bolygóra kerülnek, miután a csapat egy tűzharc közepette a Parancsnokságra tárcsázott. A féregjárat valamiért egy másik Kapu felé irányítódott át.

A Csillagkapu a csapatot egy nagy és sötét épületbe viszi. Hamarosan egy furcsa fénytől mind elájulnak. Mikor magukhoz térnek vissza mennek a Földre, ahol dr. Fraiser csakhamar megállapítja róluk, hogy robotok.

Daniel egy párhuzamos univerzumba kerül – hála egy furcsa tükörnek. A Parancsnokságon minden más. Daniel megtudja, hogy a Goa'uld-ok megtámadták ezt a Földet. Vissza kell jutnia, hogy figyelmeztesse a saját világát a közelgő veszélyre.

Az arrogáns Robert Kinsey szenátor a Parancsnokságra látogat, hogy eldöntse, hogy leállíttassa-e az évi 9 milliárd dollárt felemésztő Csillagkapu Programot vagy sem. A levegőben hamar érződik, hogy már döntött.

A CSK-1 megszegi a parancsokat és átmegy a Kapun a Daniel által hozott koordinátákra. Hamar kiderül, hogy egy Goa'uld űrhajón vannak, melynek parancsnoka a Goa'uld Klorel, aki Skaara testében van. Az űrhajó hipertérben száguld Föld felé.