Začátek pilotního dvoudílu Stargate SG-1 s názvem Děti bohů (Children of the Gods) se odehrává rok po první misi na Abydos. Plukovník Jonathan "Jack" O'Neill, který po návratu z Abydosu odešel do výslužby, je opět povolán do aktivní služby poté, co hvězdnou bránou pronikne do velitelství stargate (SGC) skupina Jaffů vedená příslušníkem parazitické rasy Goa'uldů Apophisem. Ti napadnou ostrahu střežící bránu, unesou jednu ženu a ostatní členy ostrahy pobijí. Poté, co je O'Neill nucen prozradit, že dr. Jackson žije, je vyslán na Abydos, aby ho přivedl zpět. Tam se od Jacksona dovídá, že existují tisíce bran po celé galaxii.

Začátek pilotního dvoudílu Stargate SG-1 s názvem Děti bohů (Children of the Gods) se odehrává rok po první misi na Abydos. Plukovník Jonathan "Jack" O'Neill, který po návratu z Abydosu odešel do výslužby, je opět povolán do aktivní služby poté, co hvězdnou bránou pronikne do velitelství stargate (SGC) skupina Jaffů vedená příslušníkem parazitické rasy Goa'uldů Apophisem. Ti napadnou ostrahu střežící bránu, unesou jednu ženu a ostatní členy ostrahy pobijí. Poté, co je O'Neill nucen prozradit, že dr. Jackson žije, je vyslán na Abydos, aby ho přivedl zpět. Tam se od Jacksona dovídá, že existují tisíce bran po celé galaxii.

Po návratu z Abydosu si na základnu SGC přinesli i malý dárek v podobě Goa'ulda, který se zmocnil majora Kowalského.

Tým SG-1 se dostává na planetu, kde řádí nebezpečná choroba. Aniž by o tom věděli, nemoc si přinesou zpět na Zemi.

SG1 řeší problém, kdy jeden z velitelů SG týmu se zblázní a hraje si na boha.

SG1 nalezne velice zvláštní krystaly, které vyzařují energii. Jeden si vezmou s sebou na SGC. A poté se začnou dít věci.

SG-1 se při své misi dostane na planetu, na níž žijí bytosti, které jsou menší než lidé, ale mají dar zneviditelnění a navíc umí zázračně léčit. Planetu ale napadne Apophis.

Na planetě Argos se zdá být vše v naprostém pořádku, ale jen do doby, kdy plukovník O'Neill začne podivně rychle stárnout...

Plukovník O'Neill se spolu s Teal'cem dostane na planetu Cimmeria, kde je ihned po projití Bránou oslepí záblesk ze stavby, jež před ní stojí. Je to Thorovo kladivo, mocná zbraň proti Goa'uldům, která dokáže zbavit hostitele jeho symbionta. Dokáže se z toho Teal'c dostat, aniž by o svého symbionta přišel?

Jaké překvapení čeká na velitelství SGC, které zjistí, že Brána byla poprvé aktivována mnohem dříve, než Daniel Jackson rozluštil symboly o několit let později. SG1 se dozvídá, že člověk, který Bránou prošel, byl jistý Ernest Littlefield. Ale vzhledem k tomu, že Ernest nevěděl, jak se dostat zpět, zůstal na planetě.

SG1 se na ní vydává...

Teal'c se od svého přítele Bra'taca dozvídá, že jeho synu Rya'covi má být implantován symbiont. Teal'c se proto vrací na domovskou planetu Chulak. Teal'c se snaží implantaci zabránit a v sebeobraně zabije kněze, který měl provést implantaci. Jenže pak mu jeho žena řekne, že implantace je jediný způsob, jak Rya'ca zachránit... je totiž těžce nemocen a umírá. Podaří se Rya'ca zachránit?

SG1 se vrací z planety Dannes v panice a celí mokří. Jsou zdrceni smrtí Daniela, který na planetě uhořel. Zachránili se skokem do vody blízko ohně. SG1 jsou teda posláni na ošetřovnu, jelikož jsou všichni v šoku. Uskuteční se Danielův pohřeb, kdy se po poslání věnce skrz bránu děj přenese na Dannes. Zde se Jackson probudí v místosti, kde najde mimozemšťana Nema. Ten mu ukáže jistou tabulku se starým Babylónským písmem. Chce po Danielovi, aby zjistil, jaky je osud Omorocy.

Na Zemi pronikne Goa'uld jménem Hathor a pomocí neznámé látky obsahující feromony si okamžitě zotročí všechny muže na veliteltsví SGC. Jde jí o to udělat si ze Země svou základnu, na které by mohla rodit Goa'uldy a muži na Zemi měli být hostiteli...

Na planetě Hanka byla zřízena dočasná vědecká stanice, aby shromáždila údaje o akrečním disku černé díry během místního zatmění slunce. Tímto úkolem byl pověřen tým SG-7. Vědecká mise se však změní v drama poté, co SG-1 nalezne celou populaci planety, včetně týmu SG-7, mrtvou. Přežil jediný člověk, malá dívka Cassandra. Nevinný uprchlík, zachráněný z mrtvého světa se stává hrozbou pro celé SGC. Generál Hammond, členové SG-1 a dr. Fraiserová se musejí rozhodnout mezi záchranou života malé dívky a tím zřejmě zničením SGC a dívčinnou smrtí.

SG-1 se vydává na misi na planetu Cartago (Kartágo). Teal'c hned po příchodu zjišťuje, že není na planetě poprvé, že tu už kdysi byl, ještě v dobách, kdy býval Apophisovým Prvním mužem. Planetu obývají Byrsové. Ti jsou častou kořistí Goa'uldů, kteří planetu navštěvují, když hledají nové hostitele. Jeden z vesničanů - mladík Hanno - Teal'ca pozná a obviní ho z vraždy svého otce. Teal'c je podroben místnímu soudu tzv. Cor-ai a ostatní členové SG-1 se nabídnou, že ho budou obhajovat. Ale soud má jiná pravidla, než na které jsou na Zemi zvyklí a rozsudek určuje sám poškozený. Teal'covi tak hrozí trest smrti.

Při misi na Tollan tým SG-1 zachrání deset místních obyvatel z umírající planety a vezme je s sebou na Zemi. Velitel Tollanů Omoc však není pozemšťany nadšen, protože je považuje za příliš primitivní, a chce se vrátit zpět na Tollan. To však není možné, protože Tollan byl zničen vulkanickou činností. Omoc však se svými lidmi nechce na Zemi zůstat a už vůbec ne podělit se s nimi o své znalosti a vyspělé technologie. Ukazuje se, že o Tollany, především o jejich znalosti, má zájem vojenská rozvědka reprezentovaná plukovníkem Maybournem. Omoc odmítne azyl v Zemi světla na planetě, který jim nabízí nejvyšší rada Tuplo. SG-1 pro Tollany musí urychleně najít nový domov dříve, než budou vydáni do rukou Maybournovi a jeho lidem. Volba padne na Noxy. Ale Maybourne se nehodlá jen tak vzdát.

Tým SG-1 musí ukončit misi na planetu P4A-771 dříve než vůbec mohla začít, protože je napaden místními nepřátelskými obyvateli ihned po příchodu bránou na planetu. Při návratu na Zem je však systém přetížen a zatímco Teal'covi a Danielovi se podaří zraněným dostat zpět na Zem do SGC, Sam a vážně zraněný Jack se ocitnou v ledové jeskyni na nějaké neznámé planetě... aspoň si to myslejí. Jackův zdravotní stav se rychle zhoršuje a brána nereaguje na zadání pozemské adresy. Carterová zjišťuje, že jsou uvězněni na ledové planetě. Vypadá to pro ně beznadějně. V SGC mezitím nastává boj s časem o záchranu O'Neilla a Carterové. Daniel zjišťuje neuvěřitelnou skutečnost - na Zemi je ještě jedna hvězdná brána.

Při misi na planetu Altair tým SG-1 potkává jejího posledního přeživšího obyvatele Harlana. Ten bez vědomí členů SG-1 zkopíruje jejich mysl a přenese ji do umělých těl k nerozeznání podobných originálům. "SG-1" se vrací přes Harlanův odpor zpět na Zem a zde zjišťuje krutou pravdu. Harlan z nich udělal jakési androidy, neschopné žít na Zemi, protože potřebují zdroj energie, který ovládá Harlan na Altairu. Jsou nuceni vrátit se zpět na Altair a žádají Harlana, aby jim vrátil zpět jejich těla, protože netuší, že jejich vědomí bylo pouze zkopírováno a že existují "originály" členů SG-1.

Pomocí neznámého artefaktu - kvantového zrcadla, který tým SG-1 nalezl při misi na planetě, se dr. Jackson dostane do alternativní reality. V této realitě Goa'uldi napadli Zemi. Vidíme, jak by mohl svět dopadnout. Teal'c zabije nejlepšího přítele, protože jeho nejlepší přítel právě zničil celou rasu včetně jeho rodiny. Vidíme Carterovou hrdinně zemřít, Hammonda a celý personál základny bojující až do samého konce. Vidíme zničenou celou planetu. A to všechno by se mohlo stát i v naší realitě.

Skeptický a arogantní senátor Kinsey je pověřen, aby vyslechl členy SG-1 a rozhodl, zda má být hvězdná brána uzavřena, protože její provoz je příliš drahý a užitek a dosažené výsledky skromné. Nedbá na naléhání členů SG-1 a generála Hammonda, že SGC je první a vlastně jedinou obrannou linií v boji s Goa'uldy. Nevěří, že Goa'uldi představují pro Zemi smrtelné nebezpečí. Nedbá ani varování Daniela, že Zemi hrozí v nejbližší době útok Goa'uldů, který by mohl skončit zničením celé planety, že totéž se už stalo v alternativní realitě, do které se Daniel dostal interdimenzionálním přenosem pomocí kvantového zrcadla na P3R-233 (viz TBFTGOG). Senátor mu však nevěří a považuje ho za blázna. Žádné argumenty členů SG-1 nakonec neuspějí a senátor Kinsey uzavírá celý projekt Hvězdné brány.

SG-1 se bránou tajně vydává na adresu, jejíž koordináty přinesl Daniel ze Země v alternativní realitě, kam se dostal interdimenzionálním přenosem pomocí kvantového zrcadla na P3R-233. Ukáže se, že koordináty nesměřují na planetu, ale na goa'uldskou loď patřící Klorelovi, Apophisovu synovi a že tato loď spolu s další lodí pod vedením Apophise míří k Zemi, aby ji mohla zničit. Členové SG-1 se pokoušejí útoku na Zemi zabránit. Umístí po celé Klorelově lodi výbušniny. Jack s Teal'cem zajmou Klorela a pokouší se probudit v něm jeho hostitele Skaaru. Nezbývá jim však mnoho času a lodě se nezadržitelně přibližují k Zemi.